Как пользоваться Gaussian

[luch]

Кто может объяснить как пользоваться программой Gaussian 03, какие параметры задаются в gif файлах?

[Jung Quantenchemiker]

Кто может объяснить как пользоваться программой Gaussian 03, какие параметры задаются в gif файлах?

Вопросики однако... Как пользоваться гауссианом может объяснить help к гауссиану
Если вам надо освоить программу, то читайте описание, смотрите примеры, если мне не изменяет память в гауссиане есть файлы примеров. Если вам надо просто решить задачу какую=то и навсегда потом забыть про гауссиан, то лучше спросить с конкретным условием задачи.

[luch]

читал help-много не понятного, входящие данные у нас задаются в gif файле, но что значит запись предположим, если можно распешите что означает каждая строчка и символ:
C
C,1,CC
H,1,CH,2,HCC
H,1,CH,2,HCC,3,180.,0
H,2,CH,1,HCC,3,180.,0
H,2,CH,1,HCC,4,180.,0

[EvgeniX]

читал help-много не понятного, входящие данные у нас задаются в gif файле

ну так нарисуйте молекулу в виде gif и скормите программе

[luch]

в том и вопрос, как нарисовать её? в приведенном примере молекулы что, где значит?
ПРИМЕР:
C
C,1,CC
H,1,CH,2,HCC
H,1,CH,2,HCC,3,180.,0
H,2,CH,1,HCC,3,180.,0
H,2,CH,1,HCC,4,180.,0

[Jung Quantenchemiker]

в том и вопрос, как нарисовать её? в приведенном примере молекулы что, где значит?
ПРИМЕР:
C
C,1,CC
H,1,CH,2,HCC
H,1,CH,2,HCC,3,180.,0
H,2,CH,1,HCC,3,180.,0
H,2,CH,1,HCC,4,180.,0

Это так называемая Z-матрица, первая колонка в ней содержит атом, вторая, четвертая и шестая колонки - номера строк. Третья колонка - расстояние между атомом в текущей строке и атомом в строке = значение из колонки 2. В четвертой угол между атомами из колонки 1, 2, 4, вершина угла в 2. В шестой - двугранный угол между плоскостью атомов из колонок 1,2, 4 и прямой , соединяющей атомы 4 и 6. Последняя цифра 0 необязательна, это format-code, который как гласит хэлп "The optional format-code parameter specifies the format of the Z-matrix input." СС, CH,HCC - Это соответственно расстояния и угол, должны быть определены ниже.
Если заморачиваться неохота с Z-матрицей, то можно использовать простые и всем понятные декартовы координаты, тогда просто запись будет содержать таблицу из 4 колонок и строк = количеству атомов, которые будут участвовать в расчете.

[EvgeniX]

Про построение z-матрицы можно почитать здесь:
http://www.qchem.ru/d/lect/khsl_qchem/21Lecture-20.pdf
(подготовка данных к GAMESS, но принцип и координаты не отличаются).

[luch]

не могу разобраться Z-матрицей, как записать структуру молекулы в полярных координатах? еще вопрос файлом мы задаем молекулу, что может посчитать гауссиан?

[Jung Quantenchemiker]

не могу разобраться Z-матрицей, как записать структуру молекулы в полярных координатах? еще вопрос файлом мы задаем молекулу, что может посчитать гауссиан?

В каких еще полярных? Она у вас задана в полярных или вы гауссиану ее хотите дать в полярных? Гауссиану нельзя, ему можно только либо Z-матрицу, либо декартовы. Да переведите вы все в декартовы и в них работайте, если заморока с Z-матрицей. Или пользуйтесь переводчиками из одних координат в другие, в инете таких хватает.
Гауссиан много чего может посчитать. Вы лучше скажите, что надо чтобы он вам посчитал?

[EvgeniX]

не могу разобраться Z-матрицей, как записать структуру молекулы в полярных координатах?

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm

А что в ней разбираться? Попробуйте на практике, без разбора.

еще вопрос файлом мы задаем молекулу, что может посчитать гауссиан?

Это вам надо к продавцам обращаться, чтобы они все характеристики своего продукта приводили.

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_jobtypes.htm

The following table lists the job types available in Gaussian 09:

* SP: Single point energy.
* Opt: Geometry optimization.
* Freq: Frequency and thermochemical analysis.
* IRC: Reaction path following.
* IRCMax: Find the maximum energy along a specific reaction path.
* Scan: Potential energy surface scan.
* Polar: Polarizabilities and hyperpolarizabilities.
* ADMP and BOMD: Direct dynamics trajectory calculation.
* Force: Compute forces on the nuclei.
* Stable: Test wavefunction stability.
* Volume: Compute molecular volume.
* Density=Checkpoint Guess=Only: Recompute population analysis only.
* Guess=Only: Print initial guess only; generate fragment-based initial guess.

[Roverandom]

нашел тему... как раз вопрос давно волнует.
О корректном расчете спектров полощения гауссианом - видимо он считает изолированную молекулу, по крайнее мере получается гораздо меньше, чем для реальных жидкостей.
Например, считал азулен, чтобы проверить точность расчетов перед конкретной своей задачей, и вот результат:
------------ Gaussian Interface ------------
Model: Azulene

1) Gaussian Job: # RMP2/cc-pVDZ TD Test
UV/Visible Spectrum Species:
Oscillator Strength Wavelength (nm)
------------------- ----------------
0.1832 222.1700
0.0026 308.3400
0.0167 424.9800
--------------------------------------------
При усложнении базиса, изменение поглощения с RMP2/6-311G TD Test --- 416.4700 нм до 424 нм на даннинге. А справочное 580 нм, и вообще желтый - это далеко не синий.

[o-oxhem]

нашел тему... как раз вопрос давно волнует.
О корректном расчете спектров полощения гауссианом - видимо он считает изолированную молекулу, по крайнее мере получается гораздо меньше, чем для реальных жидкостей.
Например, считал азулен, чтобы проверить точность расчетов перед конкретной своей задачей, и вот результат:
------------ Gaussian Interface ------------
Model: Azulene

1) Gaussian Job: # RMP2/cc-pVDZ TD Test
UV/Visible Spectrum Species:
Oscillator Strength Wavelength (nm)
------------------- ----------------
0.1832 222.1700
0.0026 308.3400
0.0167 424.9800
--------------------------------------------
При усложнении базиса, изменение поглощения с RMP2/6-311G TD Test --- 416.4700 нм до 424 нм на даннинге. А справочное 580 нм, и вообще желтый - это далеко не синий.

Gau$$ian считает только то, что Вы от него требуете считать, а именно: # RMP2/cc-pVDZ TD Test для одной молекулы азулена.

[Roverandom]

Хорошо, перефразирую: как от него потребовать такого расчета, чтобы поглощение соответсвовала действительности? Использовать сольватационные модели? Или там есть функция, которая смодулирует из одной молекулы раствор и учтет влияние соседних молекул? Мне пока не удалось свести азулен к реальному значению, соответственно и другим рассчитанным спектрам не доверяю.

[VTur]

Если Вы получили хоть гармонический колебательный, хоть Уф спектр, совпадающий с экспериментом, значит Вы сделали что-то не то.

[o-oxhem]

Хорошо, перефразирую: как от него потребовать такого расчета, чтобы поглощение соответсвовала действительности? Использовать сольватационные модели? Или там есть функция, которая смодулирует из одной молекулы раствор и учтет влияние соседних молекул? Мне пока не удалось свести азулен к реальному значению, соответственно и другим рассчитанным спектрам не доверяю.

Если необходимо моделировать растворитель, то посмотрите сюда
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm (это континуальные модели рас-ля)

Кстати, # RMP2/cc-pVDZ TD Test не соответствует инструкции.

TD
DESCRIPTION

This method keyword requests an excited state calculation using the time-dependent Hartree-Fock or DFT method
Имеет смысл прочитать
J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2420–2435
Extensive TD-DFT Benchmark: Singlet-Excited States of Organic Molecules

[Mitin]

Реклама удалена. amik

[o-oxhem]

Как бы правильно сказать про книгу? что она существует? Ну, и цена. Можно бы и подешевше.