Расчет переходного состояния

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
~Кирилл~
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Вт мар 16, 2010 12:17 am

Расчет переходного состояния

Сообщение ~Кирилл~ » Вт июн 07, 2011 11:51 am

Здравствуйте! Вопрос по поводу моделирования переходного состояния. Имеется эпихлоргидрин, его цикл атакуют уксусная кислота и триметиламин. Кислота атакует кислород цикла, а амин - атом углерода цикла. Пытаюсь это смоделировать, но рассчитывать никак не хочет - разрывает либо просто не находит ничего. Подскажите пожалуйста, как правильно задать исходную матрицу! Выкладываю схему переходного состояния и варианта модели. Заранее спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

~Кирилл~
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Вт мар 16, 2010 12:17 am

Re: Расчет переходного состояния

Сообщение ~Кирилл~ » Вт июн 07, 2011 11:54 am

вот вариант исходной модели, которую я задавал. в итоге ничего не нашло...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

NiK
Сообщения: 46
Зарегистрирован: Пт фев 12, 2010 11:12 am

Re: Расчет переходного состояния

Сообщение NiK » Вт июн 07, 2011 11:59 am

Для начала рисуете матрицу с этим предполагаемым переходным состоянием, затем фиксируете расстояния от азота триэтиламина до углерода эпоксида и от кислорода эпоксида до протона (тут лучше "угадать" эти расстояния). С фиксированными расстояниями оптимизируем. Результат, если повезёт, будет близок к переходному состоянию, можно попробовать поискать его из этой структуры. Если не будет близок, то необходимо посчитать несколько таких "переходных" состояний с разными значениями вышеуказанных расстояний. Ту структуру, которая будет меньше всего по энергии, взять в качестве исходной для поиска ПС.

~Кирилл~
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Вт мар 16, 2010 12:17 am

Re: Расчет переходного состояния

Сообщение ~Кирилл~ » Вт июн 07, 2011 12:07 pm

Спасибо! А каким образом можно зафиксировать эти расстояния?

NiK
Сообщения: 46
Зарегистрирован: Пт фев 12, 2010 11:12 am

Re: Расчет переходного состояния

Сообщение NiK » Вт июн 07, 2011 12:09 pm

Если это возможно, в той программе, в которой делаете расчёт. Это нужно узнать из инструкции или у коллег.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчет переходного состояния

Сообщение VTur » Ср июн 08, 2011 7:58 pm

В ГАУССИАНЕ попробуйте QST2
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей