Расчет переходного состояния
Расчет переходного состояния
Здравствуйте! Вопрос по поводу моделирования переходного состояния. Имеется эпихлоргидрин, его цикл атакуют уксусная кислота и триметиламин. Кислота атакует кислород цикла, а амин - атом углерода цикла. Пытаюсь это смоделировать, но рассчитывать никак не хочет - разрывает либо просто не находит ничего. Подскажите пожалуйста, как правильно задать исходную матрицу! Выкладываю схему переходного состояния и варианта модели. Заранее спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Расчет переходного состояния
вот вариант исходной модели, которую я задавал. в итоге ничего не нашло...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Расчет переходного состояния
Для начала рисуете матрицу с этим предполагаемым переходным состоянием, затем фиксируете расстояния от азота триэтиламина до углерода эпоксида и от кислорода эпоксида до протона (тут лучше "угадать" эти расстояния). С фиксированными расстояниями оптимизируем. Результат, если повезёт, будет близок к переходному состоянию, можно попробовать поискать его из этой структуры. Если не будет близок, то необходимо посчитать несколько таких "переходных" состояний с разными значениями вышеуказанных расстояний. Ту структуру, которая будет меньше всего по энергии, взять в качестве исходной для поиска ПС.
Re: Расчет переходного состояния
Спасибо! А каким образом можно зафиксировать эти расстояния?
Re: Расчет переходного состояния
Если это возможно, в той программе, в которой делаете расчёт. Это нужно узнать из инструкции или у коллег.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей