Межмолекулярное взаимодействие в Tinker

[Kira]

Здравствуйте, коллеги.
Возник такой вопрос: как в Тинкере посчитать энергию межмолекулярного взаимодействия, когда в системе 3 разных вида молекул?
Буду очень благодарна за помощь.

[sanya1024]

Не очень понятно: у Вас ассоциат из 3 разных молекул ABC, нужно узнать энергию их связи в ассоциате (т.е., энергию образования ассоциата ABC из компонентов A, B, C)? Или нужны попарные энергии взаимодействия (A с B, B с C, A с C)? Попробуйте поконкретнее описать Вашу систему.

[Kira]

У меня в ящике с водой супрамолекулярный комплекс нанотрубки с биологически активной молекулой. Мне надо получить энергию взаимодействия нанотрубки с молекулой.

[sanya1024]

Тогда в том же ящике считаем отдельно нанотрубку, отдельно биомолекулу, потом комплекс. Главное -- чтоб воды было достаточно много, чтобы от ее кол-ва энергия не зависела. Если Вы как-то подбираете размер ящика, то подберите его под комплекс, и не в упор, а заведомо с запасом (думаю, Вы так и делаете). И потом в этом же ящике считайте отдельные компоненты комплекса: нанотрубку и биомолекулу. Вода тут играет роль среды, поэтому нужно, чтоб ее было много.

[Kira]

Спасибо.
Просто в одной зарубежной статье видела, что при расчёте Тинкером непосредственно получали энергии межмолекулярного взаимодействия в зависимости от времени счёта, температуры и т.д. Как-то это можно задать в самой программе.

[sanya1024]

Энергии в зависимости от времени, т-ры и т.п. -- это мол. динамика. Но мол. динамика не дает энергию взаимодействия компонентов в комплексе, по крайней мере каким-то прямым и непосредственным образом. Может, если принять за нуль сумму энергий нанотрубки в воде и биомолекулы в воде (а в каких условиях? после полной минимизации или после уравновешивания при заданной т-ре?), то тогда мгновенную энергию комплекса можно интерпретировать как энергию взаимодействия?
Но вообще-то я мол. динамикой не занимаюсь, и знаю только самые примитивные вещи.

[sanya1024]

Кстати, если Вы пользуетесь Force Field Explorer-ом, посмотрите в нем Keyword Editor -> Partial Structure, ключевые слова Active/Inactive, Group-inter, Group-molecule. С их помощью можно задать Вашу нанотрубку и биомолекулу как жесткие тела (т.е., без внутренних степеней свободы). Может быть, надо и воду тоже задать жесткой, но вероятно, "вода из ящика" уже сама по себе такая (было бы логично). И если с размером водного ящика все было сделано так, как я говорила выше, то выдаваться будет именно энергия взаимодействия нанотрубки и биомолекулы в воде. Правда, не знаю насколько корректно лишать биомолекулу внутренних степеней свободы (насчет нанотрубки не сомневаюсь).

[Marxist]

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/

[sanya1024]

Marxist, спасибо, очень полезный туториал.

[Kira]

Спасибо большое и sanya1024, и Marxist. Насчёт степеней свободы надо подумать. А туториал и правда весьма полезен.