программа OpenMx

[Danaida]

Здравствуйте, уважаемые господа химики. Очень нужна помощь по программе OpenMx. Мне говорили, что она работает только с Linux. Я установила Linux, но все равно все безрезультатно. Посоветуйте пожалуйста, как мне по-нормальному установить эту программу, а то, я всю голову сломала. Буду очень благодарна за помощь.

[Cherep]

дык надо по пунктам перечислять, что делали

[Danaida]

Ага, хорошо. Мне эта программа нужна для расчета нанотрубок. Мне дали папку с этой программой. Там 5 файлов bandgnu13, BentNT, DosMain, openmx_k8 и openmx_p4. На windows показывает обычные файлы неизвестного формата. Потом преподаватель сказала, что эта программа идет только на Linux и ей эту программу устанавливали самой кто-то другой, поэтому она не знает как это делать. Чтобы не сносить старую систему, я загружала lunix с диска и после загрузки пыталась установить данную программу; но после двойного щелчка на значки программ ничего не происходило. Перепробовала две live системы. Может быть здесь какая-то особенность установки. Читала мануал к данной программе, не понятно по поводу установки.

[mendel]

Программой не пользовался, но она есть в репозиториях Ubuntu. Каким LiveCD пользуетесь?

[amge]

я загружала lunix с диска и после загрузки пыталась установить данную программу; но после двойного щелчка на значки программ ничего не происходило. Перепробовала две live системы.

Запустить линуховые бинарники, сделанные на другой машине/системе, с высокой вероятностью не получится. Надо загружать исходники, недостающие библиотеки (они наверняка будут) и компилировать, а это не просто (а на live-системе, где и компилятора то почти наверняка нет, просто невозможно). Но для этой программы, как уже было сказано, есть пакеты (во всяком случае, для Ubuntu, правда там не последняя версия). Поэтому советую поставить второй системой ту же Ubuntu и штатно установить соответствующий пакет, зависимости поставятся автоматически.

Вопрос с тем, кто пользовался этой программой. Насколько я понял, это DFT-программа. Какова ее производительность по сравнению с другими DFT-программами (Orca, Природа)?

[Danaida]

Я попробую тогда воспользоваться дополнительной системой LiveDVD Ubuntu Linux 10.10 Custom (Pro-USB).

[petrovps]

Danaida, live-версия Вам не поможет, нужно установить линуху и скомпилировать OpenMx, как посоветовали Вам. И насколько мне известно, она параллелится.

[petrovps]

Мой знакомый пользовался этой программой. Это DFT-программа, основное ее отличие в том, что она позволяет работать с "бесконечными" системами (он гонял очень длинные трубки).

[Danaida]

Ну вот...а я так надеялась. Теперь буду голову ломать как без вреда для винды линух установить. Еще скачала библиотеки как в мануале написано, и чего с ними делать даже не представляю. Кстати, пробовала установить на мою live ubuntu, прописывал что архив deb установился, а потом система стала ужасно тормозить и в итоге программы нигде не нашла. Эх, получается, что установить и настройки задать, наверно, оказывается сложнее чем сам расчет...

[Marxist]

Там же на сайте и в дистрибутиве есть инструкции по установке.

[Danaida]

Я понимаю, что есть инструкция, но я не понимаю куда это все вставлять. Например в одном руководстве:
(1) Download package of OpenMX 3.4
(2) Download the patch file, which is “ patch3.4.4.tar.gz “.
(3) Download the atlas library of “libatlas_p4.a “.
(4) “sudo aptget install package”, i.e. “ libfftw3dev”, “ openmx “. Первые три пункта мне понятны, но четвертый; никогда раньше с этим не сталкивалась; пожалуйста, может кто-нибудь подскажет.

[Marxist]

Если у вас бубунта, надо набрать в консоли эту команду.

[amge]

Я понимаю, что есть инструкция, но я не понимаю куда это все вставлять. Например в одном руководстве:
(1) Download package of OpenMX 3.4
(2) Download the patch file, which is “ patch3.4.4.tar.gz “.
(3) Download the atlas library of “libatlas_p4.a “.
(4) “sudo aptget install package”, i.e. “ libfftw3dev”, “ openmx “. Первые три пункта мне понятны, но четвертый; никогда раньше с этим не сталкивалась; пожалуйста, может кто-нибудь подскажет.

Из перечисленных пунктов достаточно как раз последнего:
sudo aptget install openmx
Эти слова надо набирать в консоли (терминале). То же самое можно сделать в графическом режиме с помощью менеджера пакетов Synaptic, но в консоли быстрее и, кроме того, все нормальные расчетные программы запускаются из консоли, так что осваивать ее все равно придется.
sudo aptget install openmx поставит, насколько я понимаю, версию OpenMX 3.2. Вот если зачем то понадобится самая свежая версия (3.5, для нее, вроде бы, нет пакетов), то тогда нужно будет загружать дистрибутив OpenMX и т.д.

[Cherep]

sudo тоже вроде нужно ставить?

[Danaida]

Здравствуйте. Снова вас беспокою. Считаю версией openmx3.2. Расчеты идут очень долго в этой версии оптимизация MD.Type DIIS. Более быстрая оптимизация в EF, но в данной версии это не доступно. Хочу установить openmx3.5, и снова столкнулась с проблемами, а именно при установке:
ggg@ubuntu:~/openmx3.5/source$ make install
gcc -Dnompi -Dblaswrap -O3 -I/home/ggg/include -c Poisson.c
Poisson.c:30: fatal error: fftw3.h: Нет такого файла или каталога
compilation terminated.
make: *** [Poisson.o] Ошибка 1
ggg@ubuntu:~/openmx3.5/source$

делала по инструкции, изменяла CC и LIB в makefile. Библиотеки все установлены. Кто может, подскажите пожалуйста.

[starless]

Очевидно, fftw3.h не находится в /home/ggg/include или такой директории вовсе нет.

[Danaida]

starless, спасибо Вам большое, установка пошла дальше, но появилась новая ошибка
-L/home/ggg/lib -llapack -lblas -lg2c -lI77 -lfftw3 -static -lm -o openmx
/usr/bin/ld: unrecognized option '--heap'
/usr/bin/ld: use the --help option for usage information
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [openmx] Ошибка 1
ggg@ubuntu:~/openmx3.5/source$

[starless]

Если вбить текст ошибки в гугл, это окажется более продуктивно. Проблемы с версией линкера -- в ней нет нужной вам опции.

Ubuntu -- всё-таки зло.

[Danaida]

На счет зла я с Вами полностью согласна. Спасибо большое, буду дальше думать