небольшой вопрос по firefly

[bezceller]

Добрый день.
Хотел узнать, есть ли возможность задать в шапке входящего файла примерно такую последовательность действий: оптимизация (+хессиан hssend=.t.), расчет энергии, расчет спектра поглощения. Либо любую другую последовательность в стиле optimize>hessian>energy>xxx (xxx1>xxx2>...>xxxn).
Это бы помогло сократить время при большом количестве нересурсоемких расчетов.

[amge]

Лично я о такой способности firefly не знаю. У меня есть программа для Природы, реализующая нечто подобное. В случае firefly простейшие задачи можно реализовать с помощью подходящих утилит. Например, вот скриптик на bash (назовем его firefly_cmd.sh), оптимизирующий геометрию и затем считающий гессианы

Код: Выделить всё

#!/bin/sh

for inp in $*
do
  name=`basename $inp .inp` 
  firefly -i "$name.inp" -o "$name.out"
  #g2i "$name.out" > "$name.xyz"
  babel -igamess "$name.out" -oxyz "$name.xyz"
  hess_filename=`xyz2inp -run=HESSIAN -dft=B3LYP -basis='6-31G*' $name.xyz`
  firefly -i $hess_filename -o "$name.hess.out"
done

Запускать его, чтобы просчитать все inp-файлы, так
firefly_cmd.sh *.inp

В этом скрипте будут использоватся утилиты babel, с помощью которой извлекается оптимизированная геометрия (g2i тоже работает), и генератор inp-файлов xyz2inp. Разумеется, их нужно сначала поставить. В принципе, вместо xyz2inp можно пробовать тот же babel:
babel -igamess "$name.out" -oinp "$name.hess.inp"
но потом "$name.hess.inp" придется изрядно поредактировать (не вручную, разумеется, а внутри скрипта).

Скрипт я не проверял, но концепция должна работать.