'golden standard' for large molecules

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

'golden standard' for large molecules

Сообщение YuraM » Вт дек 20, 2011 11:03 pm

Добрый день!

Возник слкдующий вопрос. Для определенных реакций M+L=ML (M-metal, L-ligand), разные DFT функционалы (ф-лы поправлены на дисп. вз-ия, напр. M06, M06-D3, BLYP-D3/D2, etc.) дают принципиально разные значения. Эксперимента для именно таких реакций нет, поэтому и сравнивать затруднительно. Молекулы очень большие, поэтому рассчитать CCSD(T) и откалиброваться не получится. Есть ли какие-либо методы, по которым можно откалиброваться (выбрать подходящий функционал), и какие бы были применимы к 130 атомным молекулам? Имеют ли большую степень доверия например double hybrids - B2PLYP-D3/D2?

Заранее спасибо!
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: 'golden standard' for large molecules

Сообщение sanya1024 » Ср дек 21, 2011 1:56 am

MP4 хотя и не дотягивает до CCSD(T), но можно пробовать. В FireFly очень эффективные алгоритмы для MP4. Правда, не уверена, что сможете соптимизировать геометрию 130-атомной молекулы в MP4, даже в FireFly.
И еще: если ион металла имеет открытую оболочку, single-reference методы (включая MPx и всевозможные CC) могут врать. А доверие к функционалу -- вообще дело вкуса, имхо.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2691
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: 'golden standard' for large molecules

Сообщение Droog_Andrey » Сб дек 24, 2011 9:06 pm

Можно потестить на системах, похожих на разные кусочки этой большой молекулы.
2^74207281-1 is prime!

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: 'golden standard' for large molecules

Сообщение YuraM » Вс дек 25, 2011 9:08 am

Спасибо за ответы!
Насчет MP4. MP4(SDQ) или MP4(SDTQ)? Последний сожрет столько же, сколько и CCSD(T), а точность первого .. не знаю. В любом случае думаю расчет будет оч дорогим. Вероятно он распараллелен в Гамесс лучше, но все же думаю там далеко до линейгого scaling. Металл с закрытой оболочкой, так что все нормально. Разумеется, об оптимизации речь даже не идет, только SP.

Насчет тестирования на моделях, заведомо меньших, чем реальные системы. Подход уж очень распространен, но, многие эффекты - проявляются только на больших системах, такие как дисп. вз-ие и BSSE. Те лучший DFT для малых системых может обернуться быть худшим для реальных, и наоборот.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: 'golden standard' for large molecules

Сообщение sanya1024 » Вс дек 25, 2011 12:28 pm

Frank Neese (разработчик Орки) время от времени проводит бенчмарки с упором на металлоорганику, посмотрите в Web of Science его обзоры, может там чего нароете.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Driver
Сообщения: 129
Зарегистрирован: Пт авг 12, 2011 11:17 am

Re: 'golden standard' for large molecules

Сообщение Driver » Вт дек 27, 2011 11:12 am

YuraM писал(а):Те лучший DFT для малых системых может обернуться быть худшим для реальных, и наоборот
YuraM писал(а):... разные DFT функционалы (ф-лы поправлены на дисп. вз-ия, напр. M06, M06-D3, BLYP-D3/D2, etc.) дают принципиально разные значения.
«Если царство разделится само в себе, не может устоять царство то; и если дом разделится сам в себе, не может устоять дом тот»
Если DFT не принципиальное пожелание спонсора, то при таких обстоятельствах попытки по его дальнейшему использованию вряд ли целесообразны.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей