Здравствуйте. Вот не хотела создавать отдельную тему, но раз в старой никто не отвечает, то придется.
У меня возникла необходимость рассчитать в молекуле заряды по Байдеру. Только я к сожалению совершенно не знаю как и в каких программах это можно сделать. Доступные мне программы: Природа, Gamess Us, FF (ну любые другие имеющие свободное распространение). Расскажите пожалуйста, как рассчитать эти заряды пользуясь приведенными выше программами ( и возможно ли это вообще). Выложенные книги и статьи в данной теме еще не читала, будет время посмотрю.
Спасибо.
Рассчитать заряды по Бейдеру
Re: Рассчитать заряды по Бейдеру
На мой взгляд, лучшая программа это Aimall (http://aim.tkgristmill.com/index.html).Elbereth писал(а): У меня возникла необходимость рассчитать в молекуле заряды по Байдеру. Только я к сожалению совершенно не знаю как и в каких программах это можно сделать.
Программа бесплатная для расчетов на одном ядре. Если системы небольшие, то этого хватит.
(Кстати,если кто-то не знает, Бейдер умер два дня назад... )
Если делаете оптимизацию в FF, то в группу $CONTRL добавьте AIMPAC=.t. и поставьте COORD=unique . После завершения расчета в файле punch находите строкуElbereth писал(а): Расскажите пожалуйста, как рассчитать эти заряды пользуясь приведенными выше программами ( и возможно ли это вообще).
----- TOP OF INPUT FILE FOR BADER'S AIMPAC PROGRAM -----
Саму строку не копируете, а начинаете со следующей и до строки
----- END OF INPUT FILE FOR BADER'S AIMPAC PROGRAM -----
Т.е. копируете все, что между этими строками, вставляете в текстовый файл и меняете txt-расширение на wfn. Этот файл и запускаете в Aimall.
Надеюсь, что ничего не забыл...
Как это делается в других программах, не знаю.
КВГ
Re: Рассчитать заряды по Бейдеру
Вот спасибо))) пойду делать. Только с это программой никогда не работала, пойду изучать.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей