Consttraints в MOLPRO при XYZ-геометрии.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Consttraints в MOLPRO при XYZ-геометрии.

Сообщение Гесс » Вт фев 26, 2013 6:53 pm

Собственно интересует сабж.
Вот что говорит мануал: http://www.theochem.ru.nl/molpro/molpro ... de533.html
Если геометрия задана через Z-matrix, то, согласно мануалу
constraint,100,deg,angle,atoms=[h1,o,h2];
для заморозки угла в воде или
constraint,0,bond,atoms=[h1,o],-1.,bond,atoms=[h2,o]
для приравнивания длин связей.
atoms are given as:
ATOMS=[a1,a2,a3,...]
where the number of atoms required varies with type as specified above, and the atomic names a1,a2,a3,... can be either atomic tag names from the Z-matrix input, or integers corresponding to Z-matrix rows.
А ежели хоцца через xyz координатки задать?
geomtyp=xyz
geometry={
3 ! number of atoms
This is an example of geometry input for water with an XYZ file
O ,0.0000000000,0.0000000000,-0.1302052882
H ,1.4891244004,0.0000000000, 1.0332262019
H,-1.4891244004,0.0000000000, 1.0332262019
}
Я попробовал дать номера атомам водорода и сказать
constraint,100,deg,angle,atoms=[H1,O,H2];
на что получил
Unknown command or directive CONSTRAINT

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Consttraints в MOLPRO при XYZ-геометрии.

Сообщение Гесс » Ср фев 27, 2013 1:05 am

невнятным заковыристым матом проблема решена. Возможно когда мат станет понятнее распишу решение.
образец решения есть в естовом файле кетен1 в молпро.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Consttraints в MOLPRO при XYZ-геометрии.

Сообщение Гесс » Сб мар 02, 2013 2:32 pm

Вообщем, проблема частично решена, но на ее место выросла другая.
Решение прошлой: все атомы в хyz-матрице задаются с номерами, даже если они уникальны или не констрейнятся.
Координаты задаваемые в хyz молпро воспринимает как в ангстремах, а в z-матрице и вне хyz - как в борах. Поэтому имеет смысл обьявлять глобальный кейворд Angstroms (не в блоке геометрии!). Количество итераций указывается в блоке оптимизации. Указанное справедливо для версии 2010
Ну а теперь собственно проблема:
Система с констрейнтами не конвержится! (не конвергируется). Без констрейнтов молекула этилена в разумной конформации сходится за 3-10 шагов в зависимости от метода и базиса. А при наличии фиксированной связи изменение энергии становится равным 0 за несколько шагов а вот градиент начинает меняться в произвольную сторону и не более чем через 10 шагов достигает некоторого одному ему ведомого уровня, на котором и остается до конца расчета (в норме 50 итераций, но можно увеличивать, это никак не влияет). Задание геометрии через z-матрицу не влияет. Исходная геометрия уже имеет "нужную длину связи" или нет - невлияет. Метод и базис не влияет. Изменение фиксируемой связи - не влияет. NoSymm не влияет.
Ну и самое замечательное!
В тестджобах молпро (идут с программой) есть только один инпут с констрейнтсами (кетен1) и в нем вся таже проблема - после 50 степов (умолчание) программа заявляет что сконвергнутся не получилось. Причем это не является ошибкой приводящей к закрытию работы, программа далее спокойно пишет что она понасчитала.

Если есть люди знакомые с молпро - выложу инпут-аутпуты.
Если у вас есть идеи почему градиент уходит в произвольное число - внимательно выслушаю.
Если вы знаете кого об этом можно спросить - буду очень благодарен (на http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/) я уже запостился, там такой загадочный форум шо нет слов.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей