последовательный расчет в ORCA

[Stasik1034]

Здравствуйте, собираюсь оптимизировать геометрию большого числа комплексов в ORCA. Подскажите, пожалуйста, с помощью каких команд (операций) мне сделать так, чтобы программа по очереди (или одновременно) обрабатывала инпутники, записывая оутпутники в разные файлы с заранее заданными названиями. Это можно делать в Природе, а как в ORCA - я не знаю.

[tabaki321]

Здравствуйте. Сразу скажу, что с Природой дела не имел. Но если я правильно Вас понял, то:
- каждый инпут отдельным файлом со своим именем;
- хотим получить оутпуты в отдельных файлах со своими именами;
Самый простой способ - это задать в консоле (командной строке) соответствующую последовательность команд (или написать скрипт), например:
"orca job_n1.inp > job_n1.out; orca job_n2.inp > job_n2.out; ..."
В мануале к ORCA не видел опции формирования очереди.
Если, что-то понял не правильно, то извиняюсь. а так надеюсь, что был полезен

[Stasik1034]

Спасибо!
В приложенном файле мануал, там на стр. 52 что-то про однотипные расчеты. Надеюсь, мне это все поможет.

[amge]

Подскажите, пожалуйста, с помощью каких команд (операций) мне сделать так, чтобы программа по очереди (или одновременно) обрабатывала инпутники, записывая оутпутники в разные файлы с заранее заданными названиями.

У меня есть скрипт steps, который делает что-то очень похожее.

[Stasik1034]

Спасибо!

[kbob]

Посмотрите мануал в разделе
6.2.8 Relaxed Surface Scans.
Можно выполнить несколько заданий просканировав по изменению длины одной из связей.

[Shorku]

Скриптом последовательно несколько инпутов удобнее. Но можно в принципе и в одном инпуте несколько задач сделать:
Каждая следующая задача (кроме первой) начинается со строки

Код: Выделить всё

$new_job

в каждой задаче в таком случае придется в строке с методом и базиом ставить NOAUTOSTART, например

Код: Выделить всё

! UKS SOMF(1x) def2-TZVPP Grid6 TightSCF NOAUTOSTART

плюс блок

Код: Выделить всё

%scf Guess PModel 
    end

в противном случае ORCA будет пытаться брать предыдущий расчет в качестве начального приближения. Минусы такого подхода очевидны: файлы с молорбиталями будут затираться (впрочем, если нужны только геометрии, то и фиг с ними )

Можно, однако, для каждой из задач задать свои имена скратч файлов и т.п.:

Код: Выделить всё

%base "nth_job"

[kbob]

в противном случае ORCA будет пытаться брать предыдущий расчет в качестве начального приближения. Минусы такого подхода очевидны: файлы с молорбиталями будут затираться

В случае Multi-configurational расчетов брать предыдущий расчет в качестве начального приближения очень опасно. Можно придти к абсолютно неверному результату.

[Shorku]

В случае Multi-configurational расчетов брать предыдущий расчет в качестве начального приближения очень опасно. Можно придти к абсолютно неверному результату.

причем здесь это?
Речь шла о том, что если не принимать специальных мер, то по умолчанию ORCA в качестве начального приближения всегда берет скратч файлы с тем же названием, что и исполняемая задача, т.е. если это вторая задача в инпуте, то как начальное приближение будут взяты результаты первой залачи, где могла быть совершенно другая система => расчет закономерно вываливается с ошибкой.

[Гесс]

Господа, а что делает Grid вообще и Grid6 в частности?

Код: Выделить всё

! UKS SOMF(1x) def2-TZVPP Grid6 TightSCF NOAUTOSTART

Мануал как то ничего умного не дал, да и в гугле обьяснений не видно

[Shorku]

Господа, а что делает Grid вообще и Grid6 в частности?
Мануал как то ничего умного не дал, да и в гугле обьяснений не видно

страница 35-36 и 239-244 мануала, например. И много еще где в мануале.

[Гесс]

Упс, сорри, действительно. Как то я нетого. Спасибо.