Установка, настройка и работа с FireFly8

[perezzloy]

Здравствуйте! Перехожу со старого GAMESS 7.0 на FireFly 8.
Значит, скачал архив, запросил пароль, распаковал и скинул в папку на диск.
Потом скачал и настроил FiCo. Все как бы нормально, но возник вопрос: куда девать дополнительные библиотеки (те, что с расширением .lib), и где вообще их брать?
У меня есть несколько, может где-то есть хранилище их? И как их устанавливать? Просто в папку с FireFly кидать?
Прошу не кидать ссылок на мануалы на английском.
_____________________________________________________________________________________________________________
П.С.: В эту тему буду еще задавать вопросы по FireFly по ходу их появления.

[perezzloy]

Считал на FireFly 8 такой файл:

Код: Выделить всё

 $contrl exetyp=run mplevl=2 runtyp=optimize coord=cart nzvar=99 $end
 $system memory=99000000 timlim=90000 $end
 $basis gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
 $statpt nstep=2000 hssend=.t. $end
 $ZMAT AUTO=.t. DLC=.t. $end
 $scf dirscf=.t. $end
 $data                 
 dihloroksifenil.dat
 C1                                           
 C           6.0  -1.9912017736   3.4855168451  -0.4572309136
 C           6.0  -0.6315201102   3.3935931535  -0.5196065524
 C           6.0   0.0381340825   2.1252338616  -0.4385768217
 C           6.0  -0.6368492529   0.9431832832  -0.2807591311
 C           6.0  -2.0575530314   1.0125710866  -0.1931065874
 C           6.0  -2.7348069278   2.2759706936  -0.2974969279
 C           6.0  -3.0959387494   0.1014140305  -0.0512896816
 O           8.0  -4.2635382627   0.7852773085  -0.0849105257
 N           7.0  -4.0558913735   2.1506546273  -0.2370628292
 C           6.0  -3.1803969352  -1.3464276406   0.0956218187
 C           6.0  -2.0841058853  -2.0864407238   0.5736249843
 C           6.0  -2.1692295728  -3.4705933737   0.7002867161
 C           6.0  -3.3481814183  -4.1375563553   0.3622844647
 C           6.0  -4.4466614518  -3.4087801743  -0.1001719470
 C           6.0  -4.3678106657  -2.0260673830  -0.2344072476
 C           6.0   3.3275266415  -0.6976010251  -1.6641754781
 C           6.0   3.9070840110  -1.0905008411  -0.4580141524
 C           6.0   3.6463409948  -0.4068605837   0.7278551409
 C           6.0   2.7838863659   0.6894684680   0.7021416300
 C           6.0   2.1925928512   1.1007495129  -0.5000213434
 C           6.0   2.4719727941   0.4011542083  -1.6749853829
 O           8.0   1.4137134639   2.2341601299  -0.5466533444
 CL         17.0   2.4557379115   1.5563790239   2.1819615010
 CL         17.0   4.9916729407  -2.4695861445  -0.4256569908
 H           1.0  -2.5045665957   4.4376470620  -0.5284030865
 H           1.0  -0.0110514821   4.2752221144  -0.6398781855
 H           1.0  -0.1107768821  -0.0014247693  -0.2418028364
 H           1.0  -1.1780734859  -1.5748164377   0.8787005993
 H           1.0  -1.3157221395  -4.0280059347   1.0743349292
 H           1.0  -3.4126579113  -5.2166425765   0.4638400930
 H           1.0  -5.3684369368  -3.9203790548  -0.3603423743
 H           1.0  -5.2178699913  -1.4612011449  -0.6006439490
 H           1.0   3.5463985412  -1.2379884772  -2.5775214603
 H           1.0   4.1051659736  -0.7154709573   1.6589256200
 H           1.0   2.0124230069   0.7372639673  -2.5982537984
 $end

Считало, считало и выдало:

Activating Call64 option.
FSF: fatal error no. 0x00000020 in sub SEQOPN on unit 10

CPU TIME: STEP = 0.01 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.02 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 65.77%, TOTAL = 100.00%

0 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

WARNING! YOU ARE USING OUTDATED VERSION OF THE FIREFLY!
PLEASE CHECK FIREFLY HOMEPAGE FOR INFORMATION ON UPDATES!

EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED ABNORMALLY AT 12:50:01 LT 7-MAY-2013
Connection to node-03 closed.
MPI process terminated unexpectedly
Exit code -5 signaled from node-03
Killing remote processes...DONE

Не понимаю как исправить, чтобы все считалось. Подскажите пожалуйста.

[perezzloy]

И вот еще проблема. Обновил FireFly до ff8_rc41_windows. То есть обновление на 20 мая.
Запустил такой расчет:

Код: Выделить всё

$contrl exetyp=run mplevl=2 runtyp=optimize coord=cart nzvar=102 $end
 $system memory=98000000 timlim=900000 $end
 $basis gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
 $statpt nstep=2000 hssend=.t. $end
 $scf dirscf=.t. $end
 $ZMAT AUTO=.t. DLC=.t. $end
 $data               
 dioksolan.dat
 C1                                           
 C           6.0   1.2457972668  -2.7390914123  -0.1358727941
 C           6.0   2.2138288726  -1.8006152817   0.0884388753
 C           6.0   1.9071753484  -0.4062353467   0.2843718939
 C           6.0   0.6105934838   0.0395977739   0.2336396148
 C           6.0  -0.4261341510  -0.9031432714  -0.0162583853
 C           6.0  -0.1105152023  -2.2957778093  -0.1875975529
 C           6.0  -1.8112208125  -0.8690000732  -0.1264727455
 O           8.0  -2.2482755265  -2.1285201382  -0.3356862540
 N           7.0  -1.1935057339  -3.0407152675  -0.3788899333
 C           6.0  -2.8240276068   0.1767292817  -0.0386532684
 C           6.0  -2.4890249029   1.5234633423  -0.2648665335
 C           6.0  -3.4597792189   2.5167791093  -0.1650229643
 C           6.0  -4.7784261974   2.1835629857   0.1500883359
 C           6.0  -5.1224030519   0.8465334417   0.3635338439
 C           6.0  -4.1562719201  -0.1509269724   0.2745212287
 C           6.0   3.0632615353   0.5519054745   0.5917601328
 O           8.0   2.6684059417   1.9065900172   0.3511496514
 C           6.0   3.1906156945   2.3122780704  -0.9178959116
 C           6.0   3.8629453187   1.0452445116  -1.4684934565
 O           8.0   4.1595244602   0.3104197897  -0.2841552337
 C           6.0   3.5585523819   0.4247713629   2.0261612370
 H           1.0   1.4818342639  -3.7878576925  -0.2783046255
 H           1.0   3.2581156166  -2.0960304254   0.1059567518
 H           1.0   0.4022539175   1.0904578150   0.3926156908
 H           1.0  -1.4757053975   1.7886701657  -0.5445428465
 H           1.0  -3.1875884507   3.5524562298  -0.3449000644
 H           1.0  -5.5336218020   2.9600091273   0.2261883584
 H           1.0  -6.1462920382   0.5805451239   0.6085000926
 H           1.0  -4.4200663085  -1.1876948425   0.4513692276
 H           1.0   2.3805001799   2.6732103129  -1.5615587269
 H           1.0   3.9087701179   3.1268709699  -0.7658429089
 H           1.0   4.8009195778   1.2343269190  -1.9948809060
 H           1.0   3.1857968079   0.4820333286  -2.1249667235
 H           1.0   4.3966768833   1.1080360383   2.1793648041
 H           1.0   2.7515651393   0.6742865508   2.7189088229
 H           1.0   3.8830218477  -0.5990296766   2.2286925586
 $end

Все это посчиталось минут за 5!!! И вот окончание выходного файла:

Код: Выделить всё

 MAXIMUM GRADIENT =  0.0000000    RMS GRADIENT = 0.0000000
      ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****

                         NODE  0 I/O STATISTICS:
 DATA READ TOTAL =       13.682 MB,  DATA WRITTEN TOTAL =       14.656 MB

                         OVERALL I/O STATISTICS:
 DATA READ TOTAL =       13.747 MB,  DATA WRITTEN TOTAL =       14.656 MB

                         OVERALL  TIMING  STATISTICS:
 GLOBAL CPU TIME ELAPSED      =       240.7 SECONDS (     4.0 MIN)
 NODE 0 WALL CLOCK TIME       =       119.4 SECONDS (     2.0 MIN)
 JOB CPU UTILIZATION:   TOTAL =    201.59%, PER NODE AVERAGE =     50.38%

    11181089 WORDS OF    DYNAMIC MEMORY USED
 EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED NORMALLY 12:09:09 21-MAY-2013

Выдает что расчет закончился нормально, но обратите внимание

MAXIMUM GRADIENT = 0.0000000 RMS GRADIENT = 0.0000000

Как же так? Непонятно почему не считает. Подобное обнаружилось и с другими похожими расчетами.

[perezzloy]

И насторожило еще вот эта надпись во время расчета в FiCo:

THIS CHECK RUN SHOWS THERE IS SUFFICIENT MEMORY FOR GUESS=HUCKEL.

SINCE THIS IS A CHECK RUN WITH BOTH GUESS=HUCKEL AND PRTMO=.FALSE.,
THE ORBITALS WILL BE MADE BY GUESS=HCORE, IN THE INTEREST OF SPEED.
IF YOU REALLY NEED TO SEE THE HUCKEL ORBITAL SYMMETRIES,
YOU MUST SET PRTMO=.TRUE. DURING A CHECK RUN.

Так и не понял что исправить в инпуте

[amge]

Если у Вас $contrl начинается с первой позиции, то вся строка игнорируется, в том числе и exetyp=run. Может в этом дело?
(поставить пробел перед $contrl)

[HKLF4]

А на каком железе считаете?

Код: Выделить всё

Activating Call64 option.
FSF: fatal error no. 0x00000020 in sub SEQOPN on unit  10

Не понимаю как исправить, чтобы все считалось. Подскажите пожалуйста.

Попробуйте опции

Код: Выделить всё

$SMP CALL64=0 $END

или

Код: Выделить всё

$SYSTEM FASTF=.F. $END

Это не совсем решение Вашей проблемы, но в качестве костыля может сработать.

…Как же так? Непонятно почему не считает.

Код: Выделить всё

THIS CHECK RUN SHOWS THERE IS SUFFICIENT MEMORY FOR GUESS=HUCKEL.

Amge прав, инструкции в первой строке *.inp файла игнорируются, поэтому у Вас запускается не расчёт, а проверка входных данных. Просто поставьте пробел в начале этой строки и всё будет ОК.

…куда девать дополнительные библиотеки (те, что с расширением .lib), и где вообще их брать?

Я не уверен, что правильно понимаю Ваш вопрос, но скорее всего *.lib файлы — это файлы с внешними базисами. Брать их нужно или из сетевых библиотек типа EMSL, или с сайтов авторов базисов, или делать самому.

А вообще, конечно, Вам с такими вопросами прямиком вот сюда нужно.

[perezzloy]

Попробую по вашим советам сделать. А $contrl с пробелом, это тут так получилось.