Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Ricin
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Пн янв 09, 2017 3:56 pm

Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение Ricin » Пн янв 09, 2017 4:32 pm

Добрый день!

Подскажите, пожалуйста, как Kill или Pause Gaussian Jobs в Ubuntu? Когда я открываю 2 терминала, считаю одновременно 2 задачи. Если закрываю 1 терминал чтобы осстановить одну задачу, иногда у другого расчета в втором терминале возникает проблема.

Еще 1 вопрос, скажите, как составить очередь задач для Гауссиан. Я хочу задать очередь задач и он считает каждый раз по 1 задаче.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1489
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение surius » Пн янв 09, 2017 9:28 pm

Ricin писал(а):Еще 1 вопрос, скажите, как составить очередь задач для Гауссиан. Я хочу задать очередь задач и он считает каждый раз по 1 задаче.
если вы одинокий/одинокая персона с кучей свободного времени можно было бы посмотреть в сторону SLURM workload manager. Но не уверен что овчинка будет стоить ее выделки, может кто из завсегдатаев свободных осей подскажет простые аналоги?!
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение uchebnik fiziki » Пн янв 09, 2017 9:38 pm

а обычный цикл написать с поочерёдным запуском или тупо список задач в шелловском файле не покатит?
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение EvgeniX » Пн янв 09, 2017 11:25 pm

uchebnik fiziki писал(а):а обычный цикл написать с поочерёдным запуском или тупо список задач в шелловском файле не покатит?
Наш готовый скрипт для запуска в цикле, без PBS:

А так при наличии специалиста, лучше PBS/Torque установить.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение amge » Вт янв 10, 2017 7:09 am

У меня тоже есть некий костыль, может, для винды сгодится. Но лучше, да, если есть возможность, поставить PBS.

Ricin
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Пн янв 09, 2017 3:56 pm

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение Ricin » Вт янв 10, 2017 9:33 pm

Спасибо вам большое. Пожалуйста, кто-нибудь еще подскажет, как Kill или Pause Gaussian Jobs в Ubuntu?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение madschumacher » Вт янв 10, 2017 11:26 pm

Смотрите через или через top текущий процесс расчёта: у Гауссиана они называются обычно (в формате regexp) как /l[0-9]+/. Дальше, как всегда, по pid грохаете их :twisted: . Ну и вроде обычно они (расчеты) запускаются через какой-то bash-скрипт, можно рубить по его pid (по идее, порожденные процессы должны при этом тоже сдохнуть). :roll:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Ricin
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Пн янв 09, 2017 3:56 pm

Re: Как составить очередь задач для Гауссиан в Ubuntu

Сообщение Ricin » Ср янв 11, 2017 10:00 pm

Спасибо Вам.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 25 гостей