Gaussian Archive entry - Кто чем?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Gaussian Archive entry - Кто чем?

Сообщение Гесс » Сб фев 04, 2017 1:05 am

Внезапно задался вопросом.
Счас несколько реже чем раньше, но все еще довольно часто в сапплементари дают не XYZ координаты, а Gaussian Archive entry (те что идут в конце аутпута). Скажем
[cut]
1|1|UNPC-UNK|SP|RB3LYP|6-311+G(2d,p)|C6H7O6(1-)|KANAWATI|01-Apr-2010|0||
# b3lyp/6-311+g(2d,p) pop=nbo scf=tight||Title Card Required||-1,1|C|O
,1,1.40262223|C,2,1.44926496,1,107.69043618|C,3,1.54147722,2,106.35504
293,1,0.2019498,0|C,4,1.38759552,3,104.90605465,2,-0.17758992,0|H,3,1.
09654354,2,107.76441534,1,-116.2902437,0|O,1,1.23431542,2,120.72670307
,3,179.80142831,0|C,3,1.54961174,2,107.31141764,1,127.49350938,0|H,8,1
.10349604,3,106.55879935,2,76.82709463,0|C,8,1.53786582,3,113.64824421
,2,-162.5332408,0|H,10,1.09883488,8,107.53780246,3,79.99113978,0|H,10,
1.09675672,8,109.03560944,3,-163.01279641,0|O,8,1.42728787,3,111.38710
834,2,-41.80962491,0|H,13,0.97415005,8,105.89421975,3,38.31072631,0|O,
10,1.41783296,8,113.24049457,3,-43.10279795,0|H,15,0.99559934,10,103.7
6148596,8,74.52923897,0|O,5,1.38541635,4,127.97871637,3,-178.85943201,
0|H,17,0.97408644,5,105.01693243,4,179.79166028,0|O,4,1.26730834,3,122
.01761842,2,-177.75696212,0||Version=IA32W-G03RevE.01|State=1-A|HF=-68
4.4933477|RMSD=9.213e-009|Thermal=0.|Dipole=-0.4770742,0.2314668,0.872
6818|PG=C01 [X(C6H7O6)]||@
[/cut]
У моей группы есть самописный софт (который насколько мне известно не имеет никакого распространения вне группы) который читает такие архивы (визуализирует и позволяет перегнать скажем в инпуты). А как все остальные решают эту проблему?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2049
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gaussian Archive entry - Кто чем?

Сообщение amge » Сб фев 04, 2017 12:29 pm

Ну, переформатировать такую запись, чтобы, выкинув лишние строки, получить инпут - это вообще не проблема и делается налету без всякого специального софта

Код: Выделить всё

perl -0 -pe "s/\n//g; s/\|/\n/g"  Gaussian_Archive_entry_file
Если же более сложно, например, пропарсить пдф, найти все такие записи и сохранить их в виде инпутов с умными именами - тут да, надо писать программу. Еще сложнее - превратить z-матрицы в xyz. Но мне ни разу не попадались SI с таким представлением данных. Поэтому и задача не стояла...

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей