+++ solvatebox amber

[Гесс]

гружу гафф, гружу water.tip3p, гружу frcmod для своей молекулы, гружу молекулу, все работает корректно, можно сохранить.
говорю solvatebox молекула TIP3PBOX (на картинке проверялся TIP3PFBOX, разницы никакой), ошибки не вылазит, вода добавлена, ее можно увидеть через edit
пытаюсь сохранить - получаю тысячи строк о том что "could not find vdw (or other) parameters for type: OW" и "could not find vdw (or other) parameters for type: HW"
Если предварительно загрузить чтото типа frcmod.tip3pf то ошибки по кислороду не возникает.
Очевидно потому что скармливается инфа по

MASS
OW 16.0

BOND
OW-HW 553.0 0.9572 TIP3P water
HW-HW 553.0 1.5136 TIP3P water

ANGLE

DIHE

NONBON
OW 1.7926 0.098

На этом моменте я приостановился с написанием поста и потыкался еще, в результате чего решил проблему и теперь пытаюсь понять я ли ... или авторы амбера.

leaprc.water.tip3p вообще грузит лишь инфу по ионам, но не по самой воде.
Инфа по воде содержится уже в гаффе, но там даны атомы ow и hw.
какого хрена надо редактировать гафф.дат и скармливать его через липрц.гафф (и тот и другой локальные ибо глобальные я поредактировать разумеется немогу), чтобы просто долить воду, что тысячи людей (думаю 90% работающих в молдинаме) должны делать каждый день.

[uchebnik fiziki]

ЕМНИП, дефолтная вода TIP3P -- для серии силовых полей AMBER. То есть для воды используется одно поле, а для растворённой молекулы -- другое.

[Гесс]

да, у меня гафф на растворенной молекуле и tip3p вода но tip3p параметры для воды в записи ow и hw уже есть в гафф и их нет в leaprc.water.tip3p и всем что он грузит.
Я просто в шоке что solvatebox добавляет воду в такой записи (OW, HW) что saveamberparm фейлит.

[uchebnik fiziki]

Это ещё большой вопрос, насколько хорош гафф для воды и иследует ли его для неё использовать.

[Гесс]

окей. попробуем еще раз...
Какие параметры у воды в tip3p?
это скажем длина связи 0.9572 и угол 104.52
Так?
Эти параметры ЕСТЬ в gaff.dat файле для атомов ow и hw
Этих параметров НЕТ ни в одном файле которые грузятся с leaprc.water.tip3p

Но я ведь даже не обэтом. Я готов скормить xleap-у столько полей сколько он захочет. Проблема в том что solvatebox заселяет систему атомами OW и HW. Для OW можно найти коекакие параметры скажем в frcmod.tip3pf (и они даже в большинстве своем соответствуют параметрам ow атомов из gaff.dat или tip3p параметрам для кислорода.
Параметров для HW атомов (в первую очередь NONBON) нет вообще нигде!

То есть это либо я дурак кому пришлось добавлять HW тип атомов с параметрами hw либо это авторы такие эммм... чудаки.
В пользу первого варианта говорит то что Tip3p воду по идее добавляют сотни людей каждый день. Наверное каким то из *leap-ов. И никто не жалуется.

[uchebnik fiziki]

эээ, ну скормите ему FF14 в наиболее актуальной версии, атомы там должны быть соответствующие и никакого frcmod не надо