электронное состояние в Gaussian W03

вопросы строения молекул и квантовой химии
YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение YuraM » Пт мар 01, 2013 9:09 am

Я плохо понимаю в расчетах, но внесу свои 5 копеек

1) MP2 - даже не думай, базис у тебя сейчас для MP2 нормальный (особенно если на меди cc-pvtz-PP), но думаю частоты ты точно не потянешь (g03w - под Windows). Да и сказать, что mp2 лучше будет чем b3lyp - это ошибка. Кто-то назвал "TM chemistry is a graveyard for MP2", если я правильно помню. DFT хоть как-то учитывает статическую корреляцию.
2) Так как по-видимому нековалетные взаимодействия в твоем комплексе не играют большой роли, менять B3LYP на M06* or PBE наверное тоже нет исключительной необходимости, хотя есть работа где показали что для порфиринов B3LYP поработал не очень.
3) Spin contamination в студию, только после annihilation!
4) Когда проводил анализ волновой функции ты конечно использовал ее после annihilation :

"Unrestricted calculations often incorporate a spin annihilation step which removes a large percentage of the spin contamination from the wave function at some point in the calculation. This helps minimize spin contamination but does not completely prevent it. The final value of <S2> is always the best check on the amount of spin contamination present. In Gaussian, the option "iop(5/14=2)" tells the program to use the annihilated wave function to produce the population analysis. I am not aware of any programs that use the annihilated wave function to perform the geometry optimization." from "http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung ... _cont.html"

5) я когда-то точно фиксировал электронное состояние в комплексах меди (почитай здесь http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_guess.htm) - permute or alter.

6) Если тебе ROHF даст то, что надо - то при расчете с b3lyp считай волновую функцию с HF (guess=read ). Но помни, чтобы считать волновую ф-цию число электронов в SCF должно быть одинаковое и в HF и в DFT.

7) Зачем тебе такие большие базисы для DFT? cc-pvtz были оптимизированы для CISD (поляризациооные экспоненты). Ты уверен, что тебе нужны f функции на C,N? Если бы мы говорили о MP2/CCSD/.. - то конечно, такой баланс как в cc-pvtz/ANO/ тебе необходим ,но для DFT это не столь очевидно. На C, N, - хватило бы и d ф-ций, а на водороде p функций.

8) Попробуй пустить wafe function stability test (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_stable.htm) перед рассчетом и использовать уже стабилную wf.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение sanya1024 » Пт мар 01, 2013 12:49 pm

Вик писал(а): Почему не справятся? MOLCAS (http://www.molcas.org) еще как справится.
Во-первых, Молкас платный и есть далеко не у всех. Во вторых, мне самой интересно, какого размера задачи влезают в Молкас и сколько времени они считаются. В FireFly 1500 базисных функций и акт. пространства до (16,16) -- реальность, в меньших акт. пространствах можно делать массовые расчеты. Более того, многие задачи нормально идут на 4-ядерном PC.

Но это опять-таки ОФФ.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Вик
Сообщения: 40
Зарегистрирован: Чт апр 21, 2005 7:43 am
Контактная информация:

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение Вик » Пт мар 01, 2013 11:29 pm

sanya1024 писал(а):
Вик писал(а): Почему не справятся? MOLCAS (http://www.molcas.org) еще как справится.
Во-первых, Молкас платный и есть далеко не у всех. Во вторых, мне самой интересно, какого размера задачи влезают в Молкас и сколько времени они считаются. В FireFly 1500 базисных функций и акт. пространства до (16,16) -- реальность, в меньших акт. пространствах можно делать массовые расчеты. Более того, многие задачи нормально идут на 4-ядерном PC.

Но это опять-таки ОФФ.

По цене, на сегодня, MOLCAS дешевле других пакетов и доступен: годовая лицензия по цене сопоставима со стоимостью рабочей станции или же SSD raid (5 devices) или же компиллятора от Intel (academic price).


CASSCF(16,16) вполне себе проходимые расчеты. Только вот базис будет ANO и в нагрузку там DKH, CASPT2 где необходимо. Да и алгоритмы позволяют задействовать память эффективным образом (например, 512GB RAM). Не вижу ничего особенного в "многие задачи нормально идут на 4-ядерном PC". Не показатель - это уже норма на сегодняшний день.
No Pains, No Gains.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение sanya1024 » Сб мар 02, 2013 12:35 am

О, это хорошо... ну, кроме цены :) Тем более не надо бояться многоконфигурационных методов.
Еще раз прошу прощения за ОФФ.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Pimenov
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Пн фев 25, 2013 5:32 pm

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение Pimenov » Вт мар 05, 2013 11:06 pm

YuraM писал(а):Я плохо понимаю в расчетах, но внесу свои 5 копеек
что-то слабо вериться! :) За консультацию вам СПАСИБО!!!

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение Himera » Сб мар 09, 2013 8:22 am

Свежие идеи о вставке Кон-Шэмовских орбиталей в ХФ расчёты и прочий подобный бред -- в отдельной теме

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2691
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение Droog_Andrey » Чт мар 14, 2013 12:28 am

sanya1024 писал(а):В FireFly 1500 базисных функций и акт. пространства до (16,16) -- реальность, в меньших акт. пространствах можно делать массовые расчеты. Более того, многие задачи нормально идут на 4-ядерном PC.
Есть задача (8,12) с 1369 БФ. Какие примерно ресурсы понадобятся?
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение sanya1024 » Чт мар 14, 2013 2:33 am

Я бы все-таки взяла 32-48 ядер и поставила бы не GUGA (на первый взгляд, очевидный выбор для расчета состояний одной мультиплетности), а ALDET с PURES=.t. и distci=<число ядер>. Выйдет гораздо экономнее в смысле памяти. Но и на меньшем кол-ве ядер пойдет, есть опыт расчета задач на 1100-1500 функций в акт. пространствах типа (10,10) на квадрике, оптимизировали геометрию. Просто очень долго получится.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2691
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение Droog_Andrey » Чт мар 14, 2013 12:50 pm

А на ПК с 4 гигами ОЗУ никак?
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: электронное состояние в Gaussian W03

Сообщение sanya1024 » Чт мар 14, 2013 1:38 pm

8 гиг желательно. Хотя алгоритм довольно экономный, может, и 4 хватит.
Собс-но, когда-то давно (когда этих алгоритмов еще не было), я пыталась пускать single-point расчеты с базисом ~1000 функций в CAS(10,10) на Атлонах под Виндой. И там это тоже работало. Но было реально медленно и кончилось убитыми дисками.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей