Я вообще-то хотел Вас попросить об одной услуге... посчитайте мне киназу... всего-то 400 остатков... а то у меня там две петли в рентгене не видны, хочется посмотреть на них. Да, и ещё механизм ингибирования -- как петля загибается и ингибирует.Yurii писал(а):Nord писал о домохозяйках, которые пользуются квантовохимическими расчетами.Marxist писал(а):Они не читают эту тему.Yurii писал(а):Дело не во мне. Дело в многочисленных посетителях форума, большинство из которых, как Вы пренебрежительно заметили, относятся к "домохозяйкам".Nord писал(а):Думайте, что Вам будет угодно.
GAMESS эффективность работы
-
Marxist
Yurii, данный форум и создан для свободного обмена мнениями людьми, имеющими отношение к химии и родственным дисциплинам. Своим поведением Вы провоцируете действительно заслуженных и уважаемых форумян на резкие высказывания. Если Вас устраивает роль вечно гонимого непризнанного гения, то стоит продолжать в том же духе и даже усилить напор 
Вопрос, как долго может продолжаться подобное противостояние 
Что касается результатов расчета, то посмотрите внимательно хотя бы пост Yu/2 от Пн Сен 03, 2007 8:27 pm
Вопрос, как долго может продолжаться подобное противостояние Что касается результатов расчета, то посмотрите внимательно хотя бы пост Yu/2 от Пн Сен 03, 2007 8:27 pm
А пока, не обессудьте, вторая желтая карточка. Следующая может оказаться последней...Все, я зарядил расчет и удаляюсь в свой заслуженный отпуск. Через неск. дней я надеюсь оно посчитается и залью в exchange результат
Последний раз редактировалось amik Ср сен 05, 2007 4:16 pm, всего редактировалось 1 раз.
Бог на стороне не больших батальонов, а тех, кто лучше стреляет (приписывается Вольтеру)
Я понимаю: Вы существо с планеты под номером 10. Я догадывался, но точно этого не знал. Теперь в этом утвердился.Marxist писал(а):Я вообще-то хотел Вас попросить об одной услуге... посчитайте мне киназу... всего-то 400 остатков... а то у меня там две петли в рентгене не видны, хочется посмотреть на них. Да, и ещё механизм ингибирования -- как петля загибается и ингибирует.Yurii писал(а):Nord писал о домохозяйках, которые пользуются квантовохимическими расчетами.Marxist писал(а):Они не читают эту тему.Yurii писал(а):Дело не во мне. Дело в многочисленных посетителях форума, большинство из которых, как Вы пренебрежительно заметили, относятся к "домохозяйкам".Nord писал(а):Думайте, что Вам будет угодно.
Спасибо за снисходительное ко мне отношение. С футбольного поля меня бы уже выгнали. И потом: Вы считаете, что я первый начал провоцировать? Если так, то вынужден признать, что у Вас на форуме действует правило: "своя рука-владыка". Как верно заметил посетитель Вашего форума IB, не я первый развязал "религиозных войну", и был вынужден заступиться за меня, хотя я в этом, по большому счету, не нуждаюсь. Что касается выкладывания результатов, то речь идет не о расчете, который у меня занимает ничтожное время (меньше часа), и которым Yu/2 занимается несколько дней (не понял, почему - должно быть быстрей), а о расчете димера C120 методом rhf в базисе 6-311g* (размер базиса 2160). Nord написал, что этот расчет у него выполнен. но по надуманным соображениям не хочет его выкладывать. Я, естественно, позволил себе в этом усомниться.amik писал(а):Yurii, данный форум и создан для свободного обмена мнениями людьми, имеющими отношение к химии и родственным дисциплинам. Своим поведением Вы провоцируете действительно заслуженных и уважаемых форумян на резкие высказывания. Если Вас устраивает роль вечно гонимого непризнанного гения, то стоит продолжать в том же духе и даже усилить напор
Что касается результатов расчета, то посмотрите внимательно хотя бы пост Yu/2 от Пн Сен 03, 2007 8:27 pmА пока, не обессудьте, вторая желтая карточка. Следующая может оказаться последней...Все, я зарядил расчет и удаляюсь в свой заслуженный отпуск. Через неск. дней я надеюсь оно посчитается и залью в exchange результат
Сам ее потерял
Эх, Yurii, Yurii...
Мы ж договорились 6-31G базис, я его и поставил... Сегодня пришел на работу а Вы уже кинулись другой расчет делать.
Ладно. Мой результат залит в exchange. Оптимизация С120 в симметрии D2hб RHF/6-31G, использовался одни компьютер. Сделано 3 шага оптимизации. Реальное время расчета - 87 минут.
Почему Вы все время пытаетесь доказать превосходство Gaussian-a? Зачем Вам это? Вы не там его ищете.
Ладно, принимаю Ваши новые условия и ставлю новый базис.
Мы ж договорились 6-31G базис, я его и поставил... Сегодня пришел на работу а Вы уже кинулись другой расчет делать.
Ладно. Мой результат залит в exchange. Оптимизация С120 в симметрии D2hб RHF/6-31G, использовался одни компьютер. Сделано 3 шага оптимизации. Реальное время расчета - 87 минут.
Почему Вы все время пытаетесь доказать превосходство Gaussian-a? Зачем Вам это? Вы не там его ищете.
Ладно, принимаю Ваши новые условия и ставлю новый базис.
-
Marxist
VTur писал(а):А нельзя ли её сжать частями?
Код: Выделить всё
http://qsar.chem.msu.ru/~dmitry_o/TACC.tar.gz
Последний раз редактировалось Marxist Чт сен 06, 2007 2:54 pm, всего редактировалось 2 раза.
И еще, Yurii,
возможно у Вас криво собрался Gaussian, потому что он выдает нули для CPU time. Даже для многопроцессоных задач эти цифры нормально собранный Gaussian всегда выдает, что бы Вы там не думали. Поверьте мне как краеведу.
Ну а если это действительно проблема сборки, то другие неявные проблемы тоже могут быть.
возможно у Вас криво собрался Gaussian, потому что он выдает нули для CPU time. Даже для многопроцессоных задач эти цифры нормально собранный Gaussian всегда выдает, что бы Вы там не думали. Поверьте мне как краеведу.
Ну а если это действительно проблема сборки, то другие неявные проблемы тоже могут быть.
Думаю, что грамотный программист, который занимался сборкой gaussian'а, поймет, почему там нули. Что касается меня, то я Ваш форум покидаю. Всего хорошего. Это мое последнее сообщение.Yu/2 писал(а):И еще, Yurii,
возможно у Вас криво собрался Gaussian, потому что он выдает нули для CPU time. Даже для многопроцессоных задач эти цифры нормально собранный Gaussian всегда выдает, что бы Вы там не думали. Поверьте мне как краеведу.
Ну а если это действительно проблема сборки, то другие неявные проблемы тоже могут быть.
Меня заинтересовало сравнение pc gamess и gaussian. Скачав Ваш файл расчета и 2 файла расчета Yurii , я решил сравнить на своем железе (Core 2 Duo E6600 2.4 GHz) Ваш и Yurii расчеты (тем более что Вы написали, что у него, возможно, кривая программа). Как я понял, Yurii, как специалисту, далеко до Вас. Да я давно еще имею на него "зуб", т.к. он не хочет делиться своими разработками по диагонализации, а сидит на ней как собака на сене, и клепает с ее помощью статьи в академических журналах по полуэмпирике (с помощью gamess, который он так не любит). Решил сразу взять быка за рога и начал с rhf/6-311g*. Решил начать с более привычного мне gaussian'а g03 (ОС Windows, IA32). К диску практически не обращается, занимается, чем надо-расчетом. Пропустил одну итерацию и снял задачу-уж больно долго считает-в 4 раза медленней, чем у Yurii. Но результаты расчета после 1 итер. совпали с результатами Yurii (убедился в идентичности результатов фирменного gaussian и самопальной, как утверждает Yurii, сборки). Поставил pc gamess. Практически все время идет работа только с диском. Финал-вылетела. У меня было свободно 43 Gb памяти - и ей этого не хватило! А у gaussian требуется менее 3 Gb памяти, к которой в процессе расчета он практически не обращается. Почесал в затылке и подумал о дутых специалистах, которые занимаются передергиванием (серверные процессоры Opteron 8218 и четыре узла). Решил поставить задачу, которую Вы посчитали (rhf/6-31g). Начал опять с gaussian. Правда, немного модифицировал файл Yurii (dft заменил на rhf и поставил требуемую точность расчета, совпадающую с Вашей). Сошлась за 2 итер. (у Вас - 3, но не секрет, что gaussian сходится значительно быстрей). К сожалению, Yurii не выложил этого расчета. Запустил задачу на pc gamess. Это был какой-то ужас. Потребовалось более 10 Gb дисковой памяти, с которой она все время работает. О времени расчета я уже и не говорю. Диск у меня хороший - выдержал, да и результаты совпали с Вашими. Итог: для обычного, а не серверного пользователя pc gamess - это хлам. А может хлам прцессоры Intel + gaussian?Yu/2 писал(а):Эх, Yurii, Yurii...
Мы ж договорились 6-31G базис, я его и поставил... Сегодня пришел на работу а Вы уже кинулись другой расчет делать.
Ладно. Мой результат залит в exchange. Оптимизация С120 в симметрии D2hб RHF/6-31G, использовался одни компьютер. Сделано 3 шага оптимизации. Реальное время расчета - 87 минут.
Почему Вы все время пытаетесь доказать превосходство Gaussian-a? Зачем Вам это? Вы не там его ищете. :)
Ладно, принимаю Ваши новые условия и ставлю новый базис. :)
Последний раз редактировалось A_Vost Пт сен 07, 2007 4:15 pm, всего редактировалось 1 раз.
Yu/2 писал:Nord писал(а):Опция dirscf решит Ваши проблемы.
"Для большей скорости расчета GAMESS хранит на диске данные. Если Вы хотите избавиться от "елозинья" диска - включите численный метод расчета гессиана и "прямой" SCF (Direct SCF). Тогда будет все время 100% загрузка процессора. Но я бы не советовал этого делать. Во-первых, время расчета увеличится на порядок. Во-вторых, точность и устойчивость VSCF может сильно упасть из-за ошибок в численных гессианах."
Ну что я могу сказать... Gaussian - это программа, которая часто сама автоматически выбирает стратегию расчета. В случае с базисом 6-311G(d) она не хранит интегралы на диске, а перевычисляет по мере необходимости. Т.е. Gaussian часто хорош тем, что пользователю думать не надо о технических вещах. Поэтому и говорят что он для "домохозяек". Лично я не вижу в этом оскорбления, ведь считать нужно многим, а ботать квантовую химия почти никто не хочет. Gaussian затачивается специально под простого пользователя.A_Vost писал(а): Меня заинтересовало сравнение pc gamess и gaussian. Скачав Ваш файл расчета и 2 файла расчета Yurii , я решил сравнить на своем железе (Core 2 Duo E6600 2.4 GHz) Ваш и Yurii расчеты (тем более что Вы написали, что у него, возможно, кривая программа). Как я понял, Yurii, как специалисту, далеко до Вас. Да я давно еще имею на него "зуб", т.к. он не хочет делиться своими разработками по диагонализации, а сидит на ней как собака на сене, и клепает с ее помощью статьи в академических журналах по полуэмпирике (с помощью gamess, который он так не любит). Решил сразу взять быка за рога и начал с rhf/6-311g*. Решил начать с более привычного мне gaussian'а g03 (ОС Windows, IA32). К диску практически не обращается, занимается, чем надо-расчетом. Пропустил одну итерацию и снял задачу-уж больно долго считает-в 4 раза медленней, чем у Yurii. Но результаты расчета после 1 итер. совпали с результатами Yurii (убедился в идентичности результатов фирменного gaussian и самопальной, как утверждает Yurii, сборки). Поставил pc gamess. Практически все время идет работа только с диском. Финал-вылетела. У меня было свободно 43 Gb памяти - и ей этого не хватило! А у gaussian требуется менее 3 Gb памяти, к которой в процессе расчета он практически не обращается. Почесал в затылке и подумал о дутых специалистах, которые занимаются передергиванием (серверные процессоры Opteron 8218 и четыре узла). Решил поставить задачу, которую Вы посчитали (rhf/6-31g). Начал опять с gaussian. Правда, немного модифицировал файл Yurii (dft заменил на rhf и поставил требуемую точность расчета, совпадающую с Вашей). Сошлась за 2 итер. (у Вас - 3, но не секрет, что gaussian сходится значительно быстрей). К сожалению, Yurii не выложил этого расчета. Запустил задачу на pc gamess. Это был какой-то ужас. Потребовалось более 10 Gb дисковой памяти, с которой она все время работает. О времени расчета я уже и не говорю. Диск у меня хороший - выдержал, да и результаты совпали с Вашими. Итог: для обычного, а не серверного пользователя pc gamess - это хлам. А может хлам прцессоры Intel + gaussian?
(PC) GAMESS устроен изначально для профессионалов. Да, у него есть проблемы, как и у всех программ. В вашем конкретном случает PC GAMESS по умолчанию всегда хранит на диске интегралы. Хотите чтоб было как в G03 - извольте поставить эту опцию явно.
Прежде чем делать сильные выводы, нужно хорошенько ознакомиться с предметом.
На счет скорости сходимости, опять повторяю: прежде чем делать сильные выводы, нужно хорошенько ознакомиться с предметом.
Gaussian вместо Вас выбрал лучший "в среднем" из реализованных методов оптимизации геометрии. PC GAMESS по умолчанию варьирует декартовых координаты, что часто не лучший выбор. Но это не значит что он не умеет других методов! Читайте документацию. И последнее здесь - в PC GAMESS по-умолчанию стоят более жесткие критерии для остановки минимизации.
В общем, RTFM!
Если Вы хотите "умыть" Yurii,в чем я уже сильно сомневаюсь, сделайте расчет под EM64T на Core 2 Duo, а не демонстрируйте результаты на серверных процессорах для 4 узлов, хотя и здесь Yurii на своем Core 2 Duo немного Вам уступает. И приведите, пожалуйста, расчет для rhf/6-311g*. Вы еще писали, что Вам потребуется несколько дней для опубликованного Вами расчета и опубликовали только 6-го числа. А расчет, судя по выложенному Вами файлу, произведен 4-го. Столько времени ушло на исправления? Файл для rhf/6-311g* придется исправлять гораздо дольше, да и число итераций там будет значительно больше, чем у Yurii. Я попросил своих друзей в Америке воспроизвести расчет.Yu/2 писал(а):Прошу прощения у публики, не на те цифры посмотрел. Реальное время расчета 23 минуты.Yu/2 писал(а): Ладно. Мой результат залит в exchange. Оптимизация С120 в симметрии D2hб RHF/6-31G, использовался одни компьютер. Сделано 3 шага оптимизации. Реальное время расчета - 87 минут.
О боже, нет только не второй Yurii!A_Vost писал(а): Если Вы хотите "умыть" Yurii,в чем я уже сильно сомневаюсь, сделайте расчет под EM64T на Core 2 Duo, а не демонстрируйте результаты на серверных процессорах для 4 узлов, хотя и здесь Yurii на своем Core 2 Duo немного Вам уступает. И приведите, пожалуйста, расчет для rhf/6-311g*. Вы еще писали, что Вам потребуется несколько дней для опубликованного Вами расчета и опубликовали только 6-го числа. А расчет, судя по выложенному Вами файлу, произведен 4-го. Столько времени ушло на исправления? Файл для rhf/6-311g* придется исправлять гораздо дольше, да и число итераций там будет значительно больше, чем у Yurii. Я попросил своих друзей в Америке воспроизвести расчет.
)Вы мне делаете смешно.
Я уже писал, у меня очередь расчетов. Т.е. я могу сейчас что-то поставить в очередь, а оно посчитается через месяц. Про Sun Grid Engine слышали что-нибудь?
Зачем мне его умывать?A_Vost писал(а): Если Вы хотите "умыть" Yurii,в чем я уже сильно сомневаюсь, сделайте расчет под EM64T на Core 2 Duo, а не демонстрируйте результаты на серверных процессорах для 4 узлов, хотя и здесь Yurii на своем Core 2 Duo немного Вам уступает.
Мне весело беседовать так. Особо сильного нахальства не было, а остальное простить можно. К сожалению у меня нет Core 2 Duo. Что значит серверный процессор?! Он хуже чем Core 2 Duo! Т.е. если я хочу кого-то умыть, то это мне комплимент.
Свои расчеты я выполнял как и было условлено - "один компьютер".Это из Вашего файла:Yu/2 писал(а):О боже, нет только не второй Yurii!A_Vost писал(а): Если Вы хотите "умыть" Yurii,в чем я уже сильно сомневаюсь, сделайте расчет под EM64T на Core 2 Duo, а не демонстрируйте результаты на серверных процессорах для 4 узлов, хотя и здесь Yurii на своем Core 2 Duo немного Вам уступает. И приведите, пожалуйста, расчет для rhf/6-311g*. Вы еще писали, что Вам потребуется несколько дней для опубликованного Вами расчета и опубликовали только 6-го числа. А расчет, судя по выложенному Вами файлу, произведен 4-го. Столько времени ушло на исправления? Файл для rhf/6-311g* придется исправлять гораздо дольше, да и число итераций там будет значительно больше, чем у Yurii. Я попросил своих друзей в Америке воспроизвести расчет.
Вы мне делаете смешно.
Я уже писал, у меня очередь расчетов. Т.е. я могу сейчас что-то поставить в очередь, а оно посчитается через месяц. Про Sun Grid Engine слышали что-нибудь?
EXECUTION OF GAMESS BEGUN 1:11:17 LT 4-SEP-2007
...........................
...........................
...........................
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY 1:34:07 LT 4-SEP-2007
PC GAMESS ничего не знает о том, когда его поставили в очередь.
А Вы опубликовали только 6-го. И не надо понимать все буквально.
Что касается профессианолизма gamess, то это все равно, что писать в кодах, а не на языке ассемблера. Пишут, в основном, ее студенты. Что чувствуется и по исходному коду. Исходный код gaussian говорит о профессинальной руке.
Ну естественно PC GAMESS ничего не знает когда конкретная задача ставилась в очередь.A_Vost писал(а): Это из Вашего файла:
EXECUTION OF GAMESS BEGUN 1:11:17 LT 4-SEP-2007
...........................
...........................
...........................
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY 1:34:07 LT 4-SEP-2007
PC GAMESS ничего не знает о том, когда его поставили в очередь.
А Вы опубликовали только 6-го. И не надо понимать все буквально.
Об это заботится SGE. А вот когда он стартовал выдается, как видите. Ну а прислал я результат когда появился на работе. Вот и все объяснение. Если честно, мне лень отвечать на такие вопросы.
Это я даже обсуждать не буду.A_Vost писал(а): Что касается профессианолизма gamess, то это все равно, что писать в кодах, а не на языке ассемблера. Пишут, в основном, ее студенты. Что чувствуется и по исходному коду. Исходный код gaussian говорит о профессинальной руке.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей