Оптимизация геометрии в PCGAMESS

[АлександрI]

Приближенного гессиана в минимуме быть не может. Он считается после градиента, отсюда и диагностика. Вы, наверно, посмотрели на предыдущие строки.

Прошу прощения, но, после сообщения в аутпуте о достижении стационарной точки (Файл 1 из вложения), в панче появляется группа (Файл 2 из вложения):
----- RESULTS FROM SUCCESSFUL RHF GEOMETRY SEARCH -----
содержащая, кроме всего прочего и текст
CAUTION, APPROXIMATE HESSIAN!
$HESS
.........................................................................
Так что мне очень жаль, но он вроде бы там есть. Тогда (ну вот это было бы счастье), может это и есть тот
, без дёрганья полученный гессиан, вычислять который меня отсылали к Природе?

АлександрI писал(а):
Но всё же, почему в этих двух группах числа различаются ?
Может быть так: одни и те же числа в панче называются $GRAD, а в аутпуте - $VIB, и они немного различаются из-за переформатирования? Тогда какие правильнее?


Правильные цифры в $GRAD. Что там в этом $VIB-е, точно не скажу, потому что его не нужно трогать. Вероятно, там некое "сырье", к-рое можно пересчитать в нормальный градиент по внутренним координатам. Или какой-нибудь "приближенный", т.е. не рассчитанный, а прикинутый градиент. В общем, пользователю это не нужно.

Этот вопрос я снимаю, со всяческими извинениями. Я что то напутал с числами: в группах $GRAD и $VIB числа одинаковые (см. файл 2) Теперь и мне, наконец, понятно что это за числа...

[VTur]

После вот этого?

MAXIMUM GRADIENT = 0.0004359 RMS GRADIENT = 0.0001388
1 ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****


Попробуйте увеличить точность расчета.

[АлександрI]

Попробуйте увеличить точность расчета.

Извините, мы то уже проходили - ничего не получается: ион, 39 атомов, нежёсткая молекула, локальные квадратуры, медленный возврат в найденной стационарной точке...
Всё же меня интересует мой прежний вопрос: что это за гауссиан, который печатается в панче после достижения "лок. мин."?
Это не аналог того гауссиана, который в Природе считается аналитически? И из него получатся "правильные" частоты?

[VTur]

Панч не влезет, но выложите *.out файл ГАМЕССа. Тот, что с самой большой точностью. Хотя бы дефолтной.

[АлександрI]

Выкладываю аутпут без длиннющих массивов.

[sanya1024]

Вы не сможете использовать этот приближенный гессиан! Его не используют! яйца не варят в микроволновке! еще?

[EvgeniX]

По-моему, человек просто издевается. Да ещё гессиан гауссианом называет.

[АлександрI]

еще?

Да

Его не используют!

Почему?

Вы не сможете использовать этот приближенный гессиан!

Чем он плох?
А если его почистить (я уже научился...)?
А каково Ваше мнение, VTur?

После вот этого?

Кстати, мне так хочется думать, что мне удалось Вас, VTur, заинтересовать моим вопросом, но, я так думаю, к сожалению, Вам испортили настроение некоторые злые форумчане. Я, конечно, ничего не понял в той самой дискуссии, но мне приятен Ваш стиль обсуждения: без менторского тона, как у знатоков, без оскорбительных намёков администрации. Я даже вчера вечером, почитав ту тему, написал по этому поводу небольшое essai , но почему то, вероятно,при отправке, получился глюк, во всяком случае я своего текста на сайте не нашёл, видно он ушёл в никуда...

[EvgeniX]

Чему бы такому плохому научить, вот:
иногда при оптимизации молекулы в возбуждённом состоянии для лучше оптимизации скармливают гессиан _в основном_ состоянии, потому как он изначально является лучшим приближением гессиана.

Можно возбуждённую молекулу характеризовать гессианом основного состояния?

[Himera]

Я даже вчера вечером, почитав ту тему, написал по этому поводу небольшое essai , но почему то, вероятно,при отправке, получился глюк, во всяком случае я своего текста на сайте не нашёл, видно он ушёл в никуда...

Наверное, он и правда ушёл в никуда. Я его не видел, в логах никаких признаков удаления Ваших сообщений тоже нет.

Я, конечно, ничего не понял в той самой дискуссии, но мне приятен Ваш стиль обсуждения: без менторского тона, как у знатоков, без оскорбительных намёков администрации.

А вот здесь осторожнее, пожалуйста. То, что написано зелёным цветом, это действительно "намёки администрации", которые не обсуждаются. Всё остальное является моим личным мнением, с "администрацией" никак не связанным. И, поверьте, сложилось это мнение не на пустом месте.

[АлександрI]

гессиан гауссианом называет

Ну вот, дождался, спасибочки, ругайтесь, сколько хотите, я всё таки хочу добиться конкретного ответа... Ну неужели непонятно, что это описка, ну конечно же, гессиан, приношу извинения (да и Вашем тексте есть описка ) ...Я согласен, что я очень неудобен в дискуссиях, так как хочу получать конкретные ответы на мои конкретные вопросы...

гессиан _в основном_ состоянии, потому как он изначально является лучшим приближением гессиана.

Несмотря на затрещину, EvgeniX, я Вам очень благодарен: ну наконец то я получил, на мой взгяд, конкретный ответ на

мой прежний вопрос: что это за гауссиан, который печатается в панче после достижения "лок. мин."?

Я так понял, что это есть

гессиан _в основном_ состоянии, потому как он изначально является лучшим приближением гессиана.

или я опять ошибся?
Конечно же я согласен с Вами, что нельзя

возбуждённую молекулу характеризовать гессианом основного состояния

, но я и не собираюсь ничего подобного делать, пока мне хватает работы с основным состоянием. Ещё раз извиняюсь перед Вами и форумчанами, но... несколько ранее на свой конкретный вопрос на форуме о свойствах сладкой парочки PCM+hess, я получил конкретный ответ лишь в восемнадцатом по счёту ответе форумчан... Ну что ж, оно того стОит

[АлександрI]

А вот здесь осторожнее, пожалуйста. То, что написано зелёным цветом

Если так, уважаемый Himera, то примите мои самые искренние извинения, за, возможно, некорректное поведение. Но, поверьте, мне очень хотелось бы наблюдать на нашем форуме все признаки стиля научного обсуждения и снисходительности как при обсуждении самых тупых вопросов (которые обычно задаю я, экспериментатор) так и при самых сложных вопросах, заоблачных для простого смертного (чтобы никого не обидеть, не привожу псевдонимы (так это называется?) участников названных дискуссий)...

[amge]

мой прежний вопрос: что это за гауссиан, который печатается в панче после достижения "лок. мин."?

Да не нужен он Вам!
Специфика оптимизации геометрии в квантовой химии в том, что требуется найти минимум функции большого числа переменных (координат), причем значение функции (энергию) вычислять очень накладно. Поэтому используют алгоритмы, позволяющие вычислять значения функции как можно реже. Этим алгоритмам требуется гессиан. Настоящего гессиана, как правило, нет, поэтому используют приближенный. Поначалу, если HESS=GUESS, этот гессиан генерируется на основе простейших молекулярно-механических соображений, в дальнейшем он уточняется (помните, я Вам советовал поискать на BFGS?), но так и остается приближенным. Т.е., гессиан, который печатается в панче - это всего лишь некое вспомогательное средство, позволяющее быстрее свести геометрию и даже после достижения минимума настоящим гессианом он не становится. Единственная причина, по которой он печатается в панче - это чтобы можно было сделать рестарт. Для чего либо другого он бесполезен (точнее говоря, никто из известных мне практикующих квантовых химиков не знает, и в книжках и мануалах не встречалось, чтобы этот приблизительный гессиан можно было использовать как то еще).

[sanya1024]

Я опять поплатилась за свою доброту.
АлександрI, я отказываюсь отвечать на Ваши вопросы. Вообще. В любой теме. Просто потому, что Вы -- это Вы. Все. Извините.

[VTur]

Гессиан действительно выдало после оптимизации. В голове только три предположения.
1. Ваша молекула не стандартная и к заложенной параметризации имеет мало отношения. Поэтому Вас заранее предупреждают.
2. Величина градиента недостаточна мала.
3. Для этой модели - это стандартный ответ.

Последнее легко проверить, запустив файл примера.

[OrganikNV]

Подскажите, пожалуйста какие параметры нужно задать в исходном файле, чтобы оптимизировать методами MP2 и B3LYP. Извините, если вопрос дурацкий, просто хочу проверить.

[Windom Earle]

B3LYP или B3LYP1 выбираются с помощью DFTTYP=B3LYP и DFTTYP=B3LYP1 соответственно в $CONTRL.
Для MP2 нужно указать там MPLEVL=2.
Или Вы о чём?

[OrganikNV]

Если я указываю MPLEVL=2, какой DFTTYP необходимо указывать?
В группе $SCF есть параметр dirscf, который как написано, выбирает метод MP2, что это значит?

[Windom Earle]

1) Насколько я понимаю, никакой.
2) Вы неправильно прочли/перевели, там написано: "также выбирает прямой расчёт MP2"
(естественно, только тогда, когда выбран MP2 - комментарий мой)

Edit. прошу прощения, устал и неправильно прочёл Ваш вопрос, поэтому исправил

[sanya1024]

Если я указываю MPLEVL=2, какой DFTTYP необходимо указывать?

MPLEVL и DFTTYP -- несовместимые опции. MP2 -- это расчет методом теории возмущений Меллера-Плессета 2 порядка, делается на основе хартри-фоковской волновой функции (все делается в одном расчете). DFTTYP означает, что Вы делаете расчет методом DFT -- это решение уравнений типа Хартри-Фока, но с несколько другим функционалом, а вид функционала задается с помощью DFTTYP. Соответственно, или -- или.

В группе $SCF есть параметр dirscf, который как написано, выбирает метод MP2, что это значит?

Где это такое написано? Вы что-то неправильно прочитали. DIRSCF=.t. означает расчет без предварительного вычисления интегралов и записи их на диск -- они вычисляются на лету на каждой итерации. Несмотря на кажущееся усложнение расчета, на самом деле на системах средних и больших размеров это быстрее и эффективнее, чем запись/чтение с диска, да и дисков никаких может не хватить, если базис большой. Короче, DIRSCF=.t. надо ставить всегда.