Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пт фев 06, 2009 10:01 am

Himera писал(а):Вся эта дискуссия в очередной раз приводит меня к мысли о том, что всех экспериментаторов нужно в принудительном порядке усадить за компьютеры, а всех расчётчиков, в свою очередь, отправить заниматься экспериментом. И до тех пор, пока одни и те же люди не будут владеть разными техниками, прогресса не будет, а будет вот эта странная дискуссия с рассуждениями о том, что "синтезировали точно по этим расчетам", а что -- не точно.
Представляю результат такого административного эксперимента: расчетчики в лабе переколотили все колбы, угробили приборы, спустили в канализацию реактивы и сидят - спорят о реальной виртуальности (или наоборот), а экпериментаторы с горем пополам настроили компы на сетевые игры и геймятся аки оглашенные :lol: :lol: :lol: . Далеко не все человеки - гении, дай Бог хоть одно дело в жизни научиться делать по настоящему качественно 8) .
Himera писал(а):К сожалению, многие до сих пор не понимают, что любое моделирование -- этот метод исследования реальных объектов, который при грамотном подходе даёт кучу полезной информации, необходимой для понимания происходящего, а при подходе "в лоб" даёт предсказания, который не сбываются.
"В лоб" и не надо, надо чтоб грамотно было. ИМХО, нужны дискуссии расчетчиков с практиками, а то дело доходит до того, что расчетчик рисует ассоциаты на водородных связях в виде четырехчленных циклов :mrgreen: . Согласитесь, что для практика далеко не вся эта куча информации, добытая “непосильным трудом” расчетчика, автоматически необходима. Ну, что толку от этих здоровенных таблиц, если из них даже т.пл. не выведешь, не говоря уже о том, куда молекула будет алкилироваться и с какой вероятностью хотя бы в газовой фазе :x .
Himera писал(а):Совершенных предсказаний никогда не было и никогда не будет
Бытие не так просто устроено. Есть вещи в нем, которые предсказываются с невообразимо большой точностью, например восход Солнца или цикл квазара, есть значительно менее точные (прогноз погоды). Так вот нам, практикам, хорошо бы знать чего ждать от компьютерной химии, чтобы определиться. А то может и начинать-то не надо, если а приори известно, что для вот таких вот конкретных случаев предсказанная расчетами вероятность появления одного из двух событий ~50%, а доведение ее до 95% требует содержания целого расчетного Центра или вообще невозможно.
Himera писал(а):-- есть только то, что данный конкретный метод может сказать о данной конкретной молекуле (никто ведь не ждёт от ИК точных межатомных расстояний и абсолютных конфигураций, правда?).
Так ведь нам-то, практикам, по большому счету все равно какими методами и способами будет проведен расчет, лишь бы это было обосновано теоретически, правильно методически и не тяжело экономически. Понятно, что не с ножом на паровоз и не из пушки по воробьям.
Himera писал(а):Расчётные методы предназначены для получения конкретных цифр (энергий, распределений электронной плотности и т.д.), и это особенно полезно в тех случаях, когда цифру нельзя достать из эксперимента.

Ни энергии МО, ни красивые картинки распределения ЭП не вытягиваются из экспериментов, это всего лишь научные понятия, т.е. отсутствуют в реальности, тогда как экспериментальны данные - реальны. Разница, ИМХО, как между звучащей музыкой и символами, которыми она записана, не важно – нотами, миди-треками или двоичными кодами для ВинАмпа, главное – все эти знаки нкогда не зазвучат без материального исполнителя. Попробуйте в миди-файле изменить всего одну нотку Лунной сонаты и при проигрывании сразу почувствуете фальш. Т.о. пока звуковая информация не пройдет озвучивания (т.е. материального воплощения), этого можно не заметить среди тысяч символов или нот. Т.о. единственный критерий истины – практика, а не представления о ней, которые еще и меняются в разные времена.
Himera писал(а):Предсказательные возможности, разумеется, тоже есть, но это результат интуиции и хорошего понимания происходящего.
А хотелось бы, чтобы были все признаки научности: достоверность, точность, верность, логическая связь с предшествующими научными фактами и теориями, повторямость, наблюдаемость и т.д. А вот “интуиции” и “степени понимания субъектом исследуемого объекта”, если помните, в философском определении научности нет. Четкое разделение субъекта и объекта – первый шаг от искусства, шаманства или религии к научности!
Himera писал(а):Задачи о реальных химических реакциях не решаются точно, поскольку, как уже отмечали выше, кроме термодинамики есть ещё и кинетика.
Если кинетику химической реакции рассмотреть на атомно-электронном уровне, то приходим к термодинамике переходного состояния ее лимитирующей стадии.
I D E A = A u

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пт фев 06, 2009 10:25 am

Marxist писал(а):Если рассматривать чисто с синтетической точки зрения, то там, где синтез очевиден, рассчитывать ничего не надо. Для этих систем имеет смысл только спектры предсказывать, но это в значительной степени статистика (если это не state-of-the-art-предсказание спектра принципиально нового сложного соединения) и рутинные предсказания. А вот там, где существуют проблемы с устойчивостью или надо анализировать путь реакции, то там без серьёзного расчёта и анализа никуда.
Проблема научной литературы в том, что в ней докладывают только о положительных результатах. А если сварить что-то не удастся, писать об этом не будут.
Да, большинство синтетических работ благополучно обходятся без квантово-химических расчетов в силу своей предсказуемости, основанной на концептуальной Базе Знаний органической/неорганической химии. Хорошо бы для расчетной химии создать аналогичную БЗ, чтобы не выходить ни с ножом на паровоз, ни с пушкой на воробьев :D .

Вы правы, в статьях редко пишут о, казалось бы, а приори способных пройти, но на практике почему-то не прошедших реакциях. Причин две:
1) господствующая теория тут как раз обломалась и ей нужен апдейт; но таких случаев очень мало, ИМХО;
2) у экспериментатора кривые руки (интуиция, владение предметом). И пока они не выпрямились, эти случаи можно считать репетициями, даже если рвуться струны и раздалбываются клавиши, на эти дела не нужно обращать внимания, т.к. они носят не научный, а личностный характер.
I D E A = A u

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение VTur » Пт фев 06, 2009 10:14 pm

chemist писал(а):нужны дискуссии расчетчиков с практиками
Замечание верное, но требуется иметь группу заинтересованных людей. При нынешней научной политике вещь маловероятная. Например, Ваши молекулы легко просчитают люди из МГУ, имеющие доступ к их Скифу (видел по ясчику Садовничего и еще какого-то дядьку, рассказывали, аж глаза на лоб лезут). Вроде такая машинка есть в Томске и каком-то городе на средней Волге. Вот попытайтесь их заинтересовать.
chemist писал(а):, а то дело доходит до того, что расчетчик рисует ассоциаты на водородных связях в виде четырехчленных циклов :mrgreen: . Согласитесь, что для практика далеко не вся эта куча информации, добытая “непосильным трудом” расчетчика, автоматически необходима. Ну, что толку от этих здоровенных таблиц, если из них даже т.пл. не выведешь, не говоря уже о том, куда молекула будет алкилироваться и с какой вероятностью хотя бы в газовой фазе :x .
Ну дык, нужно уметь оценить достоверность полученной цифири и понимать заложенный в них физический смысл (а бессмысленных величин не бывает, бывают безразмерные).
Himera писал(а):Совершенных предсказаний никогда не было и никогда не будет
chemist писал(а):Бытие не так просто устроено. Есть вещи в нем, которые предсказываются с невообразимо большой точностью, например восход Солнца или цикл квазара, есть значительно менее точные (прогноз погоды). Так вот нам, практикам, хорошо бы знать чего ждать от компьютерной химии, чтобы определиться. А то может и начинать-то не надо, если а приори известно, что для вот таких вот конкретных случаев предсказанная расчетами вероятность появления одного из двух событий ~50%, а доведение ее до 95% требует содержания целого расчетного Центра или вообще невозможно.
Каженный раз пытаюсь убедить знакомых медиков, что нет так важна конкретная цифра, как точное значение её погрешности.
chemist писал(а):Ни энергии МО, ни красивые картинки распределения ЭП не вытягиваются из экспериментов, это всего лишь научные понятия, т.е. отсутствуют в реальности, тогда как экспериментальны данные - реальны.
МО, действительно, в природе не существуют. Это внутренние термины модели, которыми обзывают математические функции. А ЭП находится экспериментально рентгенографией. Раньше такими картинками был набит Acta. Crystal. Из Хоэнберга-Кона - все индивидуальные свойства молекул определяются распределением её ЭП.
chemist писал(а):
Himera писал(а):Предсказательные возможности, разумеется, тоже есть, но это результат интуиции и хорошего понимания происходящего.
А хотелось бы, чтобы были все признаки научности: достоверность, точность, верность, логическая связь с предшествующими научными фактами и теориями, повторямость, наблюдаемость и т.д. А вот “интуиции” и “степени понимания субъектом исследуемого объекта”, если помните, в философском определении научности нет. Четкое разделение субъекта и объекта – первый шаг от искусства, шаманства или религии к научности!
Himera писал(а):Задачи о реальных химических реакциях не решаются точно, поскольку, как уже отмечали выше, кроме термодинамики есть ещё и кинетика.
Если кинетику химической реакции рассмотреть на атомно-электронном уровне, то приходим к термодинамике переходного состояния ее лимитирующей стадии.
Согласен с обоими.
После отстоя требуйте долива

Marxist

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение Marxist » Пт фев 06, 2009 10:28 pm

VTur писал(а):Например, Ваши молекулы легко просчитают люди из МГУ, имеющие доступ к их Скифу (видел по ясчику Садовничего и еще какого-то дядьку, рассказывали, аж глаза на лоб лезут).
Дааа, СКИФ -- это весчь, скажу я вам 8) :lol:

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Сб фев 07, 2009 12:14 am

VTur писал(а):
chemist писал(а):нужны дискуссии расчетчиков с практиками
Замечание верное, но требуется иметь группу заинтересованных людей. При нынешней научной политике вещь маловероятная.
А мы с Вами разве не есть те самые заинтересованные люди? Вы можете предоставить расчетные услуги, мы – объекты исследования, а чиновничья "научная политика" пусть пока будет не в курсе, в случае триумфа вызовем и доведем до сведения о новых вершинах отечественной науки :lol: . Но для этого расчетчиками и химиками должны быть выработаны какие-то критерии, иначе и дальше будут стихийные игры без правил.
VTur писал(а): Например, Ваши молекулы легко просчитают люди из МГУ, имеющие доступ к их Скифу (видел по ясчику Садовничего и еще какого-то дядьку, рассказывали, аж глаза на лоб лезут). Вроде такая машинка есть в Томске и каком-то городе на средней Волге. Вот попытайтесь их заинтересовать.
Думаю, что до Скифов моим молекулам пока еще как до Шанхая на четвереньках :lol: , их сначала надо бы методически правильно обстрелять из обычной рогатки типа MarvinSketch или PCModel, чтобы выяснить надо ли вообще переходить к навороченному сверхточному оружию.
VTur писал(а):Ну дык, нужно уметь оценить достоверность полученной цифири и понимать заложенный в них физический смысл (а бессмысленных величин не бывает, бывают безразмерные).
Ага, особенно если все цифры “при понтах” в правильной системе СИ и в красивых колонках, но при этом у бедной молекулы "вместо хвоста - рога" © А.Пугачева :D .
VTur писал(а):Каженный раз пытаюсь убедить знакомых медиков, что нет так важна конкретная цифра, как точное значение её погрешности.
А я покупателей материи что 98% и 99.5% - две большие разницы и цена на второе неспроста в несколько раз выше.
VTur писал(а):МО, действительно, в природе не существуют. Это внутренние термины модели, которыми обзывают математические функции. А ЭП находится экспериментально рентгенографией. Раньше такими картинками был набит Acta. Crystal. Из Хоэнберга-Кона - все индивидуальные свойства молекул определяются распределением её ЭП.
Ну да, Вы правы. Сорри насчет Электронной Плотности - эт я по инерции хватил лишку :oops: .
VTur писал(а):Согласен с обоими.
Интересная позиция :D .
I D E A = A u

Аватара пользователя
Upstream
Сообщения: 3444
Зарегистрирован: Ср июн 11, 2008 10:46 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение Upstream » Сб фев 07, 2009 5:43 am

Только сейчас прорвался на форум. Пропустил много интересного. :wink:
В прошлый раз я вылез, не дочитав ветку до начала. А сейчас обнаружил вложенный файл со структурами в первом посте...
Дык, коллега Chemist, интересущие Вас конкретные циклы можно в буквальном смысле прощупать на моделях типа Полинговских CPK (space-filling) и за часок-другой снять все вопросы. Думаю, у кого-то поблизости в столице такие модельки водятся?* Я в свое время, до крушения "нерушимого", успел отовариться прибалтийскими (мейд ин Тарту). Буржуйские, $1+ за атом, конечно, приятнее (брал когда-то напрокат) и более гибкие - с силиконовыми связями. Например, собранный из них трипероксид диметилкетона чувствует себя комфортно, а в прибалтийский вариант обнаруживал удивительную способность спонтанно трескаться с раскрытием цикла!

*Или милости просим к нам - "на Колыму" (1ч40мин от м.Южная).
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Is it possible that software is not like anything else, that it is meant to be discarded: that the whole point is to always see it as a soap bubble?
[Anonymous, the author of the program "Quotes"]

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Сб фев 07, 2009 1:28 pm

Upstream писал(а):Дык, коллега Chemist, интересущие Вас конкретные циклы можно в буквальном смысле прощупать на моделях типа Полинговских CPK (space-filling) и за часок-другой снять все вопросы.
Спасибо за совет, уважаемый коллега Upstream :!: . Собственно так я и сделал поначалу, но эти дурацкие мостки -(CH2)n- даже на трезвую голову не получаеЦЦа правильно уложить - вывихиваюЦЦа в руках, окоянныя - земная сила тяжести им, видите ли мешает :mrgreen: :lol: .
Но Вы натолкнули меня на крамольную идею - бросить эту каракатицу в аквариум, жидкость в котором подобрана такой плотности, чтобы она (механическая модель) там свободно плавала, т.е. не тонула и не всплывала :shock: . Мож так она рапрямиЦЦа :lol: .
Upstream писал(а):*Или милости просим к нам - "на Колыму" (1ч40мин от м.Южная).
Спасибо, коллега, за приглашение, а наручники на месте выдадут или свои привозить? :lol:
Upstream писал(а):Is it possible that software is not like anything else, that it is meant to be discarded: that the whole point is to always see it as a soap bubble?
[Anonymous, the author of the program "Quotes"]
А что, молеклярные модели на мыльных пузырях - было бы новым словом в квантовой химии, можно и докторский диссер склепать умеючи, главное научиться контролировать из размер и как-то друг к дружке прилеплять. А еще надежнее на воздушных шариках или изделиях номер два :lol: .
I D E A = A u

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение VTur » Сб фев 07, 2009 6:55 pm

chemist писал(а):А мы с Вами разве не есть те самые заинтересованные люди? Вы можете предоставить расчетные услуги, мы – объекты исследования, а чиновничья "научная политика" пусть пока будет не в курсе, в случае триумфа вызовем и доведем до сведения о новых вершинах отечественной науки :lol: . Но для этого расчетчиками и химиками должны быть выработаны какие-то критерии, иначе и дальше будут стихийные игры без правил.
Во-первых, мои арифмометры Ваши сабстенсы с приемлемой погрешностью не потянут. Нужны немного большие мощности. Во-вторых, благодаря постоянной заботе о моих доходах партии и правительства, приходится шнырять между двух ВУЗов для поддержки штанов так, что времени на науку почти не остается (благодаря последнему повышению на 30%, потерял по основному месту работы 2 тыра). Критерии выработаны, если кто возьмется, всем миром проконсультируем.
chemist писал(а):
VTur писал(а): Например, Ваши молекулы легко просчитают люди из МГУ, имеющие доступ к их Скифу (видел по ясчику Садовничего и еще какого-то дядьку, рассказывали, аж глаза на лоб лезут). Вроде такая машинка есть в Томске и каком-то городе на средней Волге. Вот попытайтесь их заинтересовать.
Думаю, что до Скифов моим молекулам пока еще как до Шанхая на четвереньках :lol: , их сначала надо бы методически правильно обстрелять из обычной рогатки типа MarvinSketch или PCModel, чтобы выяснить надо ли вообще переходить к навороченному сверхточному оружию.
На Скифе за час переберете все конформеры. Для отобранных в-в за два часа найдете все ангармонические частоты и внутренние (или псевдо) вращения, за двое суток найдете все нужные цифры. Главное свободное время.
chemist писал(а):
VTur писал(а):Согласен с обоими.
Интересная позиция :D .
У Вас нет принципиальных различий.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение Himera » Вс фев 08, 2009 1:52 am

chemist писал(а):"В лоб" и не надо, надо чтоб грамотно было. ИМХО, нужны дискуссии расчетчиков с практиками, а то дело доходит до того, что расчетчик рисует ассоциаты на водородных связях в виде четырехчленных циклов :mrgreen: . Согласитесь, что для практика далеко не вся эта куча информации, добытая “непосильным трудом” расчетчика, автоматически необходима. Ну, что толку от этих здоровенных таблиц, если из них даже т.пл. не выведешь, не говоря уже о том, куда молекула будет алкилироваться и с какой вероятностью хотя бы в газовой фазе :x .
Знаете, chemist, я ведь не зря писал о необходимости усаживания экспериментаторов за компьютеры. В отношении расчётов Вы здесь (и вообще в этой теме) написали не меньшие глупости чем "ассоциаты на водородных связях в виде четырехчленных циклов". Именно поэтому нужно сначала разобраться в методе, а потом уже выдавать довольно резкие и, на мой взгляд, бессмысленные суждения. Собственно говоря, обсуждать довольно серьёзные методологические вопросы без знания предмета мне кажется совершенно неинтересным, поэтому прокомментирую только два замечания.
chemist писал(а):Ни энергии МО, ни красивые картинки распределения ЭП не вытягиваются из экспериментов, это всего лишь научные понятия, т.е. отсутствуют в реальности, тогда как экспериментальны данные - реальны.
Это очень наивная позиция, даже завидую отчасти. Про электронную плотность VTur уже написал, а орбитальные энергии прекрасно определяются из спектров -- боюсь, Вы просто не очень в теме. К счастью, наука существенно богаче чем синтез новых соединений, и большая часть содержательных достижений связана как раз с умелым совмещением экспериментальных наблюдений и их интерпретации в рамках определённых моделей. Последнее часто требует привлечения расчётов, и только согласие разнообразных экспериментальных результатов с расчётами свидетельствует о достоверности интерпретаций. К сожалению (хотя, скорее, всё-таки к счастью), критерий "наблюдаемости" в современной науке совсем непрост, и уж точно не имеет отношения к событиям, видимым или не видимым простым глазом.
chemist писал(а):А хотелось бы, чтобы были все признаки научности: достоверность, точность, верность, логическая связь с предшествующими научными фактами и теориями, повторямость, наблюдаемость и т.д. А вот “интуиции” и “степени понимания субъектом исследуемого объекта”, если помните, в философском определении научности нет. Четкое разделение субъекта и объекта – первый шаг от искусства, шаманства или религии к научности!
Наука -- это систематические знания об определённых объектах и явлениях. Если Вы ищете новые объекты, то это не наука, а поиск того, что в перспективе могло бы обогатить науку. И без интуиции здесь совершенно никуда. Красивые слова "достоверность, точность, верность, логическая связь с предшествующими научными фактами и теориями, повторямость, наблюдаемость" вообще не из этой оперы -- они относятся к научным заключениям (результатам исследования), а не к конкретным методам исследования, которыми и являются все расчётные методы. Расчётные методы ничуть не менее (а скорее даже более) достоверны, точны и воспроизводимы чем любые экспериментальные методы. Вопрос только в том, понимаете ли вы, что именно означают полученные результаты и как они соотносятся с реальными объектами. Последнее чаще всего совсем неочевидно: как в случае эксперимента, так и в случае расчёта.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение amge » Вс фев 08, 2009 10:23 am

chemist писал(а):
amge писал(а):... Вон бензол Дьюара, почти на 80 ккал выше бензола (расчет), и ничего, вполне стабилен (по крайней мере, гексаметильный аналог).
Так ведь Дьюара и синтезируют, считай, в горниле, а не на грядке :D .
Ну уж в горниле :D . Гексаметилбензол Дьюара: бутин-2, AlCl3 в хлористом метилене, комн. т-ра, хороший выход. Сам делал: студенческий синтез.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение amge » Вс фев 08, 2009 11:42 am

chemist писал(а):
amge писал(а):... Ваша реакция ведь наверняка многостадийная -- замещение одного хлора на OAr на каждой стадии, и, надеюсь, необратимая. Если так, то конечный результат (A vs. B) будет определять стадия, на которой будет замыкаться первый мостик (место замыкания второго мостика будет уже жестко задано). (Молчаливо предполагаем, что барьер реакции будет следовать устойчивости продукта.) Поэтому оценивать напряжение нужно было не в продуктах А,В, а в их предшественниках...
... Буду признателен, если выберете время и посчитаете уже на основе этой концепции... Жду новых отрытий чудных :D .
На выходных просчитал (pure DFT) реакцию
(HO)3(O(CH2)nOPh)C12H6 = (HO)2(O(CH2)nO)C12H6 + PhOH (Такая реакция выбрана, чтобы для исходных и для продуктов были близки сольватационные и, возможно, некоторые другие эффекты, и, таким образом, ее энергия отражала напряженность продукта.)

Результаты, вроде, обнадеживают: по термодинамике продукты нужного типа (A) предпочтительнее, и их напряженность не очень большая (в табличке -- энергия вышеприведенной реакции в ккал/моль).

Код: Выделить всё

   |      3       4       5       6
---|--------------------------------- 
A  |     49.3    29.3    22.0    13.2
B  |     57.1    46.9    28.0    25.1
Получающиеся полупродукты А более богаты конформерами, чем конечные (которые с двумя мостиками), в этих полупродуктах, кроме множества конформаций, различающихся взаимным расположением групп СН2 и ОН, есть еше отличающиеся по взаимному расположению мостика и бифенильного фрагмента. И молекулярная механика, и квантовая химия предпочитают те, пример которых для n=3 изображен на картинке первым.
31.gif

Аватара пользователя
Upstream
Сообщения: 3444
Зарегистрирован: Ср июн 11, 2008 10:46 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение Upstream » Вс фев 08, 2009 4:24 pm

Чертовски интересно, коллега Аmge!
Особенно меня тронула эта фраза и греющий душу любого химика красочный образ молекулы :D :
И молекулярная механика, и квантовая химия предпочитают те, пример которых для n=3 изображен на картинке первым
А я как раз накануне независимо "поиграл с модельками" и собрался рапортовать коллеге Chemist-y о моих сермяжных выводах. :wink: А они таковы: с соблюдением нормальных валентных углов и длин связей (отражённых в устройстве этих моделей) как цикл типа А, так и типа В замыкаются лишь начиная с n=5! И то с отстёгнутыми водородами. Даже с n=4 - полный облом! Я отдаю себе отчёт, что с такими моделями циклопропан, циклобутан, кубаны и тетраэдраны тоже не соберёшь. Но ведь коллега Chemist работает не над ракетным топливом, а со средними циклами!
Такое ощущение, что прогресс в области расчётов молекул выражается в том, что вердиктов уже не выносят, а компьютер безропотно и мудро обсчитывает всё, что ему подсунут. Я бы на его месте в ряде случаев верещал, как антивирусная программа при обнаружении "врага".
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Очень всё это резонирует с некоторыми афоризмами остроумного чувака, сочинившего программу "Quotes", которая в период с Win95 до WinXP развлекала меня, выдёргивая каждый раз при запуске виндов новую цитату из своей базы:
You must realize that the computer has it in for you. The irrefutable proof of this is that the computer always does what you tell it to do.
It figures. If there is Artificial Intelligence, then there's bound to be some artificial stupidity.

[Anonymous, the author of the program "Quotes"]
Последний раз редактировалось Upstream Вс фев 08, 2009 11:46 pm, всего редактировалось 1 раз.

Marxist

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение Marxist » Вс фев 08, 2009 4:38 pm

Но, кстати, на картинках коллеги amge прекрасно видно, что замкнуть второй цикл без напряжений не получится -- очень уж большое расстояние. Как видны и небольшие искажения ароматических циклов.

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пн фев 09, 2009 1:20 am

VTur писал(а):Во-первых, мои арифмометры Ваши сабстенсы с приемлемой погрешностью не потянут.
Почему Вы так считаете? Есть какой-то критерий отнесения расчетной задачи к категориям простая-сложная?
VTur писал(а):Критерии выработаны, если кто возьмется, всем миром проконсультируем.
Кем выработаны, где, когда? Дайте ссылку :D .
VTur писал(а):На Скифе за час переберете все конформеры. Для отобранных в-в за два часа найдете все ангармонические частоты и внутренние (или псевдо) вращения, за двое суток найдете все нужные цифры. Главное свободное время.
Нет проблемы доступа к суперкомпьютеру, есть проблема методически правильного подхода к расчетам (не важно на чем, хоть на карманном калькуляторе) :D .
VTur писал(а):
chemist писал(а):
VTur писал(а):Согласен с обоими.
Интересная позиция :D .
У Вас нет принципиальных различий.
Рад, что Вы это заметили :D
I D E A = A u

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пн фев 09, 2009 2:13 am

Himera писал(а):Знаете, chemist, я ведь не зря писал о необходимости усаживания экспериментаторов за компьютеры.
А мне пришла другая идея :idea: . И химики и расчетчики должны уметь собрать своих каракатиц... на шаро-стержневых моделях (см. ниже сообщения уважаемого коллеги Upstreamа). Если не получаеЦЦа, значит das ist fatal, даже если считал на самом супер-пупер-компьютере под руководством самого крутого профа.
Himera писал(а):Это очень наивная позиция, даже завидую отчасти.
Надеюсь, зависть-то балая? :D
Himera писал(а):орбитальные энергии прекрасно определяются из спектров
А разве не разницы между этими энергиями? Спектры ведь отображают различные квантовые энергетические переходы, из них энергии орбиталей не выведешь, т.к. число уравнений всегда меньше, чем число искомых переменных, если я не ничего не путаю :wink: .
Himera писал(а):К сожалению (хотя, скорее, всё-таки к счастью), критерий "наблюдаемости" в современной науке совсем непрост, и уж точно не имеет отношения к событиям, видимым или не видимым простым глазом.
Наблюдаемость имеется в виду любым независимым (т.е. не заангажированным) и объективным (т.е. без вмешательства субъекта) способом, с возможностью фиксации хоть простой "мыльницей", хоть Хабблом 8) .
Himera писал(а):Наука -- это систематические знания об определённых объектах и явлениях...
Спасибо за лекцию по науковедению, уважаемый коллега, непременно приму к сведению :D .
Himera писал(а):Красивые слова "достоверность, точность, верность, логическая связь с предшествующими научными фактами и теориями, повторямость, наблюдаемость" вообще не из этой оперы -- они относятся к научным заключениям (результатам исследования), а не к конкретным методам исследования...
Т.е. Вы признаете хотя бы красивость этих понятий, это уже радует :D . Я же считаю, что они еще и как минимум полезны, причем на всех стадиях научного исследования :up: .
Himera писал(а):Вопрос только в том, понимаете ли вы, что именно означают полученные результаты и как они соотносятся с реальными объектами. Последнее чаще всего совсем неочевидно: как в случае эксперимента, так и в случае расчёта.
Эт точно :!:
I D E A = A u

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пн фев 09, 2009 2:23 am

amge писал(а):
chemist писал(а):
amge писал(а):... Вон бензол Дьюара, почти на 80 ккал выше бензола (расчет), и ничего, вполне стабилен (по крайней мере, гексаметильный аналог).
Так ведь Дьюара и синтезируют, считай, в горниле, а не на грядке :D .
Ну уж в горниле :D . Гексаметилбензол Дьюара: бутин-2, AlCl3 в хлористом метилене, комн. т-ра, хороший выход. Сам делал: студенческий синтез.
AlCl3 вообще жесткий реагент (как лазерный резак :twisted: ), как минимум половина органики от него окочуривается :down: , а выжившие с перепугу часто перегруппировываются :shock: . И потом, гекса-Н и гекса-метил бензолы - две большие разницы, т.к. у второго вообще ампутированы химические ароматические свойства (кроме запаха :lol: ).
I D E A = A u

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пн фев 09, 2009 2:54 am

amge писал(а):Ваша реакция ведь наверняка многостадийная -- замещение одного хлора на OAr на каждой стадии, и, надеюсь, необратимая. Если так, то конечный результат (A vs. B) будет определять стадия, на которой будет замыкаться первый мостик (место замыкания второго мостика будет уже жестко задано). (Молчаливо предполагаем, что барьер реакции будет следовать устойчивости продукта.) Поэтому оценивать напряжение нужно было не в продуктах А,В, а в их предшественниках...
Где-то так :idea: , но не совсем, ИМХО,- все же не надо сбрасывать со счетов напряжения в конечных продуктах, т.к. при малых n полупродукт еще как-то сможет образоваться (ОН-группы можно сблизить вращениями без лишних напрягов), а вот конечный продукт - никак, т.к. никакими поворотами их уже не сблизишь, а продукты с разными мостиками не годяЦЦа :( .
amge писал(а):Результаты, вроде, обнадеживают: по термодинамике продукты нужного типа (A) предпочтительнее, и их напряженность не очень большая...
Ваши бы слова, да тому, кто сверху :D .
amge писал(а):И молекулярная механика, и квантовая химия предпочитают те, пример которых для n=3 изображен на картинке первым.
Рад, что что-то где-то сошлось :D . Типа: Покойник перед смертью потел? Да... Это хорошо :lol: . Но все равно у меня такое ощущение, что полупродукты почти с любым n получить не проблема, а вот продукты захотят то, и только то n, которое им природно, иначе заартачатЦЦа и не захотят получаЦЦа даже с выходм 0.001%.
I D E A = A u

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пн фев 09, 2009 3:31 am

Upstream писал(а):с соблюдением нормальных валентных углов и длин связей (отражённых в устройстве этих моделей) как цикл типа А, так и типа В замыкаются лишь начиная с n=5! И то с отстёгнутыми водородами. Даже с n=4 - полный облом!
У меня примерно та же картина, причем если прилепляю водороды, то n=5 собрать не получаетЦЦа, а n=6 получается какой-то разболтанный, поэтому в своем файле n>6 я и не рассматривал. Когда сопя, очередной раз собирал модель, меня застал за этим занятием один коллега, "офигел" (его термин) и полчаса оглушительно хохотал :lol: . Он мне и объяснил серьмяжную правду, что простая PCModel делает это в считанные секунды и началось... (см. выше). Привлечение к проблеме местных корифеев привело к тому, что дескать надо бы купить суперкомпьютер и дорогущее ПО, не иначе :shock: . Тот коллега написал знакомому в США, нам предоставили суперкомпьютерное время, но он, зараза, начал выдавать таких каракатиц, что аж волосы зашевелились :issue: , а главное так и остался непонятным вопрос - с каким же n начинать этот недешевый и долгий синтез :issue: .
Upstream писал(а):Я отдаю себе отчёт, что с такими моделями циклопропан, циклобутан, кубаны и тетраэдраны тоже не соберёшь. Но ведь коллега Chemist работает не над ракетным топливом, а со средними циклами!
Верно подмечено, мы ж мирные люди и никакой экстрим нам не нужен :D .
Upstream писал(а):Такое ощущение, что прогресс в области расчётов молекул выражается в том, что вердиктов уже не выносят, а компьютер безропотно и мудро обсчитывает всё, что ему подсунут. Я бы на его месте в ряде случаев верещал, как антивирусная программа при обнаружении "врага".
:up: :up: :up: :lol: :lol: :lol:

Upstream писал(а):i]You must realize that the computer has it in for you. The irrefutable proof of this is that the computer always does what you tell it to do.
It figures. If there is Artificial Intelligence, then there's bound to be some artificial stupidity.
[/i]
[Anonymous, the author of the program "Quotes"]
Более того, чем сильнее искусственный интеллект, тем ужаснее его глупости :lol:
I D E A = A u

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение chemist » Пн фев 09, 2009 3:41 am

Marxist писал(а):Но, кстати, на картинках коллеги amge прекрасно видно, что замкнуть второй цикл без напряжений не получится -- очень уж большое расстояние. Как видны и небольшие искажения ароматических циклов.
Так и есть. Можно, конечно, сварить полупродукт из защищенных по ОН-группам производных, а потом снять защиты и нацепить второй мостик, но, к сожалению, этого не позволяет методология отделения побочных продуктов, т.е. обе стадии приходится проводить в одном горшке, иначе никак.
Именно небольшие искажения и допустимы, ИМХО, но не бананообразность :!: .
I D E A = A u

Marxist

Re: Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

Сообщение Marxist » Пн фев 09, 2009 10:36 am

А может, получить полупродукт, а потом проалкилировать его чем-то длинным и сделать несимметричный? или нереально? или не нужно?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей