VIPer писал(а):скажите пожалуйста, а как определить тип полосы, скажем (n->pi*, pi->pi* и т.д.) ?
и правильно ли я понимаю, если в образовании этого возбуждённого электронного состояния участвует такая куча орбиталей, то это для какой-то сопряжённой системы будет полоса в УФ? и что значат отрицательные значения типа " 88 a -> 94 a : -0.0683806" ?
Смотреть надо на переходы с доминирующими (по модулю) вкладами. В Ваших примерах это строчки 89 a -> 91 a : 0.8917906 и 89 a -> 91 a : 0.9260150. Дальше ищем в выдаче орбиталей (*.molden, если действовали как сказано) орбитали № 89 и 91 и смотрим на их локализацию: pi, n (неподеленная эл. пара какого-нибудь азота, торчащая в плоскости кратных связей), sigma или вообще фиг знает что (и так бывает).
Переход (точнее, волновая функция возбужденного состояния) в приближении CIS или TDDFT -- это линейная комбинация слетеровских детерминантов, полученных возбуждением с одной занятой орбитали (например, №89) на одну виртуальную (например, №91), с весами, указанными после двоеточия: 0.8917906, например. В простых и понятных случаях есть одна доминирующая возбужденная конфигурация (например, возбуждение с 89 на 91 орбиталь), а остальные конфигурации (с положительными или отрицательными коэффициентами) только уточняют волновую функцию возб. состояния. Тогда по этой доминирующей конфигурации и определяют тип перехода. Если доминирующей конфигурации нет, а есть много конфигураций с небольшими (~0.2-0.3) весами, чаще всего это однотипные конфигурации (например, все pi->pi* характера), но такая картинка означает, что данное возбужденное состояние существенно многоконфигурационное, и CIS/TDDFT тут не годится. Ваш случай -- простой, повезло
В любом случае каждый переход в таком расчете -- это не полоса, а "палка": по оси абсцисс длина волны (ну или энергия перехода), по оси ординат сила осциллятора, для наглядности из полученной точки опускаем вертикальную линию. Полоса получается, если ее гауссом размазать или колебания учесть. Лучше не надо
уйдете с головой в это дело, и про диссер забудете
Параметр Contour value -- в ChemCraft-е, а не в молденовском файле. Я не очень поняла, в чем проблема: ChemCraft не открывает файл *.molden вообще? сообщает об ошибке? открывает, но орбиталей не видит и сообщает, что их нет? открывает, видит орбитали, но при нажатии на кнопку Show Isosurface на молекуле ничего не рисуется? совет насчет Contour value -- как раз на последний случай. Еще, может быть, у Вас старая версия ChemCraft-а, или Lite-версия -- не уверена, что она понимает молденовский формат.
Что касается самого Молдена -- это ужас на крыльях ночи. Файлы открывает безобразно медленно, можно полдня ждать. Сейчас не подскажу, как его правильно запускать -- давно не пользовалась, и он у меня на другой машине, до к-рой сейчас не доберусь.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
