Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютерной

[Himera]

Nbveh, у нас принято высказываться более развёрнуто и содержательно

[den2042]

Nbveh, кого Вы имеете ввиду, и, главное, что Вы имеете ввиду? Выражайтесь, пожалуйста, яснее

[Nbveh]

jeck19862 раскочегарил всех, целый раздел форума посвящен квантовой химии. Нового от этой темы не прибавится, только все п..ками меряются. Примерно так.

[Ferom]

Ну, а что? Написали бы, в каких терминах нужно народ зажигать, как правильно пиписками меряться. Не стесняйтесь.

[Himera]

[Ferom]

Дорогие господа, чтобы не выглядеть неадекватным оффтопщиком, прошу немного внимания. (Ну и сразу готов извиниться).
Честно скажу, хотел в качестве реабилитации скачать этот продукт и досконально его изучить. Но потом, первородная лень победила. И я спросил себя - «А зачем?». Зачем мне переключаться на неизведанный мне продукт и платить за него реальные деньги, когда я по косточкам разобрал бесплатный GAMESS и он меня во всем удовлетворяет?

[EvgeniX]

Вообще-то с этого вопроса я и начинал.

[den2042]

Наиболее частые ключевые причины, из-за которых пользователи пользуются SCIGRESS
Точного рейтинга и точной статистики нет. Составлено по отзывам пользователей. Причины перечислены без ранжирования.
- Исключительное удобство в учебном процессе. Ab initio, DFT, полуэмпирика, ММ, МД, визуализация результатов, почти всеядное использование движков других программ. И это все в одном графическом интерфейсе.
- Быстрая и точная полуэмпирика. Понятно, что все относительно. Это в сравнении с другими полуэмпирическими методами
- LocalSCF. Успешно смоделирована система, состоящая из 2 481 723 атомов. В отличие от МД можно моделировать трансфер заряда.
-Polymerbuilder. Есть такая игрушка в SCIGRESS, удобно работать с полимерами.
- FastDock + SpreadSheet. Быстрый и удобный виртуальный скрининг по докингу белок-лиганд

Денис, Fujitsu

[den2042]

А мой личный рейтинг в SCIGRESS (это мое частное мнение) это
1.LocalSCF
http://localscf.com/localscf.com/Theory.aspx.html
2.Моделирование спектров. (Удобно как-то)
3. Изучение реакционной способности (electrophilic, nuclephylic, radical susceptibility surfaces).
http://chemed.chem.pitt.edu/cacc/CACheT ... philic.htm
4. PolymerBuilder
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Давным-давно на этом форуме возникал вопрос о полуэмпирике в SCIGRESS.
Справедливо отмечалось, что тяжело найти информацию.
Вот здесь путь MO-G
http://www.fqs.pl/chemistry_materials_l ... ease_notes
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Кроме этого есть MM,DFT,MD,MO-S,ZINDO, CONFLEX ну и LocalSCF
Будут вопросы, задавайте
Денис, Fujitsu

[sanya1024]

А что там насчет спектров? какие методы? на сайте я не нашла (искала, правда, не очень тщательно).

[den2042]

А что там насчет спектров? какие методы? на сайте я не нашла (искала, правда, не очень тщательно).

There are UV-visible transitions, IR transitions, and a bit of NMR in SCIGRESS.

1. For UV the following methods are used. ZINDO Configuration interaction (CI), AM1 using either CI or RPA (Random phase approximation), PM3 using either CI or RPA, PM5 using either CI or RPA, CNDO/2 using either CI or RPA, CNDO/S2 using either CI or RPA, CNDO/S3 using either CI or RPA, CNDO/S using either CI or RPA, INDO/S using either CI or RPA, PDDG/MNDO using either CI or RPA, PDDG/PM3 using either CI or RPA, RM1 using either CI or RPA, MNDO using either CI or RPA.

2. IR spectra are calculated by the following methods. AM1force, PM3 force, PM5 force, PM6 force, RM1force, MNDOd force, PM3/CI force, B88-PW91 DFT, B88-LYP DFT, D-VWN DFT.

3. DGauss function computes NMR absolute shielding constants using IGLO and LORG methods.

Offtopic. Для тех, кого интересуют, в певую очередь, спектры, мы рекомендуем программу от компании-партнера.
ADF. Там спектры во всей своей полноте, так сказать.
http://www.scm.com/Products/Capabilitie ... rties.html

Не стесняйтесь, пожалуйста, задавать дополнительные вопросы.
Денис, Fujitsu

[sanya1024]

Все понятно... А ADF -- спасибо, плавали, знаем

[Гесс]

И какое лично ваше мнение по Амстердаму? (я в нем счас типа считаю, но "типа считаю" и "типа разбираюсь" - два разные "типа").

[sanya1024]

Да я уже давно с ним не работаю. Там есть кое-какие ценные фичи, но он же, зараза, денег стоит, особенно кластерная версия... а без кластера он нам на фиг не нужен.

[janai]

[den2042]

Напишите, пожалуйста, что Вас интересует
Учебник есть на
http://www.fqs.pl/download/Scigress/Tea ... IGRESS.zip
Привожу базовые понятия для начала.
Работа ведется в проектах. Проект -- это папка в которой есть файлы и пути к файлам.
Список доступных проектов -- это певое, что Вы видите при запуске SCIGRESS.
Среди них есть Starup Project. Там есть все примеры и задания из учебника.
Чтобы создать новый проект нажмите "New".
Далее (проект уже открыт), для создания молекулы выберите File | New object | Blank
... и рисуйте молекулу. Добавить водороды по валентности можно через Action | Beautify | Comprehensive
Выбирать атомы или группы атомов можно через Model Explorer (слева)
Обратите внимание на Experiment | Run . Это для оптимизации геометрии, моделирования спектров и много другого.
Анализ результатов осуществляется обычно через меню Analyze

Пожалуйста, задавайте вопросы
Денис, Fujitsu