да вот, как заметил, используя гауссиан, гамесс и природу все эти программы различаются функциональностью и механизмами расчёта некоторых функций. да и алгоритмы расчёта тоже отличаются(напрмер для поиска ТС). про природу говорить вообще не стоит, там всё урезано настолько, что она может быть применима лишь подгонки или только приблизительной оценки геометрии. вот мечтаю добраться до MOLCASCherep писал(а):Кхе, сильно не пинайте, я всё таки инженер-химик по образованию... и модератор
Так вот, а есть ли (и может ли вообще быть ?) некая таблица сравнения вот программ этих, которые тут часто упоминают. Ну там, Gaussian, (PC) GAMESS, Природа? А, Spartan для маков есть, я слышал.
Иными словами, для чего какая лучше или что какой лучше обсчитывать? Или всё дело вкуса?
очень хотелось бы услышать мнениеА есть ли ну как бы таблица бенчмарков. Например, такимто методом такаято программа считает такоето количество времени с такойто точностью.madness писал(а): все эти программы различаются функциональностью и механизмами расчёта некоторых функций. да и алгоритмы расчёта тоже отличаются(напрмер для поиска ТС).
в кажой программе, как и в любой другой, не только в квантово-химической, есть свои недочёты и свои плюсы. так всё рассказать трудно, да и много ещё не попробовал. таблицы гдето видел, но там не по программам а по методам расчёта. когда ставишь определённу задачу расчётную то приходится выбирать как её решить и в какой программе. здесь учитываются такие факторы: наличие такой функции в программе, прикидочное время расчёта( это с опытом приходит), адекватность опять же для данной системы выбранного приближения...такчто надо пробовать, тут как и во всём чем больший опыт расчтных работ тем больше шансов получить адекватный результат и выигрыш по машинному времениCherep писал(а):ыгы, пасиба.
А есть ли ну как бы таблица бенчмарков. Например, такимто методом такаято программа считает такоето количество времени с такойто точностью.madness писал(а): все эти программы различаются функциональностью и механизмами расчёта некоторых функций. да и алгоритмы расчёта тоже отличаются(напрмер для поиска ТС).
Или получается так, что в среднем, однофигственно?
Или надо пробовать в каждом конкретном случае и тем, и тем, и сем?
PC Gamess - related: http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/performance.htmlCherep писал(а): А есть ли ну как бы таблица бенчмарков. Например, такимто методом такаято программа считает такоето количество времени с такойто точностью.
Энергию методом CCSD в таком базисе (>500 функций) посчитать практически невозможно, если только на кластере ~500 процессоров. Можно попробовать версию с локализацией (Local) CCSD в molpro2000Yu/2 писал(а):Какой из них наиболее быстрый для CCSD расчетов (энергия+градиент) со средними/большими базисами (не более 500-1000 баз.функций)?
Да, с количеством базисных функций я загнул. Сейчас я могу считать с 300-350 баз. функуциями, но хочется больше. Есть возможность считать на molpro, но я не знаю насколько эта прога лучше (меньше жрет диска) в плане CCSD.Nord писал(а): Энергию методом CCSD в таком базисе (>500 функций) посчитать практически невозможно, если только на кластере ~500 процессоров. Можно попробовать версию с локализацией (Local) CCSD в molpro2000
Ну, это и не халява, более того, если считать этим методом ППЭ, то она получается рваной. Подход там - "разделяй и властвуй". Просто некоторые кластерные амплитуды (для т.н. weak pairs) не считаются итеративно, а берутся по MP2. Ну и плюс к этому локализованные молекулярные орбитали, разреженная матрица атомных интегралов, prescreening и FQMM. Короче, тот еще огород, но есть надежда, что энергетика более-менее похожа на "честный" CCSD.Yu/2 писал(а):Видел я работы с этим LCCSD, но как-то с трудом верится что бывает халява. Надо наверное каждый раз оценивать насколько LCCSD врет по сравнению с CCSD, а как это делать непонятно.
Хотел бы с вами не согласиться! Природа, в целом очень замечательная программа. Ее основная цель это рутинные, простые расчеты. Ну и конечно ее фриварность просто подкупает.да вот, как заметил, используя гауссиан, гамесс и природу все эти программы различаются функциональностью и механизмами расчёта некоторых функций. да и алгоритмы расчёта тоже отличаются(напрмер для поиска ТС). про природу говорить вообще не стоит, там всё урезано настолько, что она может быть применима лишь подгонки или только приблизительной оценки геометрии. вот мечтаю добраться до MOLCAS Wink
может ещё кто поделится размышлениями по другим программам? Rolling Eyes очень хотелось бы услышать мнение
Не первый раз слышу подобное мнение и не могу пронять, откуда оно взялось. Конечно, у Природы масса недостатков (и невозможность задать симметрию, и отсутствие стандартных базисов, и почти отсутствие документации, продолжать можно долго), но для DFT-расчета высокого уровня больших несимметричных молекул (обычных объектов химика-органика) - я не знаю ей конкурентов. Стандартный базис Природы, 3z ({6,1,1,1,1,1/4,1,1/1,1} для углерода) по числу басисных функций/контрактаций сравним с 6-311+G** ({6,3,1,1,1/3,1,1,1/1}). Попробуйте в таком базисе посчитать несимметричную молекулу размера порядка C50 другой программой на обычном PC... Но это все по большому счету просто слова. А главное, без чего я без Природы как без рук - это то, что только с ее скоростью счета я могу, прежде чем делать выводы из расчета интересующего меня объекта, взять с десяток родственных объектов, для которых уже есть какие-нибудь экспериментальные данные и просчитать их в очень приличном базисе чтобы посмотреть, в какой степени можно доверять расчетам такого рода объектов. Есть масса примеров, когда природовские расчеты более чем удовлетворительны.madness писал(а):...про природу говорить вообще не стоит, там всё урезано настолько, что она может быть применима лишь подгонки или только приблизительной оценки геометрии.
Ну это вподне ествественно, ибо причина ее скорости - использование разложения единицы (ну или разложения плотности по вспомогательному базисному набору, что в прирнципе то же самое). Для кулоновской части и для численного интегрирования это дает кардинальное ускорение, поэтому LDA и GGA так быстры. Точный (Хартри-Фоковский) обменный член от этого в скорости практически не выигрывает, поэтому гибридные функциоалы и медлены. Там кстати еще RI-MP2 тоже есть, но я не пытася сравнивать что это дает в скорости. Что касается точности расчета (в смысле ошибок вносимых процедурой RI), то я как-то пробовал провести оптимизацию ряда полиароматических молекул с использованием разложения плотности и без оного. Отличия в длинах связи не превышали 0.0001 А, что по моему вполне приемлимо.Nord писал(а):Насколько мне известно, природа действительно очень быстра, но лишь на узком круге методов-DFT, причем с LDA или скорректированными на градиент функционалами, а на гибридных все становится в разы хуже...
Признаться, я тоже был в этом уверен, а тут решил попробовать. Удивительно, но PBE/3z и B3LYP/3z показали одинаковое время (на один шаг оптимизации)Nord писал(а):Насколько мне известно, природа действительно очень быстра, но лишь на узком круге методов-DFT, причем с LDA или скорректированными на градиент функционалами, а на гибридных все становится в разы хуже...
Это очень странно. Может RI активируется только на "больших" молекулах?amge писал(а):Признаться, я тоже был в этом уверен, а тут решил попробовать. Удивительно, но PBE/3z и B3LYP/3z показали одинаковое время (на один шаг оптимизации)
Действительно очень странно. Наверное небольшая молекула - в таком случае RI может и не приводить к ускорению. Я пытался B3LYPом большие системы считать (порядка 100 атомов), но при этом задача не проходила на моем железе (тогда как с PBE не было проблем).Nord писал(а):Это очень странно. Может RI активируется только на "больших" молекулах?amge писал(а):Признаться, я тоже был в этом уверен, а тут решил попробовать. Удивительно, но PBE/3z и B3LYP/3z показали одинаковое время (на один шаг оптимизации)
Можно еще поделить так:Cherep писал(а):Кхе, сильно не пинайте, я всё таки инженер-химик по образованию... и модератор
Так вот, а есть ли (и может ли вообще быть ?) некая таблица сравнения вот программ этих, которые тут часто упоминают. Ну там, Gaussian, (PC) GAMESS, Природа? А, Spartan для маков есть, я слышал.
Иными словами, для чего какая лучше или что какой лучше обсчитывать? Или всё дело вкуса?
В том-то и дело. И сие весьма критично. Считая в Gamess'е те или иные вещи, не относящиеся к хорошо изученным с т.зр. квантовой химии, можно хоть как-то знать, доверять расчету или нет. А Природа может выдать все что угодно... Ну и отсутствие удобной визуализации, отсутствие документации, базисов, непонятный механизм получения бинарников (попросить кого-нибудь, кто дружен с авторами...) и т.д.amge писал(а):Не первый раз слышу подобное мнение и не могу пронять, откуда оно взялось. Конечно, у Природы масса недостатков (и невозможность задать симметрию, и отсутствие стандартных базисов, и почти отсутствие документации, продолжать можно долго)
Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 21 гость
