Как осуществить процедуру IRC

[~Кирилл~]

Здравствуйте. С помощью firefly я посчитал предположительные ПС. Как можно проверить, превращаются ли они в нужные мне продукты или нет? Я слышал есть процедура следования по внутренней координате реакции (IRC). Подскажите, пожалуйста, насколько это верно и каким образом можно ее реализовать.

[VTur]

С помощью firefly я посчитал предположительные ПС. Как можно проверить, превращаются ли они в нужные мне продукты или нет?

Чуть-чуть сдвинте нужную Вам координату в сторону продуктов (реагентов), и дальше просто оптимизируйте. Должны автоматически получить равновесное строение продуктов (реагентов). Если не получите - или нашли не то, или на пути не одно ПС.

Я слышал есть процедура следования по внутренней координате реакции (IRC). Подскажите, пожалуйста, насколько это верно и каким образом можно ее реализовать.

Но тогда Вы точно не поймете - правильное ли ПС найдено. Вы принудительно заставите систему переходить от реагентов к продуктам через это состояние. А это может быть не оптимальный путь, хотя при больших энергиях возбуждения от тоже может реализоваться.

[o-oxhem]

Здравствуйте. С помощью firefly я посчитал предположительные ПС. Как можно проверить, превращаются ли они в нужные мне продукты или нет? Я слышал есть процедура следования по внутренней координате реакции (IRC). Подскажите, пожалуйста, насколько это верно и каким образом можно ее реализовать.

Если Вы нашли переходное состояние (полная оптимизация + последующий расчёт частот), то Вам следует выполнить IRC, если какие-либо не зависящие от Вас ограничения Вам это не позволяют сделать. Процедуру IRC необходимо выполнить в обе стороны (forward и reverse) - так Вы узнаете какие интермедиаты соединяет данное ПС. Конечные точки irc можно дооптимизировать с поиском локального минимума - процедура IRC является достаточно затратной процедурой (NPOINT=75). Может оказаться так, что это совсем другие интермедиаты, а не то, что Вы предплагаете.
Может ли кривая IRC не быть ПМЭР? Да, после точки бифуркации ППЭ. Это редкий случай.
Процедура, именуемая в литературе, квази-IRC: выполнить смещение вдоль колебательной моды, рассчитанной в гармоническом приближении, соответсвующей мнимой частоте, в обе стороны, и далее запустить оптимизацию с поском локального минимума, но с малым шагом. Это возможно, но зачем? Экономить время?
Итак, Вам следует выполнить IRC.

[amge]

Конечные точки irc можно дооптимизировать с поиском локального минимума

Иногда приходилось делать ровно наоборот Бывало, что оптимизация никак не давала минимум: оставалась маленькая мнимая частота. Тогда помогал спуск по IRC по этой мнимой частоте, и в результате получался настоящий минимум.

Как можно проверить, превращаются ли они в нужные мне продукты или нет? Я слышал есть процедура следования по внутренней координате реакции (IRC).

IRC для такой проверки - стандартная процедура. За исключением очень немногих экзотических случаев, она дает правильный результат. Но занимает много времени. Для экономии времени важно выбрать правильный шаг IRC, чтобы на ветви было 10-20 точек. Если ПС симметрично, то достаточно прогнать IRC только в одну строну.

[Metalian]

Бывало, что оптимизация никак не давала минимум: оставалась маленькая мнимая частота. Тогда помогал спуск по IRC по этой мнимой частоте, и в результате получался настоящий минимум.

У меня такое бывало, однако IRC (в любую из сторон) тут же обрывалось с тем, что минимум достигнут. Однако мнимая часто никуда не девалась, RUNTYP=SADPOINT приводило к той же структуре, что и RUNTYP=OPTIMIZE...

[~Кирилл~]

По поводу примера11. В раздел INTRINSIC REACTION COORDINATE вставляются данные из COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)? А в раздел после подной энергии данные после START SECOND ORDER SCF? Почему-то у меня все это дело упрямо не запускается... Я прикреплю мой out c переходным состоянием и составленный мною inp на IRC, подскажите пожалуйста в чем ошибка.

[o-oxhem]

Вам осталось добавить hessian.

[~Кирилл~]

А гессиан надо рассчитать из исходных веществ через RUNTYP=HESS?

[o-oxhem]

А гессиан надо рассчитать из исходных веществ через RUNTYP=HESS?

Для ПС. RUNTYP=hessian