cube файлы с помощью GAUSSIAN

[Vlas]

Здравствуйте!
Подскажите, пожалуйста, как можно визуализировать распределение электронной плотности?
И как делать *.cube файлы с помощью Gaussian? Если можно, привидите пример инпут файла.

Заранее спасибо, Юрий

[VTur]

Визуализировать - MolDen, AimAll.
Не знаю, работает ли по-умолчанию ключевое слово Cube (попробуйте задать, может осталось?), а так
http://gaussian.com/g_tech/g_ur/u_cubegen.htm
http://gaussian.com/g_tech/g_ur/u_cubman.htm

[alxyppv]

Во-первых, Вам нужен chk файл из Гауссиана. Можно сразу попросить Гауссиан сделать его ASCII вариант (fchk)

Далее, если у Вас есть GaussView - то отрываете им chk или fchk (скорее всего он будет сам переводить chck в fchk и для этого спросит у Вас путь к утилите Гауссиана, которая это делает - она входит в стандартный пакет; но если Вы считаете на кластере, а потом открывате файл у себя, то возможно этой утилиты у Вас на домашнем компьютере не будет, поэтому лучше сразу просить Гауссиан сделать fchk). GaussView умеет генерить любые поверхности и сохранять cube фалы (опять же, скорее всего ему для этого надо еще одну утилиту из Гауссиана).

Другой вариант - открыть fchk при помощи, например, ChemCraft. Всю плотность он Вам не построит, но на отдельные орбитали посмотреть можно (если молекула небольшая, то можно полную плотность "руками" создать как сумму плотностей всех занятых орбиталей) - но, если честно, сама по себе плотность мало зачем нужна (если только Вы не делаете потом анализ ее топологии, но и это точнее делать аналитически, при помощи того же AimAll, а не через cube-файл).