GAMESS-US 2011

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

GAMESS-US 2011

Сообщение sanya1024 » Сб дек 17, 2011 7:44 pm

Люди, кто имел опыт сборки GAMESS-US версии августа 2011 года? Я собираю с помощью ifort 12 с MKL. Пока удалось собрать только SMP версию (sockets). Обнаружила (на разных машинах), что свежая версия считает чуть медленнее прошлогодней (октябрь 2010). Для чистоты эксперимента собрала прошлогоднюю версию с теми же параметрами линкера -- эффект остался. Это только у меня так?

А если кто подскажет, как быть с кластерной (mpi) версией (мне конкретно нужно собрать в МСЦ Президиума РАН) -- буду вообще безмерно благодарна. Все ухищрения, что прекрасно работали при сборке предыдущих версий, почему-то теперь приводят к тому, что собранный экзешник даже на 2 нодах безбожно тормозит (к примеру, там, где старая версия считает на 2 нодах 20 секунд, новая не справляется и за 10 минут).

Есть и еще одно наблюдение: иногда (совершенно непредсказуемо) версии августа 2011 и октября 2010 выдают след. ошибку:

Код: Выделить всё

 INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY HUCKEL   ROUTINE.
 HUCKEL GUESS REQUIRES   1933704 WORDS.

 STATISTICS FOR GENERATION OF SYMMETRY ORBITAL -Q- MATRIX
 NUMBER OF CARTESIAN ATOMIC ORBITALS=        500
 NUMBER OF SPHERICAL CONTAMINANTS DROPPED=    26
 NUMBER OF LINEARLY DEPENDENT MOS DROPPED=     0
 TOTAL NUMBER OF MOS IN VARIATION SPACE=     474
 EQLRAT HAS FAILED TO CONVERGE FOR ROOT  105
0*** EVVRSP PARAMETERS ***
 ***      N =      474 ***
 ***  NVECT =      474 ***
 ***   LENA =   112575 ***
 ***     NV =      500 ***
 *** IORDER =        0 ***
 ***   IERR =      105 ***
 UNABLE TO DIAGONALIZE IN COPROJ
 EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY-
Повторный запуск того же инпута не помогает. Зато помогает (а) запустить тот же инпут в той же версии Гамесса на другой машине или (б) запустить тот же инпут на той же машине в другой версии Гамесса. Никто с таким не сталкивался?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение avelon » Сб дек 17, 2011 8:43 pm

имею опыт сборки версии под mpi как 2010 так и 2011. раньше сидел на mkl + ifort, сейчас перешел на gfortran и atlas, на них скорость счета выше у меня чем на интеловских.

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение avelon » Сб дек 17, 2011 8:51 pm

на счет второй ошибки помогает либо перебор параметров в ключе KDIAG=(0,1,2,3), либо небольшое изменение начальной геометрии

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение Alex Granovsky » Сб дек 17, 2011 9:14 pm

Дело в том, что этот evvrsp - алгоритм диагонализации, используемый gamess (us) по умолчанию - совершенно безобразен и численно неустойчив. Зачастую расходится в самых безобидных случаях. Пользователям американского gamess посоветовал бы всегда ставить kdiag=2 .

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение sanya1024 » Сб дек 17, 2011 9:22 pm

О, спасибо!
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение sanya1024 » Сб дек 17, 2011 9:57 pm

Я пользуюсь ifort-ом и MKL потому, что считаю спин-орбитальное взаимодействие, там нужна quadruple precision, к-рую не поддерживают ни g77, ни gfortran.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение avelon » Сб дек 17, 2011 10:23 pm

если нужно могу помочь с установкой. пишите в личку

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение sanya1024 » Вс дек 18, 2011 1:32 am

Спасибо, кажись, справилась. По совету Грановского пересобрала libddi.a как mixed, а не как mpi (отредактировала руками install.info) -- вроде заработало как надо. Гоняю тесты.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение avelon » Вс дек 18, 2011 10:09 am

все правильно сделали

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение amge » Пн дек 26, 2011 8:28 am

sanya1024 писал(а):там нужна quadruple precision, к-рую не поддерживают ни g77, ни gfortran.
Говорят, gfortran уже поддерживает.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение Yurii » Пн янв 02, 2012 8:07 pm

sanya1024 писал(а):Я пользуюсь ifort-ом и MKL потому, что считаю спин-орбитальное взаимодействие, там нужна quadruple precision, к-рую не поддерживают ни g77, ни gfortran.
На интеловских процессорах только этим и надо пользоваться. И с помошью MKL можно без лишних усилий ускорить работу GAMESS-US, заменив соответствующие алгоритмы. А quadruple precision лучше самому реализовывать.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

maxy1984
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Ср май 29, 2013 4:01 pm

Re: GAMESS-US 2011

Сообщение maxy1984 » Ср май 29, 2013 4:10 pm

Добрый День.!
Подскажите какие системные требование компа нужны для быстроты работы программы GAMESS...?
Заранее спасибо..

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 52 гостя