Проблема в создании входного файла Гауссиан

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Пн мар 19, 2012 7:18 pm

Уважаемые форумчане, здравствуйте!
Мне нужно посчитать поверхность потенциальной энергии в программе Гауссиан.
Но я не знаю, как мне задать входной файл. Я просто этого не умею, и нет человека который мог бы мне помоч! Все исследование встало из-за этого:( Мне нужен только один пример показать на моей частице и я все пойму!
Спасибо.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение o-oxhem » Пн мар 19, 2012 7:41 pm

Частицу в студию. :-) и какое именно сечение ППЭ Вам нужно? Что сканировать-то?

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Пн мар 19, 2012 7:58 pm

o-oxhem, спасибо, что откликнулись!
Мне, нужно сканировать поверхность потенциальной энергии относительно изменения связи Zn - O
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение o-oxhem » Пн мар 19, 2012 8:16 pm

Приложено. Комментарии в файле перед применением следует удалить.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Пн мар 19, 2012 8:24 pm

Спасибо огромное за помошь!
Там происходит сближени?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение o-oxhem » Пн мар 19, 2012 8:34 pm

Нет, это увеличение расстояния. (а если наоборот смотреть - от конца к началу расчета, то сближение)

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Пн мар 19, 2012 8:46 pm

Понятно.
Спасибо!

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Пн мар 19, 2012 8:57 pm

Расчет не получается, ошибка!
И как записать, чтобы было сближение?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение o-oxhem » Пн мар 19, 2012 9:43 pm

Загадка. У меня получается.
Отрицательное приращение не предусмотрено.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение АлександрI » Вт мар 20, 2012 12:21 am

На самом деле связь О-Zn координационная (электроны кислорода - на d-орбитали Zn). Её длина - константа, определяемая природой этой пары атомов (читайте теорию кристаллического поля).
А суть процесса - в конкуренции атома азота с карбоксильным кислородом за протон: в Ваших условиях азот постепенно приближает к себе протон (усиление связи) и ослабление связи азот-Zn. Этот процесс Вам и надо изучать квантовохимически.
Такие процессы сплошь и рядом в химии комплексных соединений. Неужели у Вас вблизи нет химика, который бы указал бы Вам на очевидное заблуждение?

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Вт мар 20, 2012 6:29 am

o-oxhem, спасибо, все получилось!
А как задать, так, чтобы азот приближал к себе протон (усиливалась связь), а связь N--Zn ослабевала?
Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение o-oxhem » Вт мар 20, 2012 10:33 am

попробуйте так.
В постах желательно, чтобы Вы указывали номера атомов.
"Усиливается/ослаблется" - при пострении файла имеет смысл оперировать чисто геометрическими терминами (увел./умен. расстояние). Усиление/ослабление - это уже после расчета энергии.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Вт мар 20, 2012 9:10 pm

Между атомам 5 и атомом 64 увеличивается расстояние, а между атомом 64 и атомом 2 уменьшается расстояние!
o-oxhem, если Вас не затруднит сделайте, пожалуйста, такой входной файл, только с такими же комментариями, что и в первый раз! Они очень понятны!
Спасибо!

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение o-oxhem » Вт мар 20, 2012 9:18 pm

AlexKsen писал(а):Между атомам 5 и атомом 64 увеличивается расстояние, а между атомом 64 и атомом 2 уменьшается расстояние!
Нужно уточнение:
Это результат расчета? Или именно это хотелось бы увидеть?
Попробуйте так.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение Yurii » Ср мар 21, 2012 8:06 pm

Для построения поверхности потенциальной энергии лучше b01 не использовать: когда нарушаются условия замыкания цикла, он иногда глючит.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема в создании входного файла Гауссиан

Сообщение AlexKsen » Чт мар 22, 2012 5:54 pm

Спасибо Всем за ответы!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 69 гостей