Помощь [оптимизировать]

[eFo]

Всем привет!
Кто-нибудь может помочь, пожалуйста? Очень надо. Нужно оптимизировать геометрию молекулы в модели PCM для ацетона, метилена и воды (DFT, PBE, желательно релятивистский базис, но не суть). Буду крайне благодарен тому, кто поможет (если это не займёт много времени, конечно).
Заранее спасибо!

[eFo]

Ок. Скажите хотя бы, такой инпут-файл правильно написан?

Код: Выделить всё

# opt PBEPBE/GENECP/auto SCRF=(solvent=acetone) integral=ultrafine

Ru - acetone

0 1
Ru  -0.32763720  -0.23253727   0.35770011
C  -1.19928718  -0.85698748  -1.68865991
C  -0.97192723   0.56145287  -1.61029994
C   0.31196278   1.08354282  -1.31806993
C   1.38205278   0.20052290  -0.99647999
C   1.15876281  -1.19815731  -0.97184002
C  -0.10786720  -1.75816727  -1.36163998
C  -0.35231721  -3.16959715  -1.38316000
C  -1.58241725  -3.65842724  -1.73704004
C  -2.65313721  -2.77426720  -2.05780005
C  -2.47591710  -1.41610718  -2.01947999
C  -1.84162724   0.26240253   1.87983012
C  -0.73536724   1.17068291   1.97874999
C   0.44119281   0.40996265   2.29846025
C   0.05715279  -0.96887732   2.40248990
C  -1.34826720  -1.06035733   2.13910985
H  -1.80814719   1.24266291  -1.78917003
H   0.48824281   2.15743256  -1.20950997
H   2.32420301   0.64042282  -0.65520000
H   1.96189272  -1.87087727  -0.65925992
H   0.47267276  -3.84460735  -1.13981998
H  -1.74954724  -4.73746729  -1.77543998
H  -3.62444711  -3.18931723  -2.33709002
H  -3.29400706  -0.73486710  -2.26861000
H  -2.87296700   0.52561283   1.64810014
H  -0.73021722   2.24674273   1.80575013
H   1.44790280   0.83315277   2.36166024
H   0.72102278  -1.80300736   2.62672019
H  -1.93696725  -1.97755718   2.11745000
P   2.71411300   3.44986248   0.77277994
F   2.62828279   3.82893276   2.36210990
F   2.73684287   2.98174286  -0.82658994
F   2.87068295   1.81742287   1.19454002
F   1.04095280   3.23806286   0.75223994
F   4.33741283   3.59319305   0.77257013
F   2.51672292   5.00738239   0.33489013

C H F 0
6-31G(d,p)
****
Ru P 0
SDD
****
Ru 0
SDD

[Гесс]

QPErr --- A syntax error was detected in the input line.

[Ferom]

Если ещё актуально…???
Попробовал посчитать Вашу систему в GAMESS на домашнем компьютере с Вашим условием: Штутгаровский релятивистский базис для Рутения, Данинговский для Фосфора и 6-31G++** для остальных элементов, DFTTYP=PBE0, в газовой фазе. Во вложении смотри результат предварительного расчета RUNTYP=ENERGY для Вашей геометрии в газовой фазе (наблюдается линейная зависимость базиса, в результате со сходимостью не очень, поэтому критерий 10^-4).
Если нужно оптимизировать, то есть 8-ми ядерный компьютер на кафедре. Чтобы учесть растворитель, то для PCM нужно перекомпилировать GAMESS (потребуется ванн дер Вальсов радиус для Рутения). Можно считать SMD модель растворителя, но я никогда так не делал (придется учиться) – зато интересно.

[eFo]

Да, актуально, спасибо большое. Дело в том, что в газовой фазе я уже оптимизировал с релятивистским базисом (оттуда и координаты все). А теперь мне надо с учётом растворителя просто пересчитать геометрию. Я пока не имею возможности воспользоваться любой программой, кроме Природы, а там растворитель нельзя учитывать, насколько я знаю... Пробовал для Гауссиана написать инпут-файл, но что-то не получается, как отметил уважаемый Гесс...

Если ещё актуально…???
Попробовал посчитать Вашу систему в GAMESS на домашнем компьютере с Вашим условием: Штутгаровский релятивистский базис для Рутения, Данинговский для Фосфора и 6-31G++** для остальных элементов, DFTTYP=PBE0, в газовой фазе. Во вложении смотри результат предварительного расчета RUNTYP=ENERGY для Вашей геометрии в газовой фазе (наблюдается линейная зависимость базиса, в результате со сходимостью не очень, поэтому критерий 10^-4).
Если нужно оптимизировать, то есть 8-ми ядерный компьютер на кафедре. Чтобы учесть растворитель, то для PCM нужно перекомпилировать GAMESS (потребуется ванн дер Вальсов радиус для Рутения). Можно считать SMD модель растворителя, но я никогда так не делал (придется учиться) – зато интересно.

[Ferom]

Да, актуально, спасибо большое. Дело в том, что в газовой фазе я уже оптимизировал с релятивистским базисом (оттуда и координаты все). А теперь мне надо с учётом растворителя просто пересчитать геометрию. Я пока не имею возможности воспользоваться любой программой, кроме Природы, а там растворитель нельзя учитывать, насколько я знаю... Пробовал для Гауссиана написать инпут-файл, но что-то не получается, как отметил уважаемый Гесс...

Повторяю свой вопрос. Чтобы учесть растворитель, то для PCM нужно перекомпилировать GAMESS (потребуется ванн дер Вальсов радиус для Рутения). Можно считать SMD модель растворителя, но я никогда так не делал (придется учиться)
Могу взять радиус 2.3 А, все равно атом Ваш внутри комплекса. Ну или SMD - выбирайте.

[eFo]

Как вам быстрее и легче будет, такую модель и выбирайте. Заранее огромное спасибо!

Повторяю свой вопрос. Чтобы учесть растворитель, то для PCM нужно перекомпилировать GAMESS (потребуется ванн дер Вальсов радиус для Рутения). Можно считать SMD модель растворителя, но я никогда так не делал (придется учиться)
Могу взять радиус 2.3 А, все равно атом Ваш внутри комплекса. Ну или SMD - выбирайте.

[sanya1024]

Зачем для этого Гамесс перекомпилировать? ручками радиус задаете -- и все дела. И SMD модель, очень рекомендую.

[sanya1024]

$PCMCAV RIN(номер атома в молекуле)=радиус

[Ferom]

$PCMCAV RIN(номер атома в молекуле)=радиус

Спасибо, Sanya1024. Теперь однозначно выбор падает на PCM.
Прошу ещё небольшой подсказки. Когда я скачиваю с базы данных EMSL базисный набор, например 6-31++G** и подключаю его в GAMESS US, должен ли я ещё дополнительно в группе $BASIS указывать NPFUNC и DIFFSP? Или эти ключи справедливы только для внутренних базисов, а внешний итак самодостаточен?

[sanya1024]

Если Вы задаете $BASIS GBASIS=N31 NDFUNC=1 NPFUNC=1 DIFFSP=1 DIFFS=1 $END, то получите базис, в точности идентичный скачанному 6-31++G**. С другой стороны, если Вы задаете базис руками для каждого атома (например, скачанный откуда-то), то группу $BASIS нужно удалить или закомментарить, иначе Гамесс вылетит с ошибкой.

[Ferom]

... если Вы задаете базис руками для каждого атома (например, скачанный откуда-то), то группу $BASIS нужно удалить или закомментарить, иначе Гамесс вылетит с ошибкой.

Да, я тоже в этом убедился, но на всякий случай решил уточнить.
Спасибо.

[eFo]

Всё пытаюсь разобраться в Гауссиане...
Ставлю задачу на расчёт частот колебаний не очень большой молекулы C25H20N5ORu(2+,2) (M11-L, 6-311+G(2df,2p) на лёгких атомах, sdd на Ru):

Код: Выделить всё

# freq geom=checkpoint guess=read integral=grid=ultrafine M11L/gen scf(intrep,xqc) pseudo=read

При использовании даже 64 процессоров задача не может завершиться за 24 часа. Это нормально? Потому что Природа это всё за секунды делает... Вот конец аутпут-файла:

[cut]

Код: Выделить всё

1 Symmetry operations used in ECPInt.
 ECPInt:  NShTT=   66430 NPrTT=  198135 LenC2=   57029 LenP2D=  116906.
 LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 8 Len=  415
 Number of processors reduced to   3 by ecpmxn.
eval server 0 on ic-node0460 has dropped it's connection.
subprocess pid = 30577 has exited. status = 0x0000, id = 0, state = 17. command was /soft/gaussian/g09.c01.MNGFM6.2/g09/linda8.2/opteron-linux/bin/linda_sh /soft/gaussian/g09.c01.MNGFM6.2/g09/linda-exe/l1101.exel 1821900800 tripybipyRu_OH_2_M11L.chk 1 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.int 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.rwf 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.d2e 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.scr 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30155.inp 0 junk.out 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.nex 0 +LARGS 1 ic-node0460 10.1.2.206 46537 3 1 .
died after signing in successfully
 Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
 IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
 G2DrvN: will do    27 centers at a time, making    2 passes doing MaxLOS=3.
 Calling FoFCou, ICntrl=  3507 FMM=F I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Calling FoFCou, ICntrl=  3507 FMM=F I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
 FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=3.
 End of G2Drv Frequency-dependent properties file   721 does not exist.
 End of G2Drv Frequency-dependent properties file   722 does not exist.
eval server 0 on ic-node0460 has dropped it's connection.
subprocess pid = 31171 has exited. status = 0x0000, id = 0, state = 17. command was /soft/gaussian/g09.c01.MNGFM6.2/g09/linda8.2/opteron-linux/bin/linda_sh /soft/gaussian/g09.c01.MNGFM6.2/g09/linda-exe/l1110.exel 1821900800 tripybipyRu_OH_2_M11L.chk 1 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.int 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.rwf 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.d2e 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.scr 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30155.inp 0 junk.out 0 /scratch/fetisove/418221.node1081.localdomain/Gau-30156.nex 0 +LARGS 1 ic-node0460 10.1.2.206 55097 3 1 .
died after signing in successfully
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=11
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
 Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
          There are   159 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
    159 vectors produced by pass  0 Test12= 2.63D-13 1.00D-09 XBig12= 2.32D+03 1.60D+01.
 AX will form    80 AO Fock derivatives at one time.
    156 vectors produced by pass  1 Test12= 2.63D-13 1.00D-09 XBig12= 6.44D+02 3.15D+00.
    156 vectors produced by pass  2 Test12= 2.63D-13 1.00D-09 XBig12= 8.45D+00 1.80D-01.
    156 vectors produced by pass  3 Test12= 2.63D-13 1.00D-09 XBig12= 1.23D-01 2.96D-02.
    156 vectors produced by pass  4 Test12= 2.63D-13 1.00D-09 XBig12= 1.28D-03 2.32D-03.
    156 vectors produced by pass  5 Test12= 2.63D-13 1.00D-09 XBig12= 1.54D-05 2.62D-04.
signal number 15 received.

[/cut]

Мне не нравится строчка

Код: Выделить всё

Number of processors reduced to   3 by ecpmxn

Действительно ли это означает, что из моих 64 процессоров только 3 используются для расчёта? Почему это так может быть? На каждый нод использую 14ГБ памяти... Заранее спасибо за помощь!

[eFo]

Проблема частично решилась уменьшением базиса с 6-311+G(2df,2p) на 6-311+G(d,p), но всё равно в этом случае число процессоров уменьшилось до 6 (ну и 12 часов на расчёт многовато...). Кто-нибудь сталкивался всё-таки с такой проблемой?

[VTur]

Может связано с видом расчета численно/аналитически?