Gaussian 09 - на работает оптимизация

[EvgeniX]

Здравствуйте.

Понять не могу, в чём дело. Так не работает:

Код: Выделить всё

%nproc=2
%mem=2000MB
#p B3LYP/6-311+G(d,p) opt 

Nitrile oxide

0 1
8        0.000000000      0.000000000      1.834880557
6        0.000000000      0.000000000     -2.008946333
1       -1.028521756      0.000000000     -2.398631573
1        0.514260878      0.890725969     -2.398631573
1        0.514260878     -0.890725969     -2.398631573
6        0.000000000      0.000000000     -0.553347923
7        0.000000000      0.000000000      0.617791977

А так работает:

Код: Выделить всё

%nproc=2
%mem=2000MB
#p B3LYP/6-311+G(d,p)

Nitrile oxide

0 1
8        0.000000000      0.000000000      1.834880557
6        0.000000000      0.000000000     -2.008946333
1       -1.028521756      0.000000000     -2.398631573
1        0.514260878      0.890725969     -2.398631573
1        0.514260878     -0.890725969     -2.398631573
6        0.000000000      0.000000000     -0.553347923
7        0.000000000      0.000000000      0.617791977

Почему не работает оптимизация?

Выводит один раз координаты (исходные, 1 линк) и висит.

[Shorku]

знакомые подсказывают, что без строчки
%mem=2000MB
Ваша оптимизация работает

[VTur]

А если
%mem=1700MB

[ Post made via Android ]

[EvgeniX]

У нас 64-разрядный гауссьян, который без проблем и 6000 и 8000 МБ берёт. А именно на этой молекуле такие залёты.

[Shorku]

У нас 64-разрядный гауссьян, который без проблем и 6000 и 8000 МБ берёт. А именно на этой молекуле такие залёты.

говорят, попробовали со строчкой про память- линк дохнет
попробовали без нее совсем- оптимизация успешно завершилась.
выводы делайте сами

[EvgeniX]

******************************************
Gaussian 09: EM64L-G09RevC.01 23-Sep-2011
13-Dec-2012
******************************************
%nproc=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
%mem=1500MB
-------------------------------------------------------------
#p B3LYP/6-311+G(d,p) scrf(pcm,solvent=acetonitrile) opt freq
-------------------------------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=4,6=6,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2201,71=1,72=2,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5,53=2/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=4,6=6,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2205,71=1,72=2,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5,53=2/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link 1 at Thu Dec 13 01:46:23 2012, MaxMem= 196608000 cpu: 0.1

Через минуту со скрипом добавляет:

-----------------------------------------
Nitrile oxide (opt+hessian, acetonitrile)
-----------------------------------------
Charge = 0 Multiplicity = 1
Symbolic Z-Matrix:
8 0. 0. 1.83488
6 0. 0. -2.00895
1 -1.02852 0. -2.39863
1 0.51426 0.89073 -2.39863
1 0.51426 -0.89073 -2.39863
6 0. 0. -0.55335
7 0. 0. 0.61779

PS: Проверил без %mem - то же самое.

upd.

******************************************
Gaussian 09: EM64L-G09RevC.01 23-Sep-2011
13-Dec-2012
******************************************
%nproc=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
-------------------------
#p B3LYP/6-311+G(d,p) opt
-------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=4,6=6,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=4,6=6,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link 1 at Thu Dec 13 02:00:52 2012, MaxMem= 0 cpu: 0.1

[VTur]

Он у Вас линуховский. Добавляете пустую строку после координат?

[EvgeniX]

Он у Вас линуховский. Добавляете пустую строку после координат?

Всё, что нужно, есть Даже специально сделал файл без "opt", потом добавил "opt" и перестало работать.

PS: Gaussian у нас лицензионный. Уже 3-ю ошибку находим, думаю, стоит в Gaussian Inc. написать.

[surius]

EvgeniX, удалось что нибудь прояснить по указанной вами проблеме?
я только что прогнал приведенный .gjf with opt. Скажем так, что в общедоступном Г09. все работает. Я поставил на кластер, где стоит лицензионный Г09. так что поглядим как оно там.

[EvgeniX]

surius, нам посчитать так и не удалось. Оставили на потом.

[surius]

понятно.
я вчера прогнал ваш инпут с opt keyword в следующих режимах:
-без %MEM секции
- с оной %MEM=1700MB
и все это в формате общедоступной и кластерной версии. все работает нормально.
а также еще варьировал количество памяти и процессоров не напрямую через .gjf, а через скрипт

у меня к вам такое предложение, EvgeniX, если интересно, конечно - сделайте .chk или даже лучше .fch той задачи которая у вас слетает, а я ее попробую подсунуть нашему Г09.
и еще в чем может быть разница, так это то что у вас ревизия С.01, а у нас все еще пользуют B

[EvgeniX]

и еще в чем может быть разница, так это то что у вас ревизия С.01, а у нас все еще пользуют B

Я тоже склоняюсь к этому мнению. Проверял на ранних нелицензионных версиях, всё работает.