NWChem

[Гесс]

Доброе время суток.
Запустил оптимизацию в NWChem, однако серверного времени ей нехватило.
Одну итерацию оно таки прошло, закончившись

Memory utilization after 1st SCF pass:
Heap Space remaining (MW): 64.54 64542451
Stack Space remaining (MW): 65.51 65509265

convergence iter energy DeltaE RMS-Dens Diis-err time
---------------- ----- ----------------- --------- --------- --------- ------
d= 0,ls=0.0,diis 1 -4539.6396740019 -2.86D+04 9.55D+01 2.71D+05 61025.6

Я пытаюсь запустить задачу на большем числе процов, но пока дело пахнет грустно.
Вопрос такой: если я имею INPUT.drv.hess, INPUT.db, ну и собственно INPUT.log откуда вынута последняя фраза, могу ли я чтолибо из них скормить заново задаче в надежде что первая итерация была самая мучительная и дальше расчет пойдет веселее?
.db бинарник, сформировался почти одновременно со смертью задачи
.drv.hess тоже смахивает на бинарник, но последний раз обновлялся перед мучительной 16 часовой итерацией.
Есть еще гигантский INPUT.out.movecs, тоже бинарный, писавшийся до смерти задачи, но его назначение я пока не понял.
Ответ наверняка есть в мануале, но если ктото может ответить до того как я закончу чтение этого прекрасного труда - буду очень признателен.

[Ferom]

Что такое RMS-Dens я не понял, но DeltaE=-2.86D+04 скорее всего говорит об очень большом градиенте, Diis-err=2.71D+05 тоже довольно большое. По видимому очень искажена структура.

[Гесс]

Что там происходило на этом степе для меня большая загадка. Структура не искажена, ибо эти координаты уже прогонялись через ADF и сошлись за считанные часы (базис вроде не ниже, метод сравнимый, потраченные мощности всего в 2 раза больше). Какой ужас творился в NWCheme эту 61 тысячу секунд я не знаю, но если итерация все таки закончилась значит есть шанс что когда нибудь к чему нибудь НВКем структуру приведет. Вот хочется посмотреть к чему.

[avelon]

имел дело с этой программой. очень медленно она считает энергию. раза в 2 дольше чем гамесс (в лучшем случае). а гамесс можно довольно быстрым сделать) единственное когда эта прога нужна аналитический расчет гессиана. запустить заново расчет можно поменяв во входном файле start на restart, но сомневаюсь что в вашем случае это удастся. мне помогало когда scf сошлось. вообщем надо пробовать. А программа довольно капризная к настройкам метода коммуникации. не известно как у вас она скомпилирована. может и можно улучшить скорость расчетов.
вот например выдача для моей молекулы: 13 атомов, базис def2-qzvppd. DFT/PBE0
convergence iter energy DeltaE RMS-Dens Diis-err time
---------------- ----- ----------------- --------- --------- --------- ------
d= 0,ls=0.0,diis 1 -934.6027888576 -1.56D+03 2.30D-03 4.16D+00 805.0
d= 0,ls=0.0,diis 2 -934.3020293676 3.01D-01 1.47D-03 5.34D+00 1234.7
d= 0,ls=0.0,diis 3 -934.7382983823 -4.36D-01 4.54D-04 8.35D-01 1665.3
d= 0,ls=0.0,diis 4 -934.8021736366 -6.39D-02 1.82D-04 9.85D-02 2095.0
d= 0,ls=0.0,diis 5 -934.8097164744 -7.54D-03 7.06D-05 1.31D-02 2524.7
d= 0,ls=0.0,diis 6 -934.8107956061 -1.08D-03 2.90D-05 1.30D-03 2954.9
d= 0,ls=0.0,diis 7 -934.8109327859 -1.37D-04 7.44D-06 6.06D-05 3384.2
d= 0,ls=0.0,diis 8 -934.8109388218 -6.04D-06 1.57D-06 5.01D-06 3814.6
d= 0,ls=0.0,diis 9 -934.8109393065 -4.85D-07 6.16D-07 3.45D-07 4244.2
d= 0,ls=0.0,diis 10 -934.8109393372 -3.07D-08 2.45D-07 5.58D-08 4674.0
d= 0,ls=0.0,diis 11 -934.8109393427 -5.50D-09 6.02D-08 4.47D-09 5103.9
то что у вас большое на первом шагу DeltaE=-2.86D+04 еще ни о чем не говорит, нужно дождаться как минимум еще одного.
Для сравнения выдача того же расчета в гамессе
ITER EX DEM TOTAL ENERGY E CHANGE DENSITY CHANGE DIIS ERROR INTEGRALS SKIPPED
1 0 0 -922.1601036989 -922.1601036989 2.620175298 3.050138237 50342636690 87888034
* * * INITIATING DIIS PROCEDURE * * *
2 1 0 -931.4265320069 -9.2664283079 1.143992043 0.064759905 50520100702 87905938
3 2 0 -931.6641833882 -0.2376513813 0.408156403 0.060555307 49533908588 93771237
4 3 0 -931.8308687418 -0.1666853536 0.076560473 0.007188142 48439853846 98409089
5 4 0 -931.8354064012 -0.0045376593 0.014889679 0.002375242 45991398009 107529541
6 5 0 -931.8361502272 -0.0007438260 0.002226460 0.000685427 44273540337 113382421
CONVERGED TO SWOFF, SO DFT CALCULATION IS NOW SWITCHED ON.
* * * INITIATING DIIS PROCEDURE * * *
7 6 0 -934.7647517294 -2.9286015023 0.331803077 0.091584177 49612795686 92544660
8 7 0 -934.8186351052 -0.0538833758 0.062229164 0.011204715 49551768966 94449722
9 8 0 -934.8082210026 0.0104141026 0.014835590 0.019682797 47517836468 102626522
10 9 0 -934.8251146932 -0.0168936906 0.005611483 0.001424534 46469740951 106612990
11 10 0 -934.8252434293 -0.0001287360 0.000965160 0.001019530 43095389825 117793183
12 11 0 -934.8252963220 -0.0000528928 0.000498065 0.000271744 41329147629 123940610
13 12 0 -934.8253016231 -0.0000053010 0.000305102 0.000064158 39472511854 130315510
14 13 0 -934.8253021140 -0.0000004910 0.000042798 0.000019866 37091135509 138240016
DFT CODE IS SWITCHING BACK TO THE FINE GRID
* * * INITIATING DIIS PROCEDURE * * *
15 14 0 -934.8063790677 0.0189230463 0.252109921 0.009145233 49990700572 91102581
16 15 0 -934.8110290403 -0.0046499726 0.008662991 0.000814845 49324993836 96042857
17 16 0 -934.8109928991 0.0000361413 0.001902861 0.001105176 45052075253 111524808
18 17 0 -934.8111239003 -0.0001310012 0.000805449 0.000227382 41928722421 121179620
19 18 0 -934.8111272425 -0.0000033421 0.000154973 0.000177598 39413048192 129885369
20 19 0 -934.8111289605 -0.0000017180 0.000088424 0.000038439 36783361498 138548440
21 20 0 -934.8111290470 -0.0000000865 0.000022483 0.000012982 34070794501 147410234
22 21 0 -934.8111290619 -0.0000000149 0.000012553 0.000002678 30861816467 157999414
23 22 0 -934.8111290596 0.0000000022 0.000007225 0.000001047 27730286648 166215627

-----------------
DENSITY CONVERGED
-----------------
TIME TO FORM FOCK OPERATORS= 2145.2 SECONDS ( 93.3 SEC/ITER)
FOCK TIME ON FIRST ITERATION= 106.3, LAST ITERATION= 66.0
TIME TO SOLVE SCF EQUATIONS= 82.3 SECONDS ( 3.6 SEC/ITER)
Вывод один используйте nwchem только в самой крайней необходимости

[avelon]

а RMS это среднеквадратичное отколнение

[sanya1024]

Похоже, что действительно программа плохо скомпилирована или неудачно распараллелена. Авторы на сайте и в статье хвастаются, что у них CCSD для димера порфирина считается за разумное время. Видимо, этих кошек надо уметь готовить...

[Гесс]

Буду готовить как умею... Может че сьедобное и получится.

[kbob]

Я пытаюсь запустить задачу на большем числе процов, но пока дело пахнет грустно.

А в чем грусть? Настроек в программе действительно много, но в этом есть свои плюсы.