Цвиттер-ион в FF

[LKalvin]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Меня интересует: как задать молекулу аминокислоты в форме цвиттер-иона чтобы выполнить оптимизацию геометрических параметров в FF?

Заранее Вам очень признателен и благодарен!

[amge]

Рисуете свой цвиттер-ион любой рисовалкой, способной делать конверсию в 3D, полученную структуру используете как начальное приближение для FF. Никаких специальных слов, говорящих о том, что у Вас структура с разделенными зарядами, в FF, да и в любой другой квантово-химической программе нет. Оптимизация геометрии цвиттер-иона в газовой фазе почти наверняка приведет к устранению страшно невыгодных в вакууме разделенных зарядов путем переброса протона. Чтобы сохранился цвиттер-ион нужно считать с учетом сольватации.

[Droog_Andrey]

Чтобы сохранился цвиттер-ион нужно считать с учетом сольватации.

Обязательно. Цвиттер-ион в газовой фазе может даже развалиться в ходе оптимизации на аммиак, углекислый газ и синглетный карбен.