Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я собственно примерно тоже самое имел ввиду
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Коллеги, тогда такой вопрос, в ряде экспериментальных работ по ЯМР химсдвиги даются не в ppm , а в Hz и нигде почему то я не нашел , как переводить одну величину в другую. Можете ли вы помочь разрешить эту проблему?amge писал(а): ↑Пн янв 31, 2022 6:55 amНа самой деле, не все так просто. Из-за кремния константы экранирования ТМС плохо считаются, и если отсчитываться от него, то будет большая систематическая ошибка. Более правильно приписывать стандарту некие эмпирические параметры, которые дают наименьшую ошибку для представительной выборки соединений. Они свои для каждого метода/базиса расчета хим. сдвигов, и их можно вывести самому, но если использовать методы, рекомендованные на сайте Тантилло, то тогда эти эмпирические параметры можно взять с того же сайта. Кроме того, у меня они есть для DFT/PBE/L22 (Природа).
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
А это приборозависимо.
Не совсем в тему кемкрафта, смотря по ответам я возможно отделю это в самостоятельную тему физхимии.
https://aklectures.com/lecture/parts-pe ... %20million.
https://www.researchgate.net/post/How_t ... _Hz_or_MHz
http://www2.chem.uic.edu/nmr/downloads/ ... 34731.html
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо, Гесс!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я портирую Chemcraft для Mac. Если тут есть кто-то, кто может это протестировать, прошу написать мне лс (или на email с моего сайта), и я вам пришлю Mac-дистрибутив.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Просьба протестировать Mac-версию Chemcraft:
https://chemcraftprog.com/files/Chemcraft.mac.zip
Тут есть проблемы с установкой. Пока я не завёл сертификат для программы и не поместил её в Apple Store (возможно для меня это будет слишком сложно). Поэтому инсталлировать надо так:
1) Попробовать запустить (не получится);
2) Открыть “Системные настройки” на вашем Mac;
3) Перейти к “Безопасность и конфиденциальность” и выбрать “Общее”.
4) Будет кнопка «Все равно открыть» для Chemcraft;
5) Нажать “Все равно открыть” для отмены блокировки;
6) Снова запустить Chemcraft и нажать “Открыть”.
Теоретически таким способом можно подхватить вирусы, но я как вы понимаете этого не хочу, и я проверил этот дистрибутив онлайн-сервисом Virustotal. Это сервис, проверяющий программы всеми антивирусами. Вот скриншот его отчёта, где сообщается что ни один антивирус не среагировал:
https://chemcraftprog.com/files/tmp/vir ... 220226.png
https://chemcraftprog.com/files/Chemcraft.mac.zip
Тут есть проблемы с установкой. Пока я не завёл сертификат для программы и не поместил её в Apple Store (возможно для меня это будет слишком сложно). Поэтому инсталлировать надо так:
1) Попробовать запустить (не получится);
2) Открыть “Системные настройки” на вашем Mac;
3) Перейти к “Безопасность и конфиденциальность” и выбрать “Общее”.
4) Будет кнопка «Все равно открыть» для Chemcraft;
5) Нажать “Все равно открыть” для отмены блокировки;
6) Снова запустить Chemcraft и нажать “Открыть”.
Теоретически таким способом можно подхватить вирусы, но я как вы понимаете этого не хочу, и я проверил этот дистрибутив онлайн-сервисом Virustotal. Это сервис, проверяющий программы всеми антивирусами. Вот скриншот его отчёта, где сообщается что ни один антивирус не среагировал:
https://chemcraftprog.com/files/tmp/vir ... 220226.png
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Коллеги, у меня вопрос. Можно ли с помощью Chemcraft посчитать Вандерваа́льсовы объем и площадь молекулы ? Если нет, то может какую другую программу посоветуете.
Спасибо!
Спасибо!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Сейчас можно посчитать столкновительные диаметры:
https://chemcraftprog.com/help/colldiamwindow.html
Столкновительные диаметры считаются по изотропной статической поляризуемости, формулы есть по ссылке. Заодно от меня вопрос - как вы полагаете, насколько это корректный подход?
Также сейчас Chemcraft может посчитать площадь молекулы (Tools/Calculate molecular area).
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо . Про то , что считаются столкновительные диаметры я в курсе а про площадь молекулы забыл. Правильно ли я понял, что для расчета площади вы исходили из Вандерваа́льсовых радиусов?
Насчет корректности подхода - формулы я смотрел и по моему все достаточно корректно, хоть для меня эта тема не родная , правда вот сейчас вспомнил, что как то возникала такая задача, но потом интерес заказчика к ней упал - деньги закончились. Поэтому не стоит считать мои слова истиной в последней инстанции (и где я научился таким словам...?).
Спасибо еще раз!
Насчет корректности подхода - формулы я смотрел и по моему все достаточно корректно, хоть для меня эта тема не родная , правда вот сейчас вспомнил, что как то возникала такая задача, но потом интерес заказчика к ней упал - деньги закончились. Поэтому не стоит считать мои слова истиной в последней инстанции (и где я научился таким словам...?).
Спасибо еще раз!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Нет, там используются столкновительные диаметры. Честно говоря я уже не помню, откуда брал столкновительные диаметры, надо посмотреть и обновить страничку хелпа. Спасибо за напоминание.
А какие радиусы на ваш взгляд корректнее использовать для вычисления площади - вандерваальсовы или столкновительные? Или лучше сделать выбор - и то и то?
Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
По моему лучше сделать выбор и то и то. Было бы очень классно.
Для каких задач может понадобиться. Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.
Если вам удастся реализовать данные возможности, известите плз пользователей.
Спасибо!
Для каких задач может понадобиться. Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.
Если вам удастся реализовать данные возможности, известите плз пользователей.
Спасибо!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
А что такое объём молекулы в вашем понимании? Сейчас Chemcraft может рассчитать параметры минимального параллелепипеда, в который влезает Chemcraft: A, B, C. A это длина молекулы, и наверно именно она определяет, влезет ли молекула в фуллерен. C это толщина молекулы. Можно перемножить A*B*C и получить как бы объем, это то что вам подходит?Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.
Расскажите, что это за более сложные случаи.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
В простейшем случае обьем молекулы расчитывают экспериментально исходя из плотности жидкости и молярной массы молекулы. Эта величина завышена за счет пробелов между молекулами и может быть занижена за счет сильного межмолекулярного взаимодейстсия.
Второй вариант это GEPOL или любые изоэлектрические или сольватные поверхности, предпочтительно зависящие от заряда частицы а не только оперирующие зафиксированными радиусами. Почему - см следующий пункт:
От обьема зависит лямбда, которая в уравнениях электронного хопинга по маркусу. Там есть прекрасная величина энергия реорганизации растворителя.
Второй вариант это GEPOL или любые изоэлектрические или сольватные поверхности, предпочтительно зависящие от заряда частицы а не только оперирующие зафиксированными радиусами. Почему - см следующий пункт:
От обьема зависит лямбда, которая в уравнениях электронного хопинга по маркусу. Там есть прекрасная величина энергия реорганизации растворителя.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
а таким образом можно прогнозировать будет ли один метал или неметалл с другим образовывать твердые растворы или интерметаллиды?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Вы писали: Можно перемножить A*B*C и получить как бы объем, это то что вам подходит?
Да конечно подходит, если диаметры атомов вандерваальсовы, но вы сказали что они столкновительные.
Более сложный случай это в задачах по ионному обмену, может ли молекула чисто из стерических соображений подойти к данному активному центру ионита, который синтезирован аминированием нитрильных групп полиакрилонитрильного волокна этилендиамином или диметиламинопропиламином. Там достаточно сложная разветвленная структура получается. Разумеется все эти прикидки проводятся в первом приближении.
Над тем что сказал Гесс (спасибо) я еще подумаю. На ходу пока уловить все это не получается.
Да конечно подходит, если диаметры атомов вандерваальсовы, но вы сказали что они столкновительные.
Более сложный случай это в задачах по ионному обмену, может ли молекула чисто из стерических соображений подойти к данному активному центру ионита, который синтезирован аминированием нитрильных групп полиакрилонитрильного волокна этилендиамином или диметиламинопропиламином. Там достаточно сложная разветвленная структура получается. Разумеется все эти прикидки проводятся в первом приближении.
Над тем что сказал Гесс (спасибо) я еще подумаю. На ходу пока уловить все это не получается.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Практически наверняка нет.
Я не знаю есть ли под это хоть какая-то теория, и исходя из того что мы каждый раз лезем искать экспериментальные диаграммы - практически наверняка нет никакой нормальной теории. Ну то есть есть классические принципы про структуры замещения vs структуры внедрения, и про мягкость оболочек, но не более того. То есть сказать "когда оно скорее всего не будет расслаиваться" мы "пальцем к носу" можем, но уж будет ли там интерметаллид - это прям сложно.
Чисто для примера, почти первая попавшаяся диаграмма: Если я это правильно читаю, то в диапазонах 5-50 и 70-85 - смешивается (без интерметаллидов), в прочих диапазонах - сегрегирует.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
И какой объём здесь предполагается - произведение A*B*C (объём минимального параллелепипеда, в который влезает молекула)?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
сегрегирует это расслоение без смешивания?
ПС а проблемы моделирования связаны с обобществленными электронами?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость