resp без гауссиана

[Гесс]

Как получить заряды (предпочтительно resp) для периодической системы которую нельзя обгауссианить?
Я имею в виду что я хочу запихнуть в МД кристалл, ну типа модифицированный графен или ковалентный фреймворк. Традиционный антачемберовский путь требует гауссиановский расчет который я очевидно не могу себе позволить.
Типа как существует путь через respgen, но то что я нашел упирается в esp файл который соответственно в espgen и гауссиан.

И сопутствующий вопрос - как вкариливать parmchk-у периодические структуры? Он понимает prepi, prepc, ac, mol2 но скажем MaterialStudio отказывается сохранять периодику системы со связями выходящие за границы ячейки в mol2, а перегонка pdb в mol2 опенбабелем превращает периодическую систему в огрызок. Чем конвертировать в остальные 3 формата вообще ума не приложу.

[uchebnik fiziki]

Амбер разве умеет в кристаллы? Из коробки?

[Гесс]

Я если честно невкурсе умеет ли амбер, я этого в громакс совать буду (simulated annealing). Мне просто надо соорудить громаксу топологию, что я умею делать только через энтечембер, и как ни крути в топологии должны быть заряды. Я даже не претендую чтоб заряды были сильно хорошие. Но хоть как то.

[uchebnik fiziki]

Надо думать, если Амбер не поддерживает кристаллы и периодику с разорванными связями, то им незачем и в антечамбере соответствующие модули делать.

[Гесс]

MaterialStudio отказывается сохранять периодику системы со связями выходящие за границы ячейки в mol2

Я незнаю отношений амбера и энтечембера с такими системами.

А какой софт знаком с prepi, prepc, ac ?

[uchebnik fiziki]

Кажется, антечамбер и Leap. ЕМНИП, это олдскульные амберовские форматы.

[Гесс]

Амбер разве умеет в кристаллы? Из коробки?

Ну несовсем пока ясно насколько это "из коробки" но да
http://ambermd.org/tutorials/advanced/t ... utor1.html

This tutorial is geared for advanced users of the AMBER biomolecular simulations package, provides somewhat depthy narrative on the challenge of adequately modeling the crystalline environment, and incorporates several auxiliary programs to aid in the preparation of crystal simulations.

Так как я ни разу не эдвансд и танцы вокруг xleap меня за неделю уже заимели то я сегодня плюнул и ушел с задачей в Forcite.
И пока овервыходные форсайт считает - я почитаю этот мануал.

[uchebnik fiziki]

Там вроде как только молекулярные кристаллы обсуждаются.