Ячейка

[AlexKsen]

В какой программе можно построить подобную ячейку?

[Гесс]

подобную чему?

[AlexKsen]

Рисунок1.jpg

Прошу прощения, не прикрепилось изображение.

[AlexKsen]

Рисунок2.jpg

[Shorku]

Смотря что там внутри (не очень ясно по картинке) и что подразумевается под "постороить":
- Если просто какой-то хаотично набросанный растворитель, то в большинстве молдинамических пакетов (тот же громакс) есть тулзы для заполнения ячейки чем-нибудь.
- Если это что-то из рентгена, то меркьюри, например, может достраивать новые ячейки и экспортировать в xyz
- Если Вам нужне какой-то присущий вашей системе мотив (спирали из того, что там нарисовано, или специфическая ориентация), то либо руками, либо самописным скриптом/утилитой

И потом, построить, это:
- Если просто набросать, то см. варианты выше
- Если оптимизировать, то зависит от размеров
- Если найти глобальный (или относительно глубокий локальный) минимум, то молдинамика

[AlexKsen]

- Если просто какой-то хаотично набросанный растворитель, то в большинстве молдинамических пакетов (тот же громакс) есть тулзы для заполнения ячейки чем-нибудь.

- Если просто набросать, то см. варианты выше

[Shorku]

Например так, но как работать с громаксом я объяснять не возьмусь.
http://manual.gromacs.org/archive/4.6.6 ... enbox.html

[AlexKsen]

В громаксе получилось. Не без помощи добрых людей:) А какие еще есть программы. В hyperchem есть piorodic box, но там только молекулы воды, как поменять на другие не нашел.

[Shorku]

А какие еще есть программы.

Кстати, я, наверное, забыл про VMD, там тоже может быть (а может быть только вода)
Вообще можно пошариться по докам разных amber и lammps на предмет заливки boxa

[Гесс]

В громаксе можно залить любым эквилибрированным растворителем из виртуалкемистри лайбрери. Я где то это прописывал, если поиск непоможет напишу подробнее через пару часов.

Вопрос имхо до сих пор недостаточно конкретен.

[AlexKsen]

Задача такая. Хочу достаточно крупный металлокомплекс окружить молекулами целлюлозы (3 звена). Интересно, есть ли способ не дать все вручную?

[Гесс]

Задача такая. Хочу достаточно крупный металлокомплекс окружить молекулами целлюлозы (3 звена). Интересно, есть ли способ не дать все вручную?

Сомневаюсь. Я бы решал проблему следующим образом: скачал бы кристаллографическую ячейку целлюлозы (http://www.crystallography.net/cod/4114382.html, http://www.crystallography.net/cod/4114994.html), открыл бы в MaterialStudio, размножил бы до суперячейки удовлетворяющего размера, удалил бы одну из цепочек целлюлозы (или несколько если комплекс большой), вставил бы в освободившееся место комплекс, оптимизировал бы в Forcite (подмодуль MaterialStudio) без изменения размеров ячейки, переоптимизировал бы с изменением, сделал бы отжиг без изменения размеров ячейки, думал бы как в работе обойти использование МS.