Gromacs - нужна помощь с ошибкой

[6apu_aJlu6acoB]

Здравствуйте, форумчане

С недавних пор решил начать изучение моделирования с помощью программы Gromacs. Решил начать свой первый путь с молекулы лизоцима, как по инструкции http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Page ... b2gmx.html

Вроде все просто, делаешь как написано, копируешь команды.. Но блин, не знаю у меня ли только.. на этапе NVT (изохорно-изотермической) релаксации (первый шаг симуляции) у меня возникла ошибка:
Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.

Эта ошибка возникла, если быть точнее после команды gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
Что за файл нужно указать явно, я не понимаю

Может кто-нибудь работал с этой программой, помогите, пожалуйста!!

[Гесс]

Попробуйте вместо

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

вот так:
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -r em.gro
(разумеется я предполагаю что все соответствующие файлы присутствуют в этой папке с этими именами и что дополнительных констрейнтов вы не вводите)
Менее логично чтоб там хотели полный адрес для этого файла констрейнтов.
Не проверял, 2018 громакса у меня не стоит да и 5.0.6 я пользовал очень давно.

[6apu_aJlu6acoB]

Попробуйте вместо

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

вот так:
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -r em.gro
(разумеется я предполагаю что все соответствующие файлы присутствуют в этой папке с этими именами и что дополнительных констрейнтов вы не вводите)
Менее логично чтоб там хотели полный адрес для этого файла констрейнтов.
Не проверял, 2018 громакса у меня не стоит да и 5.0.6 я пользовал очень давно.

Спасибо Вам большое за быстрый и правильный ответ!!!! И сори, что сам до этого не догадался...