Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Чт янв 14, 2021 1:22 pm

Вобрый дечер всем!) Столкнулся с множеством проблем при попытке исследовать пути реакций окисления пирена молекулярным кислородом в присутствии стеарата меди. В отсутствие него все более менее гладко, в Гауссиане получалось находить переходные состояния реакций образование пероксидов, эпоксидов и т.д. Но со стеаратом меди я не смог добиться правильно завершенного поиска переходного состояния (TS). И морозил все атомы кроме пирена и кислорода, все равно тщетно то error in internal coordinate system, то no lower point found, то просто считает, пока время не закончится. Считал и в pm6 и в b3lyp, все без изменений. Решил перейти в ПРИРОДУ, здесь пробовал искать TS без стеарата, кислород при сканировании совсем по другому садится на пирен, только одним атомом, хотя в Гауссиане получалось так, что он одновременно двумя кислородами садится. Пробовал запускать скан с Dummy атомами, чтобы тянуть как бы связь молекулы кислорода к пирену, чтобы оба атома приближались, расчет не запускался, видимо так нельзя делать. При использовании стеарата ошибок нету, я скан делаю, затем беру максимум на кривой, эту геометрию запускаю для расчета Гессиана, затем его пихаю в инпут, ищу седловую точку через saddle=1, затем уже полученную геометрию запускаю с командой irc, с back=1 и с back=0. Но из-за того, что кислород садится одним атомов, спуск в сторону образования продуктов практически не идет, так как это не стабильная система, а к пероксиду он не хочет стремиться. Не знаю в чем дело, я уже и с триплетом и синглетом пробовал...
И между тем вопросик задам, может кто знает, как в ПРИРОДЕ задать мультиплетность на молекулу отдельно? Як фрагменты в гауссиане. Нашел только как базис другой использовать)
Буду рад полезным советам, что делать, чтобы прийти к успеху (пероксиды в природе без и со стеаратом, и спуски нормальные в обе стороны)
При необходимости докину аут файлы)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1843
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение amge » Пт янв 15, 2021 6:38 am

Nikolya_Rodionov писал(а):
Чт янв 14, 2021 1:22 pm
кислород при сканировании совсем по другому садится на пирен, только одним атомом, хотя в Гауссиане получалось так, что он одновременно двумя кислородами садится.
Это подозрительно. По моему, для начала нужно понять, почему так происходит, и только потом двигаться дальше. Покажите инпуты, пжлст.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Чт янв 14, 2021 1:22 pm
как в ПРИРОДЕ задать мультиплетность на молекулу отдельно?
Никак. Только для полной квантово-химической системы

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Пт янв 15, 2021 1:35 pm

amge писал(а):
Пт янв 15, 2021 6:38 am
Nikolya_Rodionov писал(а):
Чт янв 14, 2021 1:22 pm
кислород при сканировании совсем по другому садится на пирен, только одним атомом, хотя в Гауссиане получалось так, что он одновременно двумя кислородами садится.
Это подозрительно. По моему, для начала нужно понять, почему так происходит, и только потом двигаться дальше. Покажите инпуты, пжлст.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Чт янв 14, 2021 1:22 pm
как в ПРИРОДЕ задать мультиплетность на молекулу отдельно?
Никак. Только для полной квантово-химической системы
Да, конечно
$system memory=6000 disk=-10000 path=/tmp $end
$control
task=scan
theory=QM_n3
basis=путь/qm.in
$end
$optimize
fix=1,28,10,0,0
val=1.81412,1.61412
points=21
steps=1200
$end
$scf
iterations=600,108
$end
$molecule
charge=0
mult=3
cartesian
6 -3.131663640 -1.392887350 -0.935285880
6 -3.010928160 -0.494948110 0.113329470
6 -1.751132440 0.006741520 0.486256580
6 -0.597624910 -0.432823180 -0.213568510
6 -0.726409130 -1.356334750 -1.266783800
6 -2.004043050 -1.820711100 -1.622377160
6 -1.606474200 0.938768530 1.528177220
6 0.689852710 0.028418740 0.172572710
6 0.822639430 0.972184040 1.207998640
6 -0.374310200 1.550688900 1.766891240
6 2.085460130 1.399377040 1.599854870
1 2.174634560 2.128252520 2.395883550
6 3.223568980 0.903705390 0.969911000
6 3.102474940 -0.006772660 -0.063313170
6 1.840008360 -0.455756870 -0.479744010
6 1.682515140 -1.389082400 -1.554000750
6 0.454438000 -1.812856430 -1.935216970
1 0.345454260 -2.519192150 -2.749941450
1 2.570665750 -1.750395140 -2.059101920
1 -2.478210940 1.263836560 2.076878710
1 -4.111091780 -1.765858000 -1.218202410
1 -3.887392490 -0.161853900 0.654498390
1 -2.096512110 -2.527709180 -2.437361660
1 -0.261829210 2.138124530 2.673130190
1 4.205997370 1.241603310 1.284826990
1 3.985084700 -0.384919440 -0.565207290
8 -0.621896960 2.693084840 -0.525976670
8 -0.523275100 3.007314720 0.695872080
$end

Такой же инпут с синглетом, в обоих случаях природа при каждом скане оптимизирует так, что кислород начинает стремиться к вертикальному положению и садится одним атомом.

Инпут с медным комплексом:

$system memory=6000 disk=-10000 path=/tmp $end
$control
task=scan
theory=QM_n3
basis=путь/qm.in
$end
$optimize
fix=1,73,52,0,0
val=2.68739,1.18739
points=16
steps=1200
$end
$scf
iterations=600,108
$end
$molecule
charge=0
mult=2
cartesian
6 -9.522553980 0.199520050 0.321087430
1 -9.808230180 -0.425757670 1.176384500
1 -9.375329200 1.214233130 0.712017800
6 -8.212640010 -0.313855980 -0.270597670
1 -7.935027010 0.309653240 -1.127570460
1 -8.365309890 -1.325047320 -0.663337710
6 -7.062669380 -0.332403310 0.731969330
1 -7.339007510 -0.954952860 1.590099120
1 -6.905154760 0.679031230 1.123224930
6 -5.761608910 -0.850486820 0.131367050
1 -5.483794910 -0.235649180 -0.727879330
1 -5.894898170 -1.867008330 -0.242040590
6 -4.615129070 -0.852865570 1.127695860
1 -4.872740550 -1.463719990 2.000060350
1 -4.385365130 0.147282430 1.496823270
6 -3.340754330 -1.434281120 0.563168440
8 -2.226153460 -0.931461520 0.987208140
8 -3.361182840 -2.358631070 -0.261872420
6 9.382007300 -0.874282820 0.011865080
1 9.483448910 -1.946076620 0.224462650
1 9.306938270 -0.778732610 -1.078699870
6 8.105241730 -0.344524840 0.659098130
1 8.010112460 0.725831790 0.446059460
1 8.188037220 -0.434136450 1.747845880
6 6.844951290 -1.064960800 0.189439810
1 6.936930050 -2.135541260 0.404499690
1 6.761091900 -0.976834670 -0.899592290
6 5.576626340 -0.524908050 0.839128560
1 5.471235310 0.539117000 0.623749730
1 5.643146480 -0.613103270 1.925335240
6 4.326606920 -1.243623700 0.368393810
1 4.361561280 -2.308756600 0.618928210
1 4.206994820 -1.191210740 -0.715068050
6 3.051299810 -0.707567990 0.967518120
8 3.051475170 0.142261240 1.866915260
8 1.944331580 -1.181574040 0.493423210
29 -0.128335520 -1.292295250 0.954640750
8 0.570042160 0.260908480 2.445922870
8 -0.859293110 -2.785691330 -0.579931130
1 -0.574816370 -3.424167930 -1.243289500
1 -1.882218750 -2.752951300 -0.589360570
1 1.584351130 0.350616210 2.356148650
1 0.274201180 0.871752810 3.129600920
8 -0.046066510 -2.946014730 2.558881520
1 0.396159750 -2.922356260 3.419036170
1 -0.452811880 -3.823122600 2.520162690
6 -2.801601250 0.130059310 -2.210512430
6 -2.760707860 1.097103460 -1.219121090
6 -1.543749650 1.552248230 -0.725188820
6 -0.342703090 1.042534230 -1.254282540
6 -0.386010860 0.074292730 -2.277301160
6 -1.629083920 -0.379973630 -2.732066670
6 -1.469941210 2.621436080 0.226654910
6 0.906662670 1.552905410 -0.808716660
6 0.950727530 2.501150920 0.238582770
6 -0.263292260 2.954584450 0.800746270
6 2.190808780 3.008194520 0.646054350
1 2.220372710 3.741909370 1.441068310
6 3.355285040 2.620306590 0.009116100
6 3.312455290 1.699545160 -1.023220970
6 2.097260100 1.136937640 -1.430055880
6 2.026649960 0.159755970 -2.469910920
6 0.844697650 -0.363582420 -2.860785380
1 0.803126410 -1.079308950 -3.672860440
1 2.945413490 -0.137164250 -2.961531820
1 -2.390048900 2.933621530 0.704995910
1 -3.756043080 -0.204946380 -2.601825110
1 -3.675372300 1.535467250 -0.844984490
1 -1.661233630 -1.102172170 -3.537906940
1 -0.231382860 3.694752190 1.587565020
1 4.305172240 3.046696830 0.314372560
1 4.219883510 1.410518820 -1.536414270
8 -1.313954462 2.100455075 -3.717078810
8 -1.357333438 2.900345248 -2.767138029
6 10.637946900 -0.146731960 0.493425480
1 10.764139110 -0.250982760 1.574399810
1 11.534747500 -0.547533190 0.011037940
1 10.585574370 0.921726610 0.267999400
6 -10.666737470 0.214287590 -0.693359470
1 -10.429801540 0.856606390 -1.545683650
1 -10.863994230 -0.789153360 -1.079899450
1 -11.590466990 0.586431430 -0.239701560 $end

Не знаю, как заставить не атом приближаться к пирену, а молекулу кислорода целиком симметрично, возможно также понадобится отключение оптимизации на каждом шаге....

Инасчет мультплетности, если я допустим 4 ставлю мультиплетность, то она поймет, что там триплетный кислород с двумя неспаренными электронами и 1 электрон у меди?)

dycost
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Чт мар 29, 2012 1:15 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение dycost » Пт янв 15, 2021 2:06 pm

QM_n3 все-таки полуэмпирика, может попробовать полноценный GGA?
Система небольшая и с:
theory=dft
functional=PBE
basis=путь/L1
вполне себе быстро посчитается.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Пт янв 15, 2021 2:19 pm

dycost писал(а):
Пт янв 15, 2021 2:06 pm
QM_n3 все-таки полуэмпирика, может попробовать полноценный GGA?
Система небольшая и с:
theory=dft
functional=PBE
basis=путь/L1
вполне себе быстро посчитается.
в Гауссиане pm6 брал, тоже ведь полуэмпирика
Попробую запустить, конечно, но не уверен, что ситуация изменится, может еще алкильные хвосты заменить на воду и только с аквакомплексом возиться, вдруг тоже прояснения появятся
За совет спасибо большое, как посчитаю, скажу результат, вышло что-то путевое али нет.
А можно ли в природе искать TS сразу? допустим чуйка есть, и примерное TS задал в визуализаторе, а потом уже запустить поиск, предварительно Гессиан посчитав? Имею ввиду чтобы он скушал Гессиан, где нет еще частоты мнимой единственной, а потом сам довел до переходного состояния уже?

dycost
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Чт мар 29, 2012 1:15 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение dycost » Пт янв 15, 2021 2:42 pm

Nikolya_Rodionov писал(а):
Пт янв 15, 2021 2:19 pm
А можно ли в природе искать TS сразу? допустим чуйка есть, и примерное TS задал в визуализаторе, а потом уже запустить поиск, предварительно Гессиан посчитав? Имею ввиду чтобы он скушал Гессиан, где нет еще частоты мнимой единственной, а потом сам довел до переходного состояния уже?
Да, можно.
Считается гессиан сначала и вставляется в инпут для рассчета TS (optimize + saddle=1).
Желательно после рассчета гессиана посмотреть в визуализаторе колебания с мнимыми частотами (в природе print=+molden выведет частоты в формате понятном gmolden'у) и выбрать ту, что соответствует движению по пути реакции. Ибо по умолчанию природа будет искать TS по самой большой мнимой частоте. В природе менять follow=1 на нужную моду.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12139
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Гесс » Пт янв 15, 2021 4:25 pm

ИМХО не стоит тут использовать полуэмпирику, результаты могут быть случайными. В последней геометрии как то окружение меди неквадратное. Не, я понимаю что координация с водой, но помоему там надо кислоту поворачивать а не воду загибать.
Кстати невижу смысла запихивать весь алкильный хвост. Там смысл в карбоксилате меди, поэтому диацетата вполе хватит. Я скорее бы подозревал димедь-тетракарбоксилат, но если хотите мономерную медь - то можно пробовать.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Пт янв 15, 2021 6:35 pm

Гесс писал(а):
Пт янв 15, 2021 4:25 pm
ИМХО не стоит тут использовать полуэмпирику, результаты могут быть случайными. В последней геометрии как то окружение меди неквадратное. Не, я понимаю что координация с водой, но помоему там надо кислоту поворачивать а не воду загибать.
Кстати невижу смысла запихивать весь алкильный хвост. Там смысл в карбоксилате меди, поэтому диацетата вполе хватит. Я скорее бы подозревал димедь-тетракарбоксилат, но если хотите мономерную медь - то можно пробовать.
Октаэдрическое окружение меди у нас получается, если в DFT считать, PBE(или же B3LYP)/6-311g(d,p), причем пирен на медный комплекс садится не плоско, то есть он скошен и координируется одним атомом именно (ну или же одной двойной связью), специально запускал оптимизацию из плоской структуры, уезжает она немного в бок и наклон появляется, с двумя пиренами если проводить оптимизацию, тоже наклон сохраняется. Хотя я вначале ожидал что-то наподобие пи-комплекса и плоской посадки. Но связывание приличное, аксиальную воду выбивает пирен при связывании. Да, я чисто ацетат уже оставил, чтобы не ждать долго. Насчет димера пока не думали, разобраться с более простой системой хотелось бы) Сейчас краегольный камень, найти TS в присутствии меди уже, чтобы нормально спуски наблюдались к продуктам и реагентам, но вот при скане я не знаю, как заставить кислород идти параллельно к пирену, а не поворачиваясь вертикально практически. В отсутствии пирена я без скана искал TS в гауссиане, как через TS команду просто (calcall,ts,noiegentest), так и через QST2, с комплексом гауссиан мне только ошибки выдавал.
Возможно, нужно как-то сказать, чтобы природа делала sp расчет на каждом шаге скана без промежуточных оптимизаций, тогда может и поймается мода, ответственная за пероксид.
Координаты комплекса, отоптимизированного уже, если интересно:

6 -24.993727730 0.704813290 0.752572030
1 -25.083678510 0.136462060 1.692399840
1 -25.895631660 0.503871110 0.154312750
1 -24.997881010 1.775746510 1.012300910
6 -23.717333320 0.324315500 -0.003958880
1 -23.756399450 -0.744526710 -0.280761850
1 -23.671892470 0.882834630 -0.956062160
6 -22.436286070 0.589256250 0.796683030
1 -22.481410530 0.028934070 1.749265510
1 -22.397460810 1.658653860 1.076447480
6 -21.150547860 0.214615670 0.049703540
1 -21.104122660 0.778200260 -0.900662020
1 -21.191568510 -0.853837130 -0.232714660
6 -19.871415760 0.475260530 0.854605740
1 -19.919100630 -0.086664810 1.805858660
1 -19.829460070 1.544085110 1.135367650
6 -18.585127990 0.098296920 0.109378300
1 -18.537627110 0.660106670 -0.841942140
1 -18.626523390 -0.970662880 -0.170899260
6 -17.306775980 0.360363970 0.914974410
1 -17.358246430 -0.193907860 1.870514890
1 -17.261515320 1.431222470 1.187382230
6 -16.020342870 -0.026924850 0.175298160
1 -15.970712230 0.524498670 -0.781963650
1 -16.063310510 -1.098794710 -0.093354420
6 -14.742483150 0.241847650 0.979471920
1 -14.797559180 -0.298592020 1.942705480
1 -14.693957550 1.316303640 1.236725320
6 -13.456112210 -0.160387460 0.247701570
1 -13.404058520 0.374991190 -0.718473720
1 -13.501245280 -1.236465700 -0.003155210
6 -12.178607180 0.118756270 1.048897200
1 -12.236308240 -0.405087780 2.021111190
1 -12.127652440 1.197302420 1.287892660
6 -10.892396820 -0.299405140 0.325834400
1 -10.839196580 0.216114450 -0.650971500
1 -10.938520510 -1.380308310 0.096954120
6 -9.615031950 -0.005242080 1.121885740
1 -9.673492210 -0.509531680 2.104357600
1 -9.563544880 1.077828030 1.339300380
6 -8.329187470 -0.438822620 0.407641460
1 -8.276381380 0.052553240 -0.581366850
1 -8.372686240 -1.524957150 0.205127750
6 -7.051596740 -0.122943160 1.194897350
1 -7.108794040 -0.602329940 2.190105990
1 -7.002823570 0.965399070 1.386138740
6 -5.769530170 -0.573713840 0.484194700
1 -5.714263710 -0.115117160 -0.516769020
1 -5.803291750 -1.662739540 0.311008170
6 -4.505203610 -0.222628720 1.270100510
1 -4.524066010 -0.667173960 2.279577440
1 -4.442357020 0.867385740 1.439084340
6 -3.194739650 -0.639638720 0.615037000
8 -2.144795990 -0.482387720 1.349460730
8 -3.197710310 -1.092828300 -0.563836990
6 24.444756140 -0.313893710 0.081168270
1 24.539485640 -1.410278270 0.139184940
1 25.338081430 0.122818800 0.553383440
1 24.462118780 -0.036479520 -0.985191810
6 23.156610100 0.166292440 0.756612360
1 23.182634410 -0.094331960 1.829915840
1 23.105265020 1.269049440 0.713223750
6 21.886738540 -0.420776520 0.127925540
1 21.937183570 -1.524834310 0.171416510
1 21.860330940 -0.161162780 -0.946920240
6 20.589981970 0.053252950 0.795116860
1 20.540134720 1.157142450 0.750718270
1 20.617499940 -0.206300970 1.869774340
6 19.320982970 -0.535068670 0.166173210
1 19.370631910 -1.638901950 0.211041130
1 19.293443550 -0.275834470 -0.908530630
6 18.024394700 -0.060344120 0.833614310
1 17.974975190 1.043509720 0.788794280
1 18.052083730 -0.319666900 1.908283120
6 16.755248690 -0.648457070 0.204870330
1 16.804381610 -1.752302050 0.250047750
1 16.727754110 -0.389432760 -0.869898870
6 15.458848480 -0.172929740 0.872116100
1 15.410810960 0.931039190 0.828480340
1 15.485489820 -0.433517460 1.946496150
6 14.189362500 -0.758633370 0.241781030
1 14.237097300 -1.862601010 0.285249500
1 14.162931630 -0.497887860 -0.832612580
6 12.893094810 -0.282400750 0.908769800
1 12.847635960 0.821823060 0.868681970
1 12.917536090 -0.546499870 1.982327210
6 11.623170210 -0.862925670 0.274548190
1 11.668072670 -1.967144330 0.314190340
1 11.599132140 -0.598388280 -0.799004370
6 10.326989340 -0.385720100 0.941032030
1 10.285858560 0.718901050 0.907186500
1 10.347652770 -0.655899170 2.013116880
6 9.056552940 -0.957623950 0.300073420
1 9.097469670 -2.062236540 0.332262610
1 9.036059580 -0.686004660 -0.771827420
6 7.760558500 -0.480251540 0.966401290
1 7.724926120 0.624851850 0.945565670
1 7.773373660 -0.762443510 2.035376680
6 6.489606630 -1.035876970 0.312342860
1 6.524484430 -2.141345910 0.329468390
1 6.475824120 -0.750112590 -0.756061660
6 5.198007690 -0.554026920 0.983858540
1 5.170285770 0.548670770 0.985256810
1 5.188877400 -0.853081090 2.044997630
6 3.942658990 -1.092131890 0.295376670
1 3.938594080 -2.196981460 0.301036140
1 3.915918150 -0.805355490 -0.768599510
6 2.626605880 -0.647652070 0.915679930
8 2.628921980 -0.035399660 2.019842190
8 1.576522170 -0.946327500 0.227990200
29 -0.266432230 -0.681955970 0.783823760
8 0.236955290 0.534640400 2.262662410
8 -0.818278920 -1.869167850 -0.752296640
1 -0.350746260 -1.658096350 -1.579350250
1 -1.823879580 -1.613830260 -0.864622970
1 1.280267480 0.348365010 2.340944080
1 -0.203104020 0.339405250 3.105407010
8 -0.421599560 -2.904172210 1.851909820
1 -1.348485530 -2.934574330 2.143301010
1 -0.458924520 -3.263305130 0.945115450
6 -1.379916550 -0.005669180 -4.576855130
6 -1.533421200 0.408457070 -3.250192830
6 -0.464405500 1.017390820 -2.560595000
6 0.790071390 1.187526590 -3.232598580
6 0.935258310 0.761180490 -4.593060230
6 -0.165268940 0.169162900 -5.244169500
6 -0.578863360 1.454945110 -1.195248630
6 1.892248320 1.781679180 -2.548560770
6 1.748570500 2.202646810 -1.186759880
6 0.475024190 2.040749570 -0.544836170
6 2.855635620 2.769365770 -0.525693860
1 2.750343280 3.077566540 0.517314460
6 4.077836360 2.922956590 -1.185410580
6 4.225487800 2.521086380 -2.515339870
6 3.147858170 1.946840170 -3.218679110
6 3.261111120 1.515837600 -4.584392270
6 2.202960190 0.949501030 -5.242019720
1 2.307030980 0.625709710 -6.281327820
1 4.220164210 1.649148720 -5.092770470
1 -1.551182410 1.377604330 -0.703825220
1 -2.221100280 -0.470642390 -5.096356490
1 -2.482762220 0.258671060 -2.729684290
1 -0.056601670 -0.155401240 -6.282618850
1 0.369196110 2.344718970 0.498696890
1 4.926368920 3.360875930 -0.654753920
1 5.184629120 2.648497330 -3.024662550

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12139
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Гесс » Сб янв 16, 2021 3:31 am

Nikolya_Rodionov писал(а):
Пт янв 15, 2021 6:35 pm
Хотя я вначале ожидал что-то наподобие пи-комплекса и плоской посадки.
Не, это нормально, там же одно вакантное место да еще и в октаэдре. В тетраэдре бы еще были бы шансы сесть гаптичностью шесть, а тут и два уже хорошо. Но можете поставить по центральной связи пирена - будет "плоско". Всеравно центральная связь пирена должна быть активнее периферийных.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Пт янв 15, 2021 6:35 pm
Но связывание приличное, аксиальную воду выбивает пирен при связывании.
Это звучит реалистично, вода на димер байндится 0.5-0.6 эВ, этилен около 0.43эВ, от пирена стоит ожидать более сильного байндинга чем от этилена так что тут все ок.

Я бы предположил такую схему:
1) комплекс медь-двойная связь
2) с противоположной стороны подходит кислород, координируется одним атомом по одному из атомов двойной связи, выталкивает медь на вторую. Если мы говорим про центральную связь пирена и представим вместо пирена графен - то это слегка смахивает на графан на никеле, только вместо никеля медь, а вместо водорода молекула кислорода.
3) я так понимаю дальше вы планируете закрывать кислород либо в 3членный эпоксид, либо в 4членный пероксид. Вторая реакция интуитивно понятна, первая потребует выплевывания триплетного атома кислорода что звучит не слишком реалистично, поэтому я бы предположил закрытие противоположного конца ОО чемто еще, вплоть до второго пирена. Тогда получится вообще сендвич: медь-пирен-О-О-пирен-медь. после диссоциации ОО - эпоксиды закрываются, медь уходит.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Пт янв 15, 2021 6:35 pm
Возможно, нужно как-то сказать, чтобы природа делала sp расчет на каждом шаге скана без промежуточных оптимизаций, тогда может и поймается мода, ответственная за пероксид.
Этого участка непонял. Делаете релаксированный скан от продуктов к исходникам, "на разрыв", в нем берете верхнюю точку, считаете частоты, смотрите частоты, считываете частоты readfc в гауссиане, в природе непомню, но она тоже умеет.
А зачем вы хотите заставить кислород быть параллельным пирену? Не, технически это реализуемо, хотя и очень заморочно: через большое количество дополнительных замороженных координат: один думми (X1) по центру двойной связи Ca-Cb, второй думми (X2) по центру кислорода OaOb, для них замораживаем равенство длин R(Ca-X1)=R(Cb-X1), угол A(Сa-Cb-X1)=0 и аналогично для X2 в кислороде, дальше угол A(Ca-X1-X2)=90, A(X1-X2-Oa)=90, и теперь остается уложить обе связи в одну плоскость: D(Ca-X1-X2-Oa)=0. (не используйте нигде 180).
Но вообще мне кажется это требование совершенно нездоровым - дайте кислороду координироваться одним атомом, это нормально.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Сб янв 16, 2021 11:20 pm

Гесс писал(а):
Сб янв 16, 2021 3:31 am
Не, это нормально, там же одно вакантное место да еще и в октаэдре. В тетраэдре бы еще были бы шансы сесть гаптичностью шесть, а тут и два уже хорошо. Но можете поставить по центральной связи пирена - будет "плоско". Всеравно центральная связь пирена должна быть активнее периферийных.
Пробовал запускать расчет из стартовой геометрии, где центральная двойная связь в аксиальном положении плоско по центру расположена, структура все равно приходила к скошенной и координированной с одной из периферийных двойных связей, но это ладно, смирились как говорится, видимо, действительно, не может медь все центры связать и ей так удобнее. А насчет активности...я когда статьи анализировал, там была наоборот, всегда атака идет по граничной двойной связи, чтобы не затрагивать фенантреновый фрагмент для сохранения ароматичной системы.
Гесс писал(а):
Сб янв 16, 2021 3:31 am
Я бы предположил такую схему:
1) комплекс медь-двойная связь
2) с противоположной стороны подходит кислород, координируется одним атомом по одному из атомов двойной связи, выталкивает медь на вторую. Если мы говорим про центральную связь пирена и представим вместо пирена графен - то это слегка смахивает на графан на никеле, только вместо никеля медь, а вместо водорода молекула кислорода.
3) я так понимаю дальше вы планируете закрывать кислород либо в 3членный эпоксид, либо в 4членный пероксид. Вторая реакция интуитивно понятна, первая потребует выплевывания триплетного атома кислорода что звучит не слишком реалистично, поэтому я бы предположил закрытие противоположного конца ОО чемто еще, вплоть до второго пирена. Тогда получится вообще сендвич: медь-пирен-О-О-пирен-медь. после диссоциации ОО - эпоксиды закрываются, медь уходит.
Да, я в теории хочу именно пероксид поймать, в гауссиане я без скана находил эти переходные состояния, причем по нескольким позициям атака проводилась именно с подходом молекулы кислорода и образованием пероксида сразу, как бы в одну стадию, без промежуточных продуктов, где только один кислород садится.
А в случае природы, здесь всегда получается посадка одним атомом и даже если пусть так, но это ведь нестабильная система, там на свободном атоме кислорода радикальный центр образуется, и еще другой радикальный центр по пирену распределен (мы ведь порвали двойную связь пирена и кислорода, а образовали только одну связь С-О), почему же она не скатывается по энергии в пероксид или диэпоксид какой-нибудь, ведь такие структуры более стабильны должны быть?
Сейчас закинул второй пирен в систему, посмотрим что выйдет из этого, спасибо за совет.

И еще вопрос, если при скане нету максимума, а только перегиб, там тоже переходное состояние значит есть?

Жаль, сюда нельзя ауты крепить))

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12139
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Гесс » Вс янв 17, 2021 4:18 am

Nikolya_Rodionov писал(а):
Сб янв 16, 2021 11:20 pm
чтобы не затрагивать фенантреновый фрагмент для сохранения ароматичной системы.
При разрушении центральной связи - 14 внешних электронов остаются ароматической системой. См пример кажется в Марче, а может и в Кэри Сандберге, с диметилпиреном, там где метилы по центральным атомам пирена, это в главах про ароматичность больших систем
Ну это на самом деле не суть важно. Функционализация по краю ничем не хуже.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Сб янв 16, 2021 11:20 pm
в гауссиане я без скана [...]
А в случае природы,
Результат расчета определяется методом, стартовыми условиями и т.д. но не кодом.
Да, полуэмпирика Лайкова мало похожа на PM6, но тогда об этом и надо говорить. В PBE с одинаковым базисом ВСЁ должно быть идентично.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Сб янв 16, 2021 11:20 pm
А в случае природы, здесь всегда получается посадка одним атомом и даже если пусть так, но это ведь нестабильная система, там на свободном атоме кислорода радикальный центр образуется, и еще другой радикальный центр по пирену распределен (мы ведь порвали двойную связь пирена и кислорода, а образовали только одну связь С-О), почему же она не скатывается по энергии в пероксид или диэпоксид какой-нибудь, ведь такие структуры более стабильны должны быть?
1) расчет unrestricted? какая мультиплетность?
2) радикальный центр на ароматике очень неплохо размазывается, радикальный центр на кислороде - тоже не велика беда. При наличии же меди то там вообще смешиваются в кучу кони и люди.
Это на самом деле весьма важно посмотреть.
Попробуйте посчитать (на ДФТ) следующие системы:
- *пирен-O-O* (посадка одним атомом, * формализуют радикальные центры), как триплет и как unrestricted singlet, в гауссиане с привлечением Guess=Mix и Stable=Opt,
- пирен-пероксид, как синглет (неважно restructed или unrestricted).
Триплет наверняка будет самостоятельным минимумом, я не вижу что его заставит складываться в диоксетан.
А синглетный бирадикал вполне вероятно является локальным минимумом.
Closed-shell диоксетан скорее всего ниже по энергии, но проверить это совсем не лишне.
Еще один вопрос воспроизводит ли природа корректно синглетный бирадикал, для этого надо сделать теже самые 3 расчета в природе.
Наконец если синглетный бирадикал это таки локальный минимум - то каков барьер закрытия в диоксетан? Это нужен еще один релаксированный скан.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Сб янв 16, 2021 11:20 pm
И еще вопрос, если при скане нету максимума, а только перегиб, там тоже переходное состояние значит есть?

Жаль, сюда нельзя ауты крепить))
Можно. Или в архивах или меняйте им расщирение с out/log на txt или чтото подобное.
Что такое перегиб на скане - этого я не понял. Таки показывайте аутпут ну или хоть график скана картинкой.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Вс янв 17, 2021 2:32 pm

Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 4:18 am
1) расчет unrestricted? какая мультиплетность?
Расчет был restricted, мультиплетность 4 (1e у меди и 2 от кислорода). Сейчас запустил unrestricted бирадикала синглета и триплета в природе. В случае restricted оптимизация привела просто к отсоединению кислорода...(PBE, 6-311G(d,p))
Посмотрим, что получится.
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 4:18 am
Что такое перегиб на скане - этого я не понял. Таки показывайте аутпут ну или хоть график скана картинкой.
Прикладываю инпут скана, тоже рестриктед был, вот там при подходе кислорода к пирену максимума нет, просто перегиб.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Вс янв 17, 2021 5:33 pm

Попытался все-таки попробовать запустить скан с фиксацией, чтобы кислород подходил параллельно пирену, добавил думми атомы, зафиксировал все углы, но расчет так и не запустился, причем обрубается без ошибки...Кто-то знает, в чем тут может быть дело?)
Фиксация длинн и углов вроде прописана верно, расчет обрывается на строчках:
Geometry Optimization Step 0:
162 cartesian, 2461 internal coordinates
156 independent variables
time: Geometry Optimization : 0.7 [ 0.1 0.1 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 ] 64.2% 0.1

Инп:
$system memory=10000 disk=-10000 path=/tmp $end
$control
task=scan
theory=QM_n3
basis=/gpfs/GLOBAL_JOB_REPO_KPFU/chemicalorg/priroda/basis/qm.in
$end
$optimize
fix =1,29,52,0,0, 2,51,53,52,0, 2,29,54,32,0, 2,29,54,53,0, 2,54,53,51,0, 3,29,54,53,51, 1,29,54,0,0, 1,54,32,0,0, 1,51,53,0,0, 1,53,52,0,0
val(1) =2.54020, 0, 0, 90, 90, 0
val(11)=1.54020
points=10
steps=1200
$end
$scf
restrict=0
iterations=600,108
$end
$molecule
charge=0
mult=4
cartesian
6 -5.092778910 -0.622969710 2.397522620
1 -5.057883820 -0.568835040 3.492166240
1 -5.305878640 0.386525280 2.011925670
...
8 -1.046528934 3.805833842 -0.248701729
8 -1.972877382 3.225814311 -0.792203482
0 -1.509703158 3.515824077 -0.520452606
0 -0.608394610 1.280595165 0.345261745
$end

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12139
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Гесс » Вс янв 17, 2021 6:35 pm

Nikolya_Rodionov писал(а):
Вс янв 17, 2021 2:32 pm
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 4:18 am
1) расчет unrestricted? какая мультиплетность?
Расчет был restricted, мультиплетность 4 (1e у меди и 2 от кислорода).
Это невозможно по определению. Ни одна мультиплетность выше 1 не может считаться как restricted, максимум restricted open shell.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вс янв 17, 2021 2:32 pm
Прикладываю инпут скана, тоже рестриктед был, вот там при подходе кислорода к пирену максимума нет, просто перегиб.
Аутпут. Ну да, чем ближе тем хуже. Очевидно в этой мультиплетности атака кислорода вообще невыгодна.
Основных вариантов несколько:
- атакует синглетный кислород
- на координате реакции имеется спинфлип
- мультиплетность на единицу ниже за счет димера меди.

Оптимизируйте дублет медь-пирен-О-О* (он то должен иметь ковалентный минимум), начиная с геометрии 28 на вашем выложенном скане (раастояние C-O полтора ангстрема), и сделайте скан на разрыв этой связи в мультиплености 2.

Если мне ночью будет очень не лень я поиграю с вашей системой ночью, а может и не поиграю, ничего не обещаю.Для меня это прокрастинация от основной работы.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вс янв 17, 2021 5:33 pm
расчет обрывается на строчках:
сообщения природы об ошибках примерно как у орки - ниочем.

Metalian
Сообщения: 83
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Metalian » Вт янв 19, 2021 10:00 am

Nikolya_Rodionov писал(а):
Сб янв 16, 2021 11:20 pm
если при скане нету максимума, а только перегиб, там тоже переходное состояние значит есть?
Перегиб или всё же срыв? Срывы при скане - обычное дело, значит, прошли где-то не очень рядом с ПС.
Варианты разные:
1. Попробовать посмотреть тот шаг, на котором происходит срыв, более подробно. Там, вероятно, в ходе оптимизации после нескольких шагов плавного спуска будет резкий скат энергии. Возьмите точку из начала этого ската и посмотрите гессиан: если там будет одна мнимая частота, явно соответствующая тому, что вам кажется правильным, а остальные мнимые частоты небольшие, попробуйте поиск ПС из этой точки. Можно также окрестные точки на этом скате глянуть. Иногда также предыдущую "оптимизированную" точку скана можно взять. Если мнимых частот много разных, и нужная не первая, то играть follow можно, но у меня обычно не получалось так ничего найти. Переходил к другим методам тогда.
2. Оптимизировать то, к чему пришёл скан (или даже не оптимизировать) и попробовать пойти назад по той же (или другой, смотря по геометрии) координате. Или же пустить скан с начала, но по другой координате (иногда имело смысл). Зачастую при запуске скана, где был срыв, в обратную сторону получается чёткий максимум с удобными для поиска ПС частотами.
3. Варианты со сканом сразу по 2 и более координатам срабатывают редко: слишком велика вероятность, что когда по одной координате вы будете близко к ПС, по другой будете далеко, и вроде бы и кривая скана выйдет хорошая, но даже частоты в максимуме будут так себе. Но иногда может повезти.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Вт янв 19, 2021 10:05 am

Metalian писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:00 am
Nikolya_Rodionov писал(а):
Сб янв 16, 2021 11:20 pm
если при скане нету максимума, а только перегиб, там тоже переходное состояние значит есть?
Перегиб или всё же срыв? Срывы при скане - обычное дело, значит, прошли где-то не очень рядом с ПС.
Варианты разные:
1. Попробовать посмотреть тот шаг, на котором происходит срыв, более подробно. Там, вероятно, в ходе оптимизации после нескольких шагов плавного спуска будет резкий скат энергии. Возьмите точку из начала этого ската и посмотрите гессиан: если там будет одна мнимая частота, явно соответствующая тому, что вам кажется правильным, а остальные мнимые частоты небольшие, попробуйте поиск ПС из этой точки. Можно также окрестные точки на этом скате глянуть. Иногда также предыдущую "оптимизированную" точку скана можно взять. Если мнимых частот много разных, и нужная не первая, то играть follow можно, но у меня обычно не получалось так ничего найти. Переходил к другим методам тогда.
2. Оптимизировать то, к чему пришёл скан (или даже не оптимизировать) и попробовать пойти назад по той же (или другой, смотря по геометрии) координате. Или же пустить скан с начала, но по другой координате (иногда имело смысл). Зачастую при запуске скана, где был срыв, в обратную сторону получается чёткий максимум с удобными для поиска ПС частотами.
3. Варианты со сканом сразу по 2 и более координатам срабатывают редко: слишком велика вероятность, что когда по одной координате вы будете близко к ПС, по другой будете далеко, и вроде бы и кривая скана выйдет хорошая, но даже частоты в максимуме будут так себе. Но иногда может повезти.
Благодарю за советы, да, срывы я наблюдал, из них получалось вытащить ПС, но в моем случае (я прикрепил аутпут файл), там именно перегиб наблюдаютется.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Вт янв 19, 2021 10:26 am

Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Это невозможно по определению. Ни одна мультиплетность выше 1 не может считаться как restricted, максимум restricted open shell.
Я правильно понимаю, что unrestricted считается, когда добавляем u к названию функционала? А вот насчет open shell- знаю, как это прописать.Или если мультиплетность выше 1, а "u" не прописана, то он автоматически считает open-shell?
Еще пробовал запускать с командой Stable=opt, он просто обращается к chk файлу и без ошибок завершает расчет за секунду. Это или какая-то проверка просто chk файла на наличие нестабильностей или я чего-то не так делаю...
# opt u(без "u" тоже пробовал)b3lyp/6-311g(d,p) scf=xqc stable=opt guess=mix, также понижение базиса и увеличение памяти не изменило ситуацию
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Аутпут. Ну да, чем ближе тем хуже. Очевидно в этой мультиплетности атака кислорода вообще невыгодна.
Основных вариантов несколько:
- атакует синглетный кислород
- на координате реакции имеется спинфлип
- мультиплетность на единицу ниже за счет димера меди.
Синглетный же кислород - возбужденное состояние, основной в триплетном находится. Или допускаете, что начинается реакция именно с атаки какой-нибудь синглетной молекулы кислорода?
Можно ли при скане спинфлип смотреть (имею ввиду прописать команды)? Это я так понимаю, что когда частицы сближаются, чтобы понизить общую энергию и спариться, электрон меняет направление спина? Хотя у пирена нет неспаренных электронов, зачем спин кислороду изменять?
Мне все-таки не хотелось бы делать димер, все-таки это усложнит в 2 раза систему, хочется добиться истины на мономерном кимплексе)
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Оптимизируйте дублет медь-пирен-О-О* (он то должен иметь ковалентный минимум), начиная с геометрии 28 на вашем выложенном скане (раастояние C-O полтора ангстрема), и сделайте скан на разрыв этой связи в мультиплености 2.
Вы имеете ввиду именно систему с одним радикальным центром? Не совсем понял, как именно монорадикал образуоваться может, это если только например сам пирен будет пиренилом(радикалом), который атакуется кислородом и как раз концом одним кислород садится и свободный атом радикальным центром остается, попробую так запустить.
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Если мне ночью будет очень не лень я поиграю с вашей системой ночью, а может и не поиграю, ничего не обещаю.Для меня это прокрастинация от основной работы.
Буду очень благодарен, если Вы все-таки сможете "поиграть" с этой системой.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Вт янв 19, 2021 12:26 pm

Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Оптимизируйте дублет медь-пирен-О-О* (он то должен иметь ковалентный минимум), начиная с геометрии 28 на вашем выложенном скане (раастояние C-O полтора ангстрема), и сделайте скан на разрыв этой связи в мультиплености 2.
Оптимизация подобной системы закончилась отстыковкой кислорода. Прилагаю out файл, возможно я где-то не ошибся, но мультиплетность поставил 2, взял именно 28 геометрию, прописал restrict=0, PBE 6-311G(d,p) :dontknow:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12139
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Гесс » Вт янв 19, 2021 2:10 pm

Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:26 am
Я правильно понимаю, что unrestricted считается, когда добавляем u к названию функционала? А вот насчет open shell- знаю, как это прописать.Или если мультиплетность выше 1, а "u" не прописана, то он автоматически считает open-shell?
Да, при мультиплетности выше 1 unrestricted включается автоматически.
При мультиплетности 1 дефолт resticted, чтобы включить unrestricted добавляем U
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:26 am
Еще пробовал запускать с командой Stable=opt, он просто обращается к chk файлу и без ошибок завершает расчет за секунду. Это или какая-то проверка просто chk файла на наличие нестабильностей или я чего-то не так делаю...
Stable работает на синглпоинте. Он не комбинируется с оптимизацией.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:26 am
Можно ли при скане спинфлип смотреть (имею ввиду прописать команды)? Это я так понимаю, что когда частицы сближаются, чтобы понизить общую энергию и спариться, электрон меняет направление спина? Хотя у пирена нет неспаренных электронов, зачем спин кислороду изменять?
Мне все-таки не хотелось бы делать димер, все-таки это усложнит в 2 раза систему, хочется добиться истины на мономерном кимплексе)
Спинфлип виден из пересечения графиков двух сканов сделанных в разной мультиплетности.
Где то в этой истории спин однозначно меняется, на пути от стартового триплетного кислорода с синглетным пиреном к конечному наверняка синглетному пероксиду/диоксетану. Вопрос в том где.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:26 am
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Оптимизируйте дублет медь-пирен-О-О* (он то должен иметь ковалентный минимум), начиная с геометрии 28 на вашем выложенном скане (раастояние C-O полтора ангстрема), и сделайте скан на разрыв этой связи в мультиплености 2.
Вы имеете ввиду именно систему с одним радикальным центром? Не совсем понял, как именно монорадикал образуоваться может, это если только например сам пирен будет пиренилом(радикалом), который атакуется кислородом и как раз концом одним кислород садится и свободный атом радикальным центром остается, попробую так запустить.
если у вас одинокая медь то она уже носитель радикала. поэтому система медь+пирен+кислород должна иметь 1 или 3 неспаренных элетрона.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 12:26 pm
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Оптимизируйте дублет медь-пирен-О-О* (он то должен иметь ковалентный минимум), начиная с геометрии 28 на вашем выложенном скане (раастояние C-O полтора ангстрема), и сделайте скан на разрыв этой связи в мультиплености 2.
Оптимизация подобной системы закончилась отстыковкой кислорода. Прилагаю out файл, возможно я где-то не ошибся, но мультиплетность поставил 2, взял именно 28 геометрию, прописал restrict=0, PBE 6-311G(d,p) :dontknow:
Неожиданно для меня. Система решила пожертвовать синглетным кислородом лишь бы не давать связь.
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:26 am
Буду очень благодарен, если Вы все-таки сможете "поиграть" с этой системой.
Еще нет, но таки надо будет.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Поиск TS и IRC в PRIRODA с медным комплексом в качестве катализатора

Сообщение Nikolya_Rodionov » Вт янв 19, 2021 4:16 pm

Гесс писал(а):
Вт янв 19, 2021 2:10 pm
Nikolya_Rodionov писал(а):
Вт янв 19, 2021 10:26 am
Можно ли при скане спинфлип смотреть (имею ввиду прописать команды)? Это я так понимаю, что когда частицы сближаются, чтобы понизить общую энергию и спариться, электрон меняет направление спина? Хотя у пирена нет неспаренных электронов, зачем спин кислороду изменять?
Мне все-таки не хотелось бы делать димер, все-таки это усложнит в 2 раза систему, хочется добиться истины на мономерном кимплексе)
Спинфлип виден из пересечения графиков двух сканов сделанных в разной мультиплетности.
Где то в этой истории спин однозначно меняется, на пути от стартового триплетного кислорода с синглетным пиреном к конечному наверняка синглетному пероксиду/диоксетану. Вопрос в том где.
Хорошо, это значит надо из двух одинаковых геометрий стартануть с разными мультиплетностями, затем наложить их относительные значения электронной энергии из двух сканов и там будет что-то вроде: при большом расстоянии кривая с триплетным кислородом ниже, а затем в момент пересечения синглетная кривая становится ниже и значит в этом месте наблюдается спинфлип?
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
если у вас одинокая медь то она уже носитель радикала. поэтому система медь+пирен+кислород должна иметь 1 или 3 неспаренных элетрона.
Да, это я понимаю, имею ввиду без меди у нас 1 электрон может быть если только атакует радикал кислорода или же сам пирен является радикалом уже(пиренилом)
Гесс писал(а):
Вс янв 17, 2021 6:35 pm
Неожиданно для меня. Система решила пожертвовать синглетным кислородом лишь бы не давать связь.
Вот и я о том же...
Решил еще на всякий случай прикрепить аут файлы с переходным состоянием, которое я без скана находил(одни из), где кислород садится за одну стадию(реагенты-подъем-ПС-спуск-продукты) с образованием C-O-O-C фрагмента (и IRC логи). Почему при скане не видно таких структур-непонятно...сейчас решил поближе еще просканировать систему, может быть ближе к углероду появится этот максимум, ответственный за "привязку" второго кислорода)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей