Поиск конформаций в GROMACS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение dmitriys » Пт июл 09, 2021 3:22 pm

Доброго времени суток!
Прошу совета как вы делаете расчет конформаций в GROMACS?
Есть PDB файл, начальная конфигурация.
Предполагается расчет в силовом поле AMBER.
Я не очень пока понимаю технологию.
Мануал пока читаю.
Буду благодарен за ответ.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение Гесс » Сб июл 10, 2021 2:08 pm

https://computational-chemistry.com/en/ ... h-gromacs/

впрочем поиск конформеров через МД может быть не особо эффективным. Первым ограничением которое приходит в голову является неспособность выбраться из определенного региона. С этим можно бороться симуляцией отжига (simulated annealing) или метадинамикой, но в общем случае я бы смотрел сначала на программы поиска конформеров.
http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/
https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?t=50468

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение dmitriys » Сб июл 10, 2021 5:51 pm

Спасибо. Я в принципе так изначально и хотел. Только генератор конформаций через openbabel и оптимизация через DFT в MRCC. Но там медленно считает. Поэтому мне сейчас нужен софт для DFT расчета быстрый и с учётом растворителя в PCM. Подскажете?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение Гесс » Сб июл 10, 2021 9:24 pm

По быстрому дфт ответил в той теме.
Mrcc каллая?
Как то мне становится страшно. Система которая требует и влезет в мультирефкаплдкластер 1) очень маленькая и вряд ли там то изобилие конформеров которые надо искать молдинамикой. 2) это вряд ли чистая органика, скорее какой то элементорганический ужастик даже если его геометрия нормально описывается дфт (что бабушка надвое сказала, в хрустальном шаре невидно), вряд ли нормально описывается силовыми полями. Позже разовью мысль

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение Гесс » Сб июл 10, 2021 10:47 pm

Конформации (хотя это правильнее называть изомерами) малых систем в которых возможна какая то неожиданная координация (неописываемая силовыми полями) можно попробовать с помощью coalescense kick, но тут сразу предоптимизации делать как минимум на дфт (или пробовать мультирефполуэмпирику но это экзотика).
Дальше - как то очень неожиданно прыжок с "быстрого дфт" на убердорогой мультирефкаплдкластер. Если вы хотите мультиреф то стоит начать с CASSCF с перспективами перехода на CASPT2/NEVPT2. Это Firefly или Orca.
Если каплдкластер - то я бы начал с DLPNO-CCSD с перспективами развития DLPNO-CCSD(T), DLPNO-CCSD(T1) (орка), параллельно смотреть T2 диагностику (максимальные амплитуды) на предмет необходимости мультирефа. Если канонический CCSD то быстрее всего из бесплатного это специализированный под это CFOUR, опять же природа, опять орка и прародитель cfour - aces-II и aces-III.
Ну и наконец если мультиреференсный каплдкластер это действительно неизбежность то да, или MRCC каллая или опять же орка, там есть даже dlpno-mr-ccsd разработки джири питнера, но это настолько дорогое удовольствие что... мне сложно представить подходящую задачу накрывающую весь диапазон.

chemigor
Сообщения: 704
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение chemigor » Вт июл 13, 2021 12:22 am

dmitriys писал(а):
Сб июл 10, 2021 5:51 pm
Спасибо. Я в принципе так изначально и хотел. Только генератор конформаций через openbabel
а можно сильный офф, а может вместо бабеля нашу базу конформеров попользуете, вдруг у нас среди 1.7 миллиарда конформеров найдется и то, что Вам надо? У нас они правда пока только мол-мехом проверены, и я сам еще знаю некоторое количество несуразностей, но эти несуразности быстро устраняются и уже редко встречаются.

База лежит по адресу https://www.elegant-nmr.com/mdb.html?m или идентичная русская версия по адресу https://www.elegant-nmr.com/rmdb.html?rm Результат поиска и выбора конформера можно в мол файл сохранять.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение amge » Вт июл 13, 2021 11:20 am

dmitriys писал(а):
Сб июл 10, 2021 5:51 pm
генератор конформаций через openbabel
Не рекомендую. Масса недостатков. Не делает полной оптимизации, не ищет конформации в циклах и по Х-Н (последнее весьма существенно для систем с водородными связями).
Мне лично нравится scan из Tinker'а, но там замаешься, пока подходящий инпут сделаешь.
Еще понравился crest от Grimme (это молдинамика). У него большое преимущество - в качестве инпута достаточно тривиального xyz.

samosvat@yandex.ru
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Вс дек 02, 2018 11:15 am

Re: Поиск конформаций в GROMACS

Сообщение samosvat@yandex.ru » Сб июл 17, 2021 9:06 pm

Спасибо большое.
А Tinker умеет делать растворитель?
Среду с диэлектрической проницаемостью?
Посмотрел мельком -- вроде можно.
Кто так делал?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 12 гостей