Печать МО в файлах Gamess на ортогональной сетке

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Печать МО в файлах Gamess на ортогональной сетке

Сообщение Vit Nhoc » Ср янв 26, 2022 12:06 pm

Я делаю в своей программе Chemcraft визуализацию орбиталей, содержащих H функции. Чтобы убедиться, что у меня нет ошибок, мне нужно сравнивать результаты с тем, что выдают другие программы. Для этого я получаю в других программах кубы с молекулярными орбиталями. В Gaussian для этого есть cubegen.exe, а в Gamess вроде можно задать во входном файле печать куба МО. Я запустил такой файл:

$SCF DIRSCF=.T. DIIS=.T. DAMP=.T. SHIFT=.T. $END
$CONTRL SCFTYP=RHF $END
$ELDENS IEDEN=1 MORB=178 WHERE=GRID $END
$DATA
Ar
C1
ARGON 18.0 0.000000 0.000000 0.000000
S 15
1 7401000.000000000000 0.000001751303
2 1108000.000000000000 0.000013620069
3 252100.000000000000 0.000071682901
4 71380.000000000000 0.000303253932
5 23260.000000000000 0.001106898070
6 8390.000000000000 0.003609387689
7 3271.000000000000 0.010721223320
8 1357.000000000000 0.029128961550
9 592.000000000000 0.071716913420
10 269.100000000000 0.154273139400
11 126.500000000000 0.270689642500
12 61.030000000000 0.335311427900
13 29.860000000000 0.224802799800
14 14.170000000000 0.049799512830
15 7.022000000000 -0.001364308914
S 11
1 8390.000000000000 -0.000003446699
2 3271.000000000000 -0.000030289029
3 1357.000000000000 -0.000224497907
4 592.000000000000 -0.001284191450
5 269.100000000000 -0.006295838548
6 126.500000000000 -0.024492517390
7 61.030000000000 -0.070583529370
8 29.860000000000 -0.097997923560
9 14.170000000000 0.081035319000
10 7.022000000000 0.480286423900
11 3.511000000000 0.559037889600
S 8
1 1357.000000000000 -0.000024503528
2 269.100000000000 -0.000208599844
3 126.500000000000 0.000291552275
4 61.030000000000 0.001361438489
5 29.860000000000 0.009807351408
6 14.170000000000 -0.009004570772
7 7.022000000000 -0.174354326900
8 3.511000000000 -0.836730611200
S 1
1 1.758000000000 1.000000000000
S 1
1 0.784100000000 1.000000000000
S 1
1 0.348000000000 1.000000000000
S 1
1 0.149100000000 1.000000000000
S 1
1 0.053800000000 1.000000000000
P 8
1 2927.000000000000 0.000240706362
2 693.500000000000 0.002099309063
3 224.700000000000 0.011448589440
4 85.170000000000 0.045486923700
5 35.530000000000 0.135257487800
6 15.730000000000 0.286112515500
7 7.165000000000 0.402213608500
8 3.322000000000 0.298206934000
P 6
1 224.700000000000 -0.001075434593
2 85.170000000000 -0.008805616342
3 35.530000000000 -0.071881834540
4 15.730000000000 -0.240685345100
5 7.165000000000 -0.649590167000
6 3.322000000000 -0.119463914900
P 1
1 1.478000000000 1.000000000000
P 1
1 0.655200000000 1.000000000000
P 1
1 0.275100000000 1.000000000000
P 1
1 0.109700000000 1.000000000000
P 1
1 0.040200000000 1.000000000000
D 1
1 4.776000000000 1.000000000000
D 1
1 1.917000000000 1.000000000000
D 1
1 0.770000000000 1.000000000000
D 1
1 0.309000000000 1.000000000000
D 1
1 0.121000000000 1.000000000000
F 1
1 1.668000000000 1.000000000000
F 1
1 0.825000000000 1.000000000000
F 1
1 0.408000000000 1.000000000000
F 1
1 0.209000000000 1.000000000000
G 1
1 1.562000000000 1.000000000000
G 1
1 0.665000000000 1.000000000000
G 1
1 0.334000000000 1.000000000000
H 1
1 1.264000000000 1.000000000000
H 1
1 0.742000000000 1.000000000000

$END
$GRID
! 0.2 A is the spacing between grid points
! X,Y,Z-VEC define cube vectors; zeros are default (YVEC(2)=1 means 0,1,0),
! so normal orthogonal grid is chosen.
MODGRD=0 SIZE=0.1
ORIGIN(1)=-1,-1,-1
XVEC(1)=1,0,0
YVEC(1)=0,1,0
ZVEC(1)=0,0,1
$END

В выходном файле и в .dat файле действительно напечался куб, но проблема в том, что на неортогональных координатах, т.е. например у первого шага y и z ненулевые. Фрагмент .dat файла:

GAMESS CUBE FORMAT: DENSITY OF ORBITAL 178
OUTER LOOP: X, MIDDLE LOOP: Y, INNER LOOP: Z
1 -1.889726 -1.889726 -1.889726
25 0.154295 0.077148 0.077148
14 -0.093044 0.162826 0.023261
13 -0.056977 -0.056977 0.170932
18 18.000000 0.000000 0.000000 0.000000
6.49388E-05 5.90359E-05 5.02378E-05 4.08576E-05 3.18681E-05 2.34829E-05
1.57969E-05 9.17198E-06 4.20357E-06 1.29078E-06 1.75656E-07 6.48242E-10
3.68330E-10 6.93859E-05 5.89941E-05 4.79805E-05 3.81896E-05 2.98706E-05
2.25678E-05 1.58508E-05 9.75478E-06 4.81831E-06 1.64729E-06 2.80284E-07
6.85285E-09 1.47672E-09 6.66854E-05 5.34508E-05 4.16772E-05 3.24745E-05

Как я понимаю, Gamess успел немного повращать молекулу и куб стал неортогональным.
Я пробовал ещё указывать не WHERE=GRID а WHERE=PDC, для электростатического потенциала эта опция действительно приводит к печати куба (с ортогональными координатами), но для электронной плотности куб не печатается (выдаётся ошибка).
Подскажите как получить нормальный куб с электронной плотностью заданной орбитали.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей