Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
-
- Сообщения: 5
- Зарегистрирован: Сб апр 09, 2022 4:34 pm
Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Как из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида для моделирования? Программно, надо много различных случайных молекул. Например из 'MLIHQYDHATA' в декартовы координаты атомов. Смотрю в Open Babel вижу фигу.
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Здравствуйте!
Насколько я знаю, это можно сделать в программе avogadro.
Кроме того, есть разные конфигурации с разными углами, их тоже можно настроить там-же.
Насколько я знаю, это можно сделать в программе avogadro.
Кроме того, есть разные конфигурации с разными углами, их тоже можно настроить там-же.
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Вы про вторичную и далее структуры белка? Ну на базовом уровне "никак", возможно у биомоделистов есть какие то приблуды, но у нас "биомоделистов" не так много.
Авогадро и прочие визуализаторы малых молекул для полноценных белков не помогут.
Если же речь о генерации большого количества конформеров для малых пептидов - то тут можно играть прогами поиска конформеров. Хороший обзор у amge http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/ (c перекрестной ссылкой обратно на этот форум https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?t=50468, особенно читать последние пару экранов на http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/conformers/). Из коммерческого софта - на одном предельно известном торренте в наличие MOE, очень мощная программа на мой взгляд.
Авогадро и прочие визуализаторы малых молекул для полноценных белков не помогут.
Если же речь о генерации большого количества конформеров для малых пептидов - то тут можно играть прогами поиска конформеров. Хороший обзор у amge http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/ (c перекрестной ссылкой обратно на этот форум https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?t=50468, особенно читать последние пару экранов на http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/conformers/). Из коммерческого софта - на одном предельно известном торренте в наличие MOE, очень мощная программа на мой взгляд.
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Согласен с dmitriys, не очень длинную последовательность легко сделать и сохранить xyz в avogadro. Затем можно включить оптимизацию и потягать какие-нибудь атомы/фрагменты, дожидаясь, пока энергия/градиент не станут приемлемыми. Там это сделано интерактивно и очень наглядно. Когда станут - прерывать оптимизацию и сохранять понравившиеся структуры.
Если последовательность не сама по себе, а часть большого белка, то терминировать ее, мне кажется, лучше не COOH и NH2, как предлагает avogadro, а CONHMe и NHCOMe соответственно.
Вот только сильно много различных случайных молекул в avogadro не сделаешь - надоест. И традиционные систематические генераторы конформеров не очень помогут. Они хороши, когда возможен исчерпывающий поиск. Но уже в трипептиде MLI слишком много вращабельных связей. Думаю, что здесь нужна MD (amber, gromacs, tinker, etc.). Но я, например, в этих плохо разбираюсь, поэтому попробовал бы метадинамику crest, но не с полуэмпирикой, а с ММ (-gfnff). Мне шибко нравится, что ему не нужны развесистые инпуты, на вход достаточно только координат (например, в xyz-формате). Если потянет и не упадет, то будет много разнообразных хороших структур.
Если последовательность не сама по себе, а часть большого белка, то терминировать ее, мне кажется, лучше не COOH и NH2, как предлагает avogadro, а CONHMe и NHCOMe соответственно.
Вот только сильно много различных случайных молекул в avogadro не сделаешь - надоест. И традиционные систематические генераторы конформеров не очень помогут. Они хороши, когда возможен исчерпывающий поиск. Но уже в трипептиде MLI слишком много вращабельных связей. Думаю, что здесь нужна MD (amber, gromacs, tinker, etc.). Но я, например, в этих плохо разбираюсь, поэтому попробовал бы метадинамику crest, но не с полуэмпирикой, а с ММ (-gfnff). Мне шибко нравится, что ему не нужны развесистые инпуты, на вход достаточно только координат (например, в xyz-формате). Если потянет и не упадет, то будет много разнообразных хороших структур.
-
- Сообщения: 5
- Зарегистрирован: Сб апр 09, 2022 4:34 pm
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Мне нужна какая-нибудь начальная, не дикая геометрия. Потом я сам её гонять буду. Собирался с помощью OpenBabel сделать. Но он, насколько помню, умеет из SMILES оптимизизировать. Как из последовательности аминокислот получить SMILES не понимаю. Вроде просто, а SMILES c ходу освоить не получается. Посмотрю программы поиска конформеров, какие рекомендовали. Avogadro у меня не работает толком, вообще нет нужных пунктов в меню. Надо будет виндовую версию попробовать.
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Например, через веб-интерфейс PepSMI можно.alexandr_r@gmail.com писал(а): ↑Вс апр 10, 2022 12:22 pmКак из последовательности аминокислот получить SMILES не понимаю.
-
- Сообщения: 5
- Зарегистрирован: Сб апр 09, 2022 4:34 pm
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Смайлсы даже правильной хиральности не имеют, ЕМНИП.
Мы сейчас речь ведем о дипептиде/трипептиде, или о настоящем белке на десятки и сотни аминокислотных остатков, с хеликсами, вторичной структурой и серными мостиками?
Мы сейчас речь ведем о дипептиде/трипептиде, или о настоящем белке на десятки и сотни аминокислотных остатков, с хеликсами, вторичной структурой и серными мостиками?
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Вон чё! А я из первого поста понял, что нужно много структур (конформеров) из одной (или ограниченного количества) последовательностей.
Т.е. нужно решение для скрипта.
Авогадро, насколько я знаю, на основе бабеля. Раз он может строить последовательности, то и бабель, думаю, тоже. Авогадро, понятно, пользуется не самой программой obabel, а его API, которое имеет больше возможностей. Поэтому можно посмотреть API. Если там есть нужное, то написать небольшую программку.
Сейчас глянул, оказывается, MarvinSketch умеет зачитывать последовательности. Значит, molconvert (консольная утилита в его составе) тоже может. Вообще, molconvert отличная штука, но, к сожалению, для нее нужна лицензия.
Что-то такое про RDKit слышал. Но тоже нужно немного программировать на питоне.
-
- Сообщения: 1157
- Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am
-
- Сообщения: 5
- Зарегистрирован: Сб апр 09, 2022 4:34 pm
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Спасибо всем, принявшим участие. Допиливаю свой велосипед на питоне. Без дисульфидных мостиков, циклов и прочей прелести. Просто линейная цепочка. Хиральность у меня всё равно при последующем моделировании ранцемизируется, так я думаю. На следующем этапе, наверное хиральность надо будет явно делать.
Возникает ещё вопрос: как программно по декартовым координатам атомов определить левый или правый изомер?
Возникает ещё вопрос: как программно по декартовым координатам атомов определить левый или правый изомер?
Re: Из аминокислотной последовательности получить начальную геометрию молекулы белка/пептида
Левый или правый - фиг знает, а R или S - можно бабелем:alexandr_r@gmail.com писал(а): ↑Чт апр 14, 2022 2:29 pmВозникает ещё вопрос: как программно по декартовым координатам атомов определить левый или правый изомер?
Код: Выделить всё
> obabel R-Ala.xyz S-Ala.xyz -o smi -
C[C@@H](N)C(=O)O R-Ala.xyz
C[C@H](N)C(=O)O S-Ala.xyz
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 22 гостя