Поиск конформеров большой молекулы

[dmitriys]

Здравствуйте, уважаемые участники!
Необходимо за разумное время (до 4-5 мес) найти большинство конформеров молекулы белка, состоящего из 33 аминокислот. Молекула довольно жесткая, с дисульфидными мостиками, что несколько упрощает задачу. Попробовал tinker. Программа работает, выдает по 35 конформеров в сутки. Это очень медленно! 100 тыс она будет искать за >2000 дней. Есть ли другие варианты? Возможен ли поиск конформеров на GPU? Будет ли быстрее работать crest?

[madschumacher]

Будет ли быстрее работать crest?

Ну работать то он будет, вопрос в том как. Для такого размера молекулы можно попробовать запустить тот же CREST с GFN-FF. Авось что выйдёт?

[Ahha]

Необходимо за разумное время (до 4-5 мес) найти большинство конформеров молекулы белка, состоящего из 33 аминокислот.

С какой целью интересуетесь? Просто, учитывая некоторые ваши предыдущие посты на форуме, я не могу исключить, что это ваше желание как-то завязано на докинг, хотя пари держать, разумеется, не стану.

Надеюсь, речь ведь не идет о поиске трехмерной структуры белка, исходя из аминокислотной последовательности? Скорее всего (очень надеюсь!!!), только о конформациях боковых остатков? Вы пробовали autodock vina? Она умеет flexible docking.

[ximi]

Программа работает, выдает по 35 конформеров в сутки. Это очень медленно! 100 тыс она будет искать за >2000 дней. Есть ли другие варианты?

Ваша задача очень ресурсоемкая. Фактически для нее нужен суперкомпьютер.
Бигфарма для подобных задач как раз и имеют суперкомпы в собственности или арендуют.

Тут нужно или покупать очень мощный комп с десятками ядер уровня AMD Ryzen 9 3950X или круче из серверного EPYC 9354P и пр.
Или подключать GPU если прога может. И ставить мощный GPU 4070Ti или круче.

По любому подобные игрушки будут от 200 тыс.р в сборе.

Еще как вариант это аренда облаков типа AWS.

Покупаете хостинг .... устанавливаете что нужно на сервак.
Настраиваете количество ОЗУ ... размер SSD и самое главное количество количество процессоров или ядер.
Вам высветит тариф ..и сами решите нужно оно вам или нет.

Можно хоть 100 ядер подключить ....и расчет сделать за неделю.
Просто эта неделя вам будет стоить 15-20 тыс. руб.

Конфигурация на 64 ядра + 16 Гб ОЗУ + 10 Гб SSD будет стоить 50-60 тыс в мес. примерно.

Нужно оно вам или нет решайте сами.
Если задача редкая то выгодно.
Ежели часто считаете ... то выгоднее купить крутой комп.

[ximi]

Программа работает, выдает по 35 конформеров в сутки.

Какой у вас проц ?

[amge]

Будет ли быстрее работать crest?

Ну работать то он будет, вопрос в том как. Для такого размера молекулы можно попробовать запустить тот же CREST с GFN-FF. Авось что выйдёт?

Не, безнадежно. Для молекул такого размера он малопригоден, даже с GFN-FF. У меня 185-атомную молекулу считал сутки на 16 ядрах AMD Ryzen 9 5950X, а без опции -nocross вообще вылетал.

[dmitriys]

Здравствуйте!
Спасибо всем за ответы.
Да, я считаю на кластере.
Одна нода 96 потоков

[dmitriys]

Я сделал фолдинг белка в alphafold2, теперь мне надо найти возможные конформации

[dmitriys]

Мне даже 100 ядер не помогают. Нужен другой софт вероятнее всего

[dmitriys]

Сутки это не так плохо. У меня 500 с лишним атомов

[amge]

Мне даже 100 ядер не помогают. Нужен другой софт вероятнее всего

А почему не сделать так: запустить достаточно длинную MD при повышенной температуре, затем повыдергивать оттуда сколько надо фреймов и оптимизировать их MM. Будут конформеры.

Для ориентировки: амбер на 16 ядрах AMD Ryzen 9 5950X считает в 15 раз медленнее, чем на видюхе A100