Tinker

[Vsevolod]

Решил попробовать поработать с этой программой.

И сразу же возникла проблема. Может кто сталкивался. Программа читает файлы в pdb но для расчетов переводит их в картезиан. И потом уже работает только с картезиан.

Так вот файл в pdb прочиталься. Но вот с переводом в картезиан какие то проблемы. Файл с координатами создается но работать с ним нельзя. Программа эго просто не воспринимает нормально.

Может конечно мало мануал читал.

[Marxist]

Из общих соображений: а Вы уверены, что у Вас правильный пдб? Возможно, некие синтаксические отклонения приводят к некорректной обработке. Попробуйте бабелем конвертировать.

[Vsevolod]

Из общих соображений: а Вы уверены, что у Вас правильный пдб? Возможно, некие синтаксические отклонения приводят к некорректной обработке. Попробуйте бабелем конвертировать.

Конечно все может быть. Но openbabel и swiss уже опробованы.

[ИСН]

Пдб? А что там такого, чего нельзя прочитать просто так... руками?

[N_A_B]

Ручками- надоест читать сотни атомов.
Тоже сталкивался с такой проблемой.
А что в лог-файле пишется при конвертировании и при попытке использовать созданный XYZ-фвйл?

[Vsevolod]

Ручками- надоест читать сотни атомов.
Тоже сталкивался с такой проблемой.
А что в лог-файле пишется при конвертировании и при попытке использовать созданный XYZ-фвйл?

А ничего кроме названия программы в рамочке. При попытке использовать не пишется ничего так как файл тупо не воспринимается. Даже изображение молекулы не выдается.

[Vsevolod]

Пдб? А что там такого, чего нельзя прочитать просто так... руками?

Да их там таки 176 (атомов).

[N_A_B]

Если можно- в обменник залейте исходный пдб-файл и готовый XYZ.
Посмотрим.
И- какая версия Тинкера у Вас?

[Vsevolod]

Version 4.2. Дело в том что работаю я в винде. А для нее это по моему последняя версия.

Файлы прикреплены.

[ИСН]

Докатились. Какая-то сотня атомов в plain text - и уже нужны конвертеры! логи! хреноги! боже ж ты мой!
Ближе к делу. (Ну, покрутил я этот дибензокраун с хвостами, посмотрел на него. Big deal.) Очевидно, конвертер при прогоне pdb-файла зарезает двухбуквенный атомный символ (было SI - а остаётся I). Кто из них неправ (конвертер или файл), т.е. кто отходит от стандарта, мне сейчас проверять лень.
Hope this helps.

[Marxist]

Очевидно, конвертер при прогоне pdb-файла зарезает двухбуквенный атомный символ (было SI - а остаётся I). Кто из них неправ (конвертер или файл), т.е. кто отходит от стандарта, мне сейчас проверять лень.

Файл неправ. Свисс-пдбвьювером лучше не пользуйтесь. Вот так его сохраняет VMD (лень целиком вставлять). У Вас кремний смещён на один символ.

Код: Выделить всё

ATOM     12  C   SIL A   1      15.957 -16.001 -14.428  1.00 99.99            
ATOM     13  C   SIL A   1      15.531 -15.487 -15.809  1.00 99.99            
ATOM     14  SI  SIL A   1      16.576 -16.146 -17.232  1.00 99.99            
ATOM     15  O   SIL A   1      18.246 -15.556 -17.147  1.00 99.99            
ATOM     16  O   SIL A   1      16.550 -17.918 -17.188  1.00 99.99            

[Ahha]

Не знаю, как человек добился такого успеха, но с pdb файлом у него действительно что-то не то. Прилагаю ПОЧТИ правильный tinker файл его структуры. Там надо только поставить правильные типы для кремния и, может, еще для чего-нибудь.

Удачи!

[N_A_B]

Уважаемый Ahha. Расскажите, пожалуйста- как вы это делали?
А данный файл- да..Тинкер не может корректно "раскидать" атомы по типам- потому в этом столбце одни ноли. Вот и основной косяк.

[Vsevolod]

Не знаю, как человек добился такого успеха, но с pdb файлом у него действительно что-то не то. Прилагаю ПОЧТИ правильный tinker файл его структуры. Там надо только поставить правильные типы для кремния и, может, еще для чего-нибудь.

Удачи!

Спасибо. Вам и всем участвующим. Честно говоря у меня было подозрение что сплошная колонка ноликов это что не то.

Но просветите с помощью чего вы смогли приписать атомам типы.

[Ahha]

Должен извиниться за свое скоропалительное заявление:

Я пользовался SPDBV и никогда у меня такого не было, чтобы файл, им созданный, не открывался потом Молденом, а этот - не открывается.

Действительно, файлы, созданные SPDBV, непосредственно молденом не открываются (почему? не знаю, есть одна идея, но проверять, если честно, именно сейчас - лень). Давно дело было, я уже успел забыть, что перед этим открывал их HyperChem'ом и потом пересохранял из него. После этого они действительно открывались молденом.

[Vsevolod]

Спасибо. +

[N_A_B]

День добрый.
Глянул полученный XYZ_файл....
А в каком он силовом поле?
В строке обработки для бабеля этого нет..только входной-выходной форматы.
В ПДБ файле- этого тем более нет, там лишь координаты атомов.
А Тинкер бесполезен, так как все атомы помечены как гетероатомы.

[Ahha]

День добрый.
Глянул полученный XYZ_файл....
А в каком он силовом поле?

Не считая косяков с кремнием, типы атомов соответствуют MM3 или ММ2. Можно ли бабелью сгенерировать файл под другое поле - не знаю, не интересовался, но, думаю, что нельзя. Если нужно данный файл "перегнать", например, под oplsaa, должна помочь утилита xyzedit. Несколько муторно, но другого способа я так на вскидку не придумаю.

А Тинкер бесполезен, так как все атомы помечены как гетероатомы.

Не понял этой фразы...

[Vsevolod]

Это в babel 1.6? Если да то можно эго тут выложить.

[Ahha]

Это в babel 1.6? Если да то можно эго тут выложить.

В ней. Ищите на http://www.ccl.net/cca/software/UNIX/babel/index.shtml

Думается мне, что в той, которая опенбабелевская, тоже получится. Только output должен быть -otxyz