расчет параметров гидратации в Gaussiane

[Lolli]

Добрый день! Помогите как задать входной файл для оптимизации, например, неорганических комплексов металлов в рамках модели PCM в Gaussiane, чтобы по завершении SCF итерации выходила информация по поверхностной площади и эффективный объем диэлектрической полости, а также значения Total Electrostatic, Delta G(sоlv). Пробовала задавать #B3LYP/6-31G(d,p) Opt SCRF=(PCM, Read, Solvent=Water). Далее координаты по атомам, RADII=UAHF SURFACE=SAS. После расчета выдается не полная информация. Геометрия частиц оптимизирована B3LYP. Извиняюсь за дилетанский вопрос, я не специалиализируюсь в области квантовой химии. Пожалуйста, ПОМОГИТЕ!!!

[alxyppv]

Объем выдачи Гауссиана можно варьировать. М.б. Вам просто надо поставить в начале "#p" (это обеспечивает более полную информацию, чем просто "#")?

[Lolli]

alxyppv! Спасибо за подсказку. В выходной файл вошли харктеристики Cavity surface area и Cavity volume, но по-прежнему не все энергетические характеристики представлены, в частности Total Electrostatic, Delta G(sоlv). Помогите ещё раз. Заранее благодарю.

[alxyppv]

Честно говоря, эти немного странно. Мне казалось, что у меня он все выдавал - но я не делал оптимизацию, а только проводил расчет энергии в точке. М.б. размер выдачи зависит и от типа задачи? Если это так, то м.б. Вам имеет смысл попробовать взять геометрию после оптимизации и провести расчет энергии. А вообще, приложите выходной файл, а то немножко вслепую получается

[Lolli]

При одноточечном расчете в выходном файле по-прежнему не все энергетические характеристики представлены. Прикладываю отчет. Не понимаю в чем дело. Испробовала, кажется, уже все варианты.

[alxyppv]

Наверное, я понял в чем дело. Забыл Вам сказать, что для того, что Вы хотите, надо еще провести расчет в вакууме. В Гауссиане при расчете PCM есть возможность совместить два этих расчета автоматом (сначала в вакууме, а потом в среде). У меня сейчас под рукой нет мануала, поищите сами, а завтра - если не найдете - а выложу пример входного файла.

[Lolli]

Что понимается под "расчетом в вакууме". Сначала структура первично-гидратированного иона металла, например, [Y(H2O)7Cl]2+ была оптимизирована B3LYP, насколько я понимаю в газовой фазе, т.е. в вакууме, а затем помещена в континуум и оптимизирована с учетом влияния диэлектрической среды растворителя в рамках модели PCM. Признаюсь, что в файле "Help" к программе по тому как задать входной файл, чтобы автоматом считал в вакууме и среде растворителя не понятно. Буду очень признательна, если Вы в этом мне поможете.

[alxyppv]

Посмотрел в сети хелп к Гауссиану, вот что там написано (http://www.gaussian.com/g_ur/k_scrf.htm)

Код: Выделить всё

SCFVAC
Performs the gas phase calculation before that in solution. It allows for the calculation of ΔGsolvation, the variation of the dipole moment in solution and so on, but only by HF or DFT methods. NOSCFVAC is the default. The recommended radii for this calculation type are the United Atom Topological Model applied on radii optimized for the HF/6-31G(d) level of theory (specified with RADII=UAHF).

Но в Вашем случае ситуация, конечно, сложнее, ибо у Вас две энергии сольватации. Через ПСМ Вы считаете "внешнюю" солватацию, а с первичной гидратицией надо отдельно разбираться.

[helicase]

Тут, возможно, какое-то недоразумение. Ясно, что в данном случае речь идет об энергии сольватации аквакомплекса.
В Вашем отчете есть (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol)... Это и есть электростатическая составляющая полной энергии сольватации Delta G(solv), а Total non electrostatic (kcal/mol) соответственно ее неэлектростатический вклад, а их сумма есть полная энергия сольватации Delta G(solv). Убедиться в том, что это так, Вам поможет сопоставление Ваших и других расчетных величин для тестовых молекул. Расчетные данные с детализацией всех вкладов есть в ряде публикаций, описанных в мануале Гауссиана, например J. Chem. Phys. 107, 3210 (1997). Или Вы имели в виду что-то совсем другое?