Переходное состояние в растворе

[buraten]

Добрый вечер!
Пытаюсь сосчитать в гауссисане переходное состояние:
O -0.04306000 1.66628600 0.00681200
N -0.94905100 -0.54292100 -0.05071100
H 0.20886100 -1.16898000 -0.32660900
C -0.17883200 0.49560700 -0.10768600
O 1.14170400 -0.46528700 -0.52080200
C 2.27000700 -0.39754500 0.34984700
H 2.59918600 0.64229100 0.40389100
H 2.01863900 -0.75374200 1.35483300
H 3.06855400 -1.01016500 -0.07114400
C -2.38389600 -0.46096300 0.16463300
H -2.67507300 -1.13233100 0.97573200
H -2.68682000 0.55618900 0.42724600
H -2.92281700 -0.76340600 -0.73782000
в приближении b3Lyp/6-311++G(df,p). Модель учета растворителя - РСМ.
Получаю следующую ощибку:
United Atom Topological Model (UA0 parameters set).
UA0: Hydrogen 3 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.
Помогите пожалуйста советами как же ее все-таки посчитать.

[Darth Vasya]

Если не изменяет память, PCM(Read) и после геометрии через пустую строчку SpheresOnH=3. Но вообще я бы не стал использовать united-atom параметры, особенно - для ПС. Попробуйте PCM(Radii=UFF) или ещё какой-нибудь all-atom набор.

[ikamale]

а не могли бы привести пример строчек с Radii=UFF и SpheresOnH
у меня та же проблема в растворителе
интересует синтаксис
заранее благодарю

[EvgeniX]

Пример:

Код: Выделить всё

%nproc=4
%mem=2Gb
%rwf=/tmp/1,5Gb,/tmp/2,5Gb,/tmp/3,5Gb,/tmp/4,-1
%nosave
#p PBEPBE/6-311+G(2d,p) scrf=(CPCM,Read,Solvent=Toluene)

 HAlBui2 Toluene

0 1
   H   0.00503345  -3.63594460  -0.06166003
  Al   0.00234441  -2.02521062  -0.03869242
   C  -1.71011162  -1.14575660   0.45247850
   C   1.70697308  -1.12046027  -0.51137573
   C  -1.96375751   0.31823862   0.04201549
   C   1.96200430   0.32007113  -0.02516875
   H  -2.51931977  -1.78484297   0.04889937
   H  -1.80909157  -1.24971676   1.55131030
   H   2.52447772  -1.77689052  -0.15589568
   H   1.78728414  -1.16315460  -1.61578107
   C  -3.30033278   0.84070510   0.59135348
   C  -1.91349494   0.48081392  -1.48370063
   H  -1.16252422   0.94611794   0.47069627
   C   3.29354262   0.87338430  -0.55598092
   C   1.92447329   0.39955980   1.50765741
   H   1.15580082   0.96808064  -0.41206485
   H  -4.13953638   0.25133875   0.18942028
   H  -3.46690273   1.89386702   0.31741747
   H  -3.33547091   0.76626670   1.68782699
   H  -0.93927640   0.16855726  -1.89344335
   H  -2.07928467   1.52529478  -1.78567755
   H  -2.69102883  -0.13406980  -1.96457732
   H   4.13643646   0.26395661  -0.19373579
   H   3.46115184   1.91036272  -0.22670650
   H   3.31949210   0.85828811  -1.65514827
   H   2.10260558   1.42424190   1.86534786
   H   2.69883299  -0.24837422   1.94836450
   H   0.94967943   0.07527585   1.90682089

SCFVAC
RADII=UFF

Заместо RADII=UFF можно поставить SpheresOnH=num, где num - номер атома водорода, с которым проблемы.

PS: А вообще, расчёт ПС в растворителях - вещь сомнительная.

[YuraM]

Добрый день, а в чем проводиться оптимизация? Gaussian 03?
Если да, то надо еще к SCFVAC добавить внизу PCMDOC - чтобы выводились non-electrostatic terms - энергия дисперсионного вз-ия, образование полости в р-ле и отталкивание. Потом еще как-то надо включить градиенты по этим составляющим в оптимизацию, так как по умолчанию в SCF включается только электростатическая составляющая. + не известно как хорошо PCM в G03 описывает ППЭ - думаю что значительно хуже, чем обновленный алгоритм в G09. А нельзя ли найти переходное состояние в газовой фазе, потом сказать что в р-ре геометрия не сильно измениться и тогда рассчитать SP с PCMDOC, SCFVAC, RADII=UAHF, и наверное на уровне HF/6-31G* (для этого уровня была подогнана PCM)?

[ikamale]

считаю на кластере НИИФОХ ЮФУ в G03
b3lyp/6-31g(d,p)
в газовой фазе переходное нашел без проблем (qst3)

[ikamale]

вот та самая задача с ошибкой

[Yurii]

Это надо считать в g09: там много глюков, связанных с растворителем, исправлено.

[ikamale]

домашний комп такую систему не потянет

[Yurii]

домашний комп такую систему не потянет

Если он у вас такой древний, то у знакомых попросите, чтобы посчитали.

[EvgeniX]

домашний комп такую систему не потянет

Если он у вас такой древний, то у знакомых попросите, чтобы посчитали.

У меня вот древний кластер есть, и не хватает. Кого ещё попросить?

[YuraM]

в G09 - обновленный алгоритм и метод расчета электростатической части, наверное он бы помог найти переходное состояние. Но вопрос, надоли все это? Мне кажется разумным рассчитать продукты, реактанты и переходное состояние в газовой фазе. Потом рассчитать энергию Гиббса сольватации каждого из веществ путем SP расчета и дальше рассчитать термодинамику/кинетику, вполне стандартный подход, если конечно не ожидается сверхбольших изменений геометрии при переходе в жидкую фазу.

[Yurii]

У меня вот древний кластер есть, и не хватает. Кого ещё попросить?

А вы здесь при чем?

[EvgeniX]

У меня вот древний кластер есть, и не хватает. Кого ещё попросить?

А вы здесь при чем?

А причём здесь чьи-то знакомые?

[Yurii]

А причём здесь чьи-то знакомые?

Я про то, что не надо в адвокаты записываться: movietone. Если у вас есть лучший совет, то и дайте его, а не ёрничайте.

[Yurii]

домашний комп такую систему не потянет

В g09 есть полуэмпирика - pm6, который дает приличные результаты и g09 теперь поддерживает расчет полуэмпирики в растворителях. Думаю, что ваш комп потянет полуэмпирику. Удачи.

[Yurii]

Добрый вечер!
Пытаюсь сосчитать в гауссисане переходное состояние:
......................................
......................................
в приближении b3Lyp/6-311++G(df,p). Модель учета растворителя - РСМ.
Получаю следующую ощибку:...

...