Програмное обеспечение для КХ и КХ.ММ рассчетов

[N_A_B]

День добрый, граждане-товарищи.
У меня созрело несколько вопросов, если не трудно- подскажите:
1. Насколько PC GAMESS под линуксом производительнее, нежели виндовый?
2. Что такое cygwin? Как я понял- эмулятор Unix из-под винды? А если в нем запускать линуксовую версию Геймесса- какова производительность?
3. Кто либо сравнивал произвродительность Геймесса и Гауссиана- что быстрее считает?
4. NwChem- кто-либо пользовал сию прогу..как о ней отзовётесь?.
5.Пользуюсь ChemCraft для визуализации..мне нравится( хотя и пришлось 600 ру выложить, ну да ладно). Какие еще визуализаторы присоветовать можете?( До этого пользовал ViewMol3D, но он выдает не особо красивые картинки).
6. В Гаймессе есть AIM но для его активизации его нужно купить-кто либо делалал это, как это делается?
7. Есть ли удобная программа для создаия исходной геометрии?( Моя задача- моделирование частей белков методом Qm/MM - обычно атомов 700-800, когда воду добавляю- это сущее мучение).

Заранее спасибо.

[N_A_B]

К пункту 6. Не AIm( для AIM-использую AIM ALL) -а NBO.

[YuraM]

Привет!
Я не большой специалист в квантовой химии, но попытаюсь что-то сказать:
1. Я не знаю насколько, но под Линуксом все производительнее:) Точно - считать лучше под Линуксом.
2. Лучше не париться и поставить Линукс:)
3. Я считал только DFT. Гамесс быстрее - это факт. Но - под Гамессом нельзя считать частоты аналитически ! Это значит ,что если у тебя 80 атомов симметрии c1 - для расчета частот гамесс будет смещать каждый атом по x, y, z, -x,-y,-z и того - 6 SCF для каждого атома, 80*6=480!!! Гауссиан намного быстрее посчитает частоты. Так что выбирай сам:)
4. NWChem - не очень быстрая, но много DFT и пр. НО - очень хорошо параллелиться - и если бы ты считал на 100 ядрах - была бы очень быстрая! Все зависит от твоих возможностей и конкретной задачи. Синтаксис - что-то среднее между Гауссианом и Гамессом. Программа бесплатная, но надо что-то там писать авторам .
5. Мне нравиться ChemCraft. Попробуй Molden.. его плюс - то, что она Линуксовый, и можно результаты на кластерах прямо смотреть.
6. я тут вообще не специалист и мало понимаю для чего вообще эти заряды нужны.
7. А чем тебе ChemCraft не угодил? Построй чего-нибудь - прогони через полуэмпирику. Потом помести твою структуру в базу данных chemcraft.
8. Всего доброго с расчетами!

[Marxist]

7. Есть ли удобная программа для создаия исходной геометрии?( Моя задача- моделирование частей белков методом Qm/MM - обычно атомов 700-800, когда воду добавляю- это сущее мучение).

Исходной геометрии чего? QM/MM в Амбере, например, есть.

[VTur]

7. Есть ли удобная программа для создаия исходной геометрии?( Моя задача- моделирование частей белков методом Qm/MM - обычно атомов 700-800, когда воду добавляю- это сущее мучение).Заранее спасибо.

Рисовать такое нужна программа с библиотекой заместителей. Например, Гиперчем, Chem3D, GaussView, но они платные. Другие знаю плохо.

[N_A_B]

Исходной геометрии комплексов белок-лиганд с явным учетом растворителя(воды).
Исходные данные: декартовы координаты белка и лигандов( чаще всего без атомов водорода)-взято из PDB.
К белку атомы водорода я добавляю с помощью Tinker. К углеводу- спомощью HyperChem(тсссс..никто не слышал) .
Потом совмещаю в одном рассчете обе этих части и проверяю- адекватно ли добавлены водороды? Адекватность оцениваю по тому, что должно образовываться наибольшее колличество водородных связей+ стерические факторы( проще говоря- что бы атомы водородов были на 1 линии O-H...N или O-H...O и так далее).
Самая большая Ж.- с атомами воды: для них чаще всего рентгеностурктурный анализ дает только координаты атомов кислорода.
Приходится вручную добавлять по 2 атома водорода, хорошо хоть явную сольватацию я использую только для сайта связывания.
+ Естьеще одна нерешенная проблема у меня:
Есть исходная молекула в декартовых координатах. Хочу ее немного изменить- например изменить торсионный угол. Если бы это были внутренние координаты- то всё было бы элементарно, а как это сделать в декартовых? Похожая задача- когда хочу лиганд развренуть относительно белка.
Желательно- без особых извращений( читать- не слишком замудрено).

[VTur]

Желательно- без особых извращений( читать- не слишком замудрено).

Но Гиперчем есть? Им открыть файл геометрии можете?

[N_A_B]

Не понравилось мне Хипе ркемом
Он только подходит для работы с лигандами( они небольшие)
Когда пытаюсь белок им обработать- виснет. Намертво и регулярно.
Насчёт амбера- надо будет глянуть эту софтину...Сколько там атомов максимум можно моделировать?
в PC GAMESS- 1024.

[N_A_B]

Fees: Academic/non-profit/government: $400. Industrial (for-profit): $20,000 for new licensees, $15,000 for licensees of Amber 9. Porting and demonstration licenses are available; see the License Agreement for details.

Кхм..400 бачинских..недешево...

[Marxist]

Fees: Academic/non-profit/government: $400. Industrial (for-profit): $20,000 for new licensees, $15,000 for licensees of Amber 9. Porting and demonstration licenses are available; see the License Agreement for details.
Кхм..400 бачинских..недешево...

Вот я удивляюсь, неужели сложно ещё две строчки прочитать?

The academic fee may be reduced or waived in special circumstances, but a strong justification is required. Waivers are generally not available for researchers in North America, western Europe, or Japan. Please send a justification of your need for a waiver to amber-admin@biomaps.rutgers.edu before sending in a license form.

Нам его в своё время бесплатно дали.

[N_A_B]

Уважаемый.
Как раз- хорошее замечание.
Меня смутила фраза:
strong justification is required- требуются убедительные доводы.
Если не секрет- расскажите- как вы вели переписку?




P.S. А что..NBO для Геймесса никто не покупал?

[VTur]

P.S. А что..NBO для Геймесса никто не покупал?

А с какой целью?

[Marxist]

Меня смутила фраза:
strong justification is required- требуются убедительные доводы.
Если не секрет- расскажите- как вы вели переписку?

Честно -- не знаю, этим не я занимался, а шеф. Можно написать жалостливое письмо, можно попросить подтверждение слов от руководства или бухгалтерии вашего института. В принципе можно попросить у меня 9-ю версию, но есть подозрение, что в 10-й КМ/ММ значительно лучше.

[N_A_B]

N_A_B писал(а):
P.S. А что..NBO для Геймесса никто не покупал?
А с какой целью?

Мой научный руководитель вообще Гауссианом пользуется.
Тами NBO и AIM встроенный есть.
Я считаю Геймессом( может ,если оплучится- и NWCHem попробую).
AIM-произвожу внешней прогой.
А NBO- не знаютакой внешней бесплатной программы.

[N_A_B]

Спасибо за совет про Амбер. Письмо написал.
Будем ждать ответа.
Теперь про NwChem:
При заполнении анкеты на
http://eus.emsl.pnl.gov/EUSSW?productID=nwchem
Есть акой вопрос- vendor
что это значити что отвечать?
Прямой перевод- продавец, как то не особо подходит...

[Darth Vasya]

Производитель кластера, на котором будет использоваться НВКем.

[N_A_B]

Спасибо, Василий:)

Теперь возник такой вопрос.
НА кластере МГУ( когда он всё-таки запустится в нормальную работу)- можно будет его NwChem установить?( если его еще там нет )
Производитель: t-platforms Несолидно как-то...
Думаю- надо еще заказать версию для Windows - для апробации задачи на низком уровне на локальной машине...

[Darth Vasya]

Напишите Intel (или IBM, или что там...)

[Rusia]

P.S. А что..NBO для Геймесса никто не покупал?

А с какой целью?

это логично- считать заряды более "правильные", приемлемые для химиков