Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

вопросы строения молекул и квантовой химии
КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Чт окт 30, 2008 10:58 am

Добрый день, уважаемые благодетели.
Опять у меня вопросы:
1) всякий раз, когда начинаю смотреть заселенности АО и т.п. в Out-файлах PC Gamess, прихожу в некоторое смущение от обилия d-АО. Почему их шесть (xx, yy, zz, xy, xz, yz), а не пять, как уверяют химиков :shock: :issue: ? И главное, как обращаться с данными (энергии, заселенности…), соответствующими этим d-АО? Вычисляя, напр., суммарную заселенность d-АО, складывать все шесть величин для индивидуальных d-АО? А что делать с энергиями?

2) когда смотрю в ChemCraft колебат. спектры, то в списке частоты расположены не строго по убыванию, а именно, в начале списка перед наименьшей по величине частотой обычно есть 2-4 частоты несколько большей величины. Что это означает? Почему их число меняется от случая к случаю?
КВГ

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение VTur » Пт окт 31, 2008 2:43 pm

Гамесс по умолчанию считает в декартовых функциях - 6d 10 f орбиталей, Гауссиан в сферических гармониках - 5d 7f орбиталей. Даже если базис одинаковый (коэфф. экспонент), число функций разное. Будут разные заселенности и разные энергии орбиталей. А если взять теорию возмущений или CI и там посмотреть! Смысла в них (заселенности и орбитальные энергии) нет никакого. Читая западные журналы, возникает ощущение, что при использовании теоремы Купманса, заселенностей и тд. публикуют тот базис, кот. дает наиболее близкие значения к требуемым данным.
После отстоя требуйте долива

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Сб ноя 01, 2008 12:27 am

VTur писал(а):Гамесс по умолчанию считает в декартовых функциях - 6d 10 f орбиталей, Гауссиан в сферических гармониках - 5d 7f орбиталей. Даже если базис одинаковый (коэфф. экспонент), число функций разное. Будут разные заселенности и разные энергии орбиталей. А если взять теорию возмущений или CI и там посмотреть!
Теперь я понял, почему Гауссиан так дорого стоит: он умеет правильно подсчитывать количество АО ... Надо бы его купить, а то как-то неуютно. Представляю реакцию химиков, если я напишу: "Что касается шестой d-АО, то ее заселенность заметно отличается от таковой у пяти остальных..."
VTur писал(а):Смысла в них (заселенности и орбитальные энергии) нет никакого.
VTur, вы не путайте химика - как это "смысла нет"? У меня весьма благоговейное отношение к заселенностям, они мне греют душу своей незамысловатостью. Тот факт, что разные методы подсчета заселенностей, как правило, дают весьма близкие величины, разве не говорит о том, что какой-нибудь смысл в них сокрыт? Пусть величины меняются от базиса к базису, главное чтобы при постоянном базисе - и постоянной квант.-хим. программе :) - они закономерно менялись в рядах родственных соединений, а не скакали как горные козлы. Или я не прав?
VTur писал(а):Читая западные журналы, возникает ощущение, что при использовании теоремы Купманса, заселенностей и тд. публикуют тот базис, кот. дает наиболее близкие значения к требуемым данным.
Но ведь не всегда более полный базис будет более точным? Ушла на более высоком уровне расчета какая-то погрешность, а в результате вылезла другая погрешность, которая теперь не компенсируется, - и все перекосилось. Я раньше с этим сталкивался в другого рода расчетах регулярно. В этой ситуации, почему бы не принять в качестве рабочей гипотезы, что тот базис лучше, который дает величины наиболее близкие к эксперименту? Опять же, пусть теорема Купманса не всегда хороша (кажется, она редко бывает "хороша"), но, сравнивая данные в ряду, химик может извлечь полезные вещи. Мы - не брезгливые, нам всяко лыко (выброшенное физиками) в строку...
VTur писал(а):Смысла в них (заселенности и орбитальные энергии) нет никакого.
VTur, вы не путайте химика - как это "смысла нет"? У меня весьма благоговейное отношение к заселенностям, они мне греют душу своей незамысловатостью. Тот факт, что разные методы подсчета заселенностей, как правило, дают весьма близкие величины, разве не говорит о том, что какой-нибудь смысл в них сокрыт? Пусть величины меняются от базиса к базису, главное чтобы при постоянном базисе - и постоянной квант.-хим. программе :) - они закономерно менялись в рядах родственных соединений, а не скакали как горные козлы. Или я не прав?

С опозданием заметил:
VTur писал(а):Гамесс по умолчанию считает в декартовых функциях
А что PC Gamess тоже можно уговорить выдавать правильное число АО?! Я не встречал в мануалах упоминания про это. Как это можно сделать?

А насчет частот не подскажете? Что это за избранники в списке частот, которых в ChemCraft проталкивают вперед вне очереди? Среди них, вроде, не только чистые T и R моды попадаются.
КВГ

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение EvgeniX » Сб ноя 01, 2008 2:24 am

КВГ писал(а):Теперь я понял, почему Гауссиан так дорого стоит: он умеет правильно подсчитывать количество АО ... Надо бы его купить, а то как-то неуютно. Представляю реакцию химиков, если я напишу: "Что касается шестой d-АО, то ее заселенность заметно отличается от таковой у пяти остальных..."
Он не потому так дорого стоит.
КВГ писал(а):С опозданием заметил:
VTur писал(а):Гамесс по умолчанию считает в декартовых функциях
А что PC Gamess тоже можно уговорить выдавать правильное число АО?! Я не встречал в мануалах упоминания про это. Как это можно сделать?
Всё там правильно, читайте теорию. Все эти орбитали возникают в результате решения уравнения Шредингера, а не наоборот.
КВГ писал(а):А насчет частот не подскажете? Что это за избранники в списке частот, которых в ChemCraft проталкивают вперед вне очереди? Среди них, вроде, не только чистые T и R моды попадаются.
Это мнимые частоты (частоты всегда идут по возрастанию значения, принято так в кв.хим. программах). Значит плохо оптимизировали, от них нужно избавляться.
КВГ писал(а):Но ведь не всегда более полный базис будет более точным? Ушла на более высоком уровне расчета какая-то погрешность, а в результате вылезла другая погрешность, которая теперь не компенсируется, - и все перекосилось. Я раньше с этим сталкивался в другого рода расчетах регулярно. В этой ситуации, почему бы не принять в качестве рабочей гипотезы, что тот базис лучше, который дает величины наиболее близкие к эксперименту?
Это не совсем верно.
К примеру, какой-нибудь функционал B3LYP параметризован для базисного набора ~ 6-31G(d) и при увеличении базисного набора начинает давать отклонения. Но это проблема конкретного метода. В общем случае (при применении нормальных чистых ab initio методов) при
увеличении базисного набора энергия должна асимптотически приближаться к Complete Basis Set
(как в случае с БС Данинга cc-PVDZ -> cc-PVTZ -> cc-PV4Z -> cc-PV5Z -> cc-PV6Z ... и т.п., зря чтоли их придумали)

Ваши же рассуждения более применимы к полуэмпирике, где ошибки друг друга компенсируют.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение Darth Vasya » Сб ноя 01, 2008 2:57 am

КВГ писал(а): Но ведь не всегда более полный базис будет более точным?
Всегда, даже теорема есть специальная. Но (!) :
КВГ писал(а): В этой ситуации, почему бы не принять в качестве рабочей гипотезы, что тот базис лучше, который дает величины наиболее близкие к эксперименту?
Тот базис _лучше_, который даёт величины, наиболее близкие к _точному_ответу_для_выбранного_функционала_. Извините, но коль скоро вы занялись расчётами - забудьте (в определённом смысле) об экспериментах. Подгонка теории под эксперимент (в определённом смысле) сродни подгонке эксперимента под теорию :)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Сб ноя 01, 2008 12:32 pm

EvgeniX писал(а): Он не потому так дорого стоит.
Да это я пошутил неудачно. Насчет неспособности Гамесса определять правильно АО - тоже шутка. Но мне было бы удобнее иметь АО в сферической системе координат. Нельзя ли в Гамесс изменить вывод АО на более привычный для химика?
EvgeniX писал(а):Это мнимые частоты (частоты всегда идут по возрастанию значения, принято так в кв.хим. программах). Значит плохо оптимизировали, от них нужно избавляться.
Как узнать из аут-файла, какие частоты мнимые? Вот фрагмент аута PC Gamess:
MODES 1 TO 6 ARE TAKEN AS ROTATIONS AND TRANSLATIONS.
FREQUENCIES IN CM**-1, IR INTENSITIES IN DEBYE**2/AMU-ANGSTROM**2

...................................1.......................2.................3.................... 4................. 5
FREQUENCY: ............. 4.17..................3.83..............1.69............... 2.09............. 6.20
REDUCED MASS: .....22.80276.......... 22.98057.......23.10533........20.49995........20.70524
IR INTENSITY:..........0.00828.............0.03261..........0.01542..........0.11363.........0.29268

Вначале частоты здесь убывают, а потом растут до конца (не справился с форматом в таблице - пришлось точек наставить) . Их все анимирует ChemCraft. Или он воспринимает их все как реальные?
А вектора смещений Craft берет из таблицы, которая идет сразу под строкой IR INTENSITY... ?
И еще - к чему отнести минимальную частоту (здесь это 1.69) - к мнимым или действительным колебаниям?
Большое спасибо за разъяснения!
КВГ

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Сб ноя 01, 2008 1:02 pm

Darth Vasya писал(а): Тот базис _лучше_, который даёт величины, наиболее близкие к _точному_ответу_для_выбранного_функционала_. Извините, но коль скоро вы занялись расчётами - забудьте (в определённом смысле) об экспериментах. Подгонка теории под эксперимент (в определённом смысле) сродни подгонке эксперимента под теорию :)
С моим уровнем знаний не приходится, конечно, спорить по этому вопросу. Я хотел бы только заметить, что дело не только в базисах и методах: есть еще погрешности самой расчетной модели, и они могут удачно компенсироваться в каком-то определенном базисе (при воспроизведении какого-то конкретного эксперим. параметра). Вы в рассуждениях, видимо, отталкиваетесь от простых систем - изолированные молекулы, реакции в газовой фазе и т.п., а я от более сложных, которые в принципе пока невозможно адекватно просчитать, - не хватит ресурсов или отсутствуют подходы к полному описанию и т.п.
Вообще это разные занятия, по-моему, - усовершенствовать теорию, "подгоняя" ее под эксперимент, и подбирать готовую "теорию" (метод-базис-…) для описания опытных данных, исходя из реальных условий. Но может я и не прав.
КВГ

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение amge » Сб ноя 01, 2008 1:33 pm

Про мнимые частоты: они помечаются буковкой I и идут в самом начале

Код: Выделить всё

 MODES 2 TO 7 ARE TAKEN AS ROTATIONS AND TRANSLATIONS.

     FREQUENCIES IN CM**-1, IR INTENSITIES IN DEBYE**2/AMU-ANGSTROM**2,
     REDUCED MASSES IN AMU.

                          1           2           3           4           5
       FREQUENCY:       413.71 I     22.67       16.21       15.37        8.28  
    REDUCED MASS:      8.63943     3.85810     5.32416     4.52059     6.49176
    IR INTENSITY:      0.80432     0.00593     0.01984     0.03464     0.00015
В Вашем же случае мнимых частот нет, а первые 6 частот -- трансляции и вращения (о чем GAMESS и предупреждает). Их можно игнорировать.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение Darth Vasya » Сб ноя 01, 2008 1:52 pm

КВГ писал(а):есть еще погрешности самой расчетной модели, и они могут удачно компенсироваться в каком-то определенном базисе (при воспроизведении какого-то конкретного эксперим. параметра)
Угу, тогда предлагаю пойти на шаг дальше и просто подставить в выходной файл экспериментальное значение - вот это будет удачная компенсация :lol:

Точно так же есть, например, погрешности эксперимента. И можно намеренно сделать "грязный" эксперимент, чтобы его погрешности "удачно скомпенсировались" и подтвердили предсказания нашей любимой теории - только оно нам надо? Это не то, чтобы нравственно-философская проблема, просто такая подгонка результатов - это самообман. Лучше уж получить хороший результат и чётко представлять себе, насколько он соответствует действительности - благо на этот счёт по всем методам информация обычно довольно обширная (но она опять-таки становится нерелевантной, если ваш расчёт некачественный).

Вспомнилась шутка: химия - это когда берут чистые материалы и делают грязный эксперимент, физика - чистый эксперимент с грязными материалами, ну и есть ещё химическая физика :)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Сб ноя 01, 2008 3:28 pm

amge писал(а): Про мнимые частоты: они помечаются буковкой I и идут в самом начале
Спасибо, amge, теперь все стало ясно. Еще насчет векторов смещения не уточните? Это они указаны в аутах Гамесса после ИК интенсивностей?
КВГ

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение amge » Сб ноя 01, 2008 4:11 pm

КВГ писал(а):Еще насчет векторов смещения не уточните?
Вы верно предположили выше. В более удобном виде эти "вектора" (смещения атомов) есть в конце punch-файла.

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Сб ноя 01, 2008 4:22 pm

Darth Vasya писал(а):
Угу, тогда предлагаю пойти на шаг дальше и просто подставить в выходной файл экспериментальное значение - вот это будет удачная компенсация :lol:
Ad absurdum, кажется, это называлось у римлян? Мало найдется идей, которые бы выстояли, будучи доведены до логического конца… Тем более это относится к моему непритязательному предложению. Возможно, мы говорим о разных вещах.
Когда-то, довольно давно, мне попадалась статейка, где приводились данные расчета геометрической структуры, сделанные разными методами. Оказалось, что лучшее совпадение с опытными данными дал отнюдь не самый совершенный метод. Вот я и предлагаю в таких случаях пользоваться подобным методом, а не более совершенным. Ведь иной раз хочется не только констатировать, что мои расчетные данные сделаны на хорошем уровне, но еще и получить практическую информацию - например, о той же геометрической структуре. Или об изменении какого-то свойства в ряду гомологов.
Если худший метод воспроизведет поведение какого-либо параметра в ряду, а более совершенный не воспроизведет, то неужто мне из принципа приводить данные этого совершенного метода? Конечно, если есть данные разного уровня, то - чтоб не сбивать с толку читателя - весьма желательно привести их все, указав, по каким причинам автор доверяет не самому совершенному методу.
Кажется, я ничего сверх этого не имел в виду. Во всяком случае, если кто-то понял, будто я призываю подделывать данные под расчет или наоборот :shock: , то официально заявляю, что я к подобным противоправным действиям не призывал :) .
КВГ

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение Darth Vasya » Сб ноя 01, 2008 4:47 pm

КВГ писал(а):Оказалось, что лучшее совпадение с опытными данными дал отнюдь не самый совершенный метод. Вот я и предлагаю в таких случаях пользоваться подобным методом, а не более совершенным.
Мы сейчас говорим не о совершенстве методов (точнее - области применимости), а о "чистоте" расчётов. Если какое-нибудь PM3 даёт для изучаемых систем хорошее согласие с экспериментом - пожалуйста, считайте PM3 на здоровье, только убедитесь в том, что используете, например, приличные критерии сходимости. Точно то же самое с базисом: если при увеличении базиса у вас заметно изменяется геометрия, значит - ваш результат просто некачественный, случайный, и вместо заявленного метода вы фактически использовали чёрт знает что, результат неких таинственных манипуляций.

Сходимость по базисному набору - точно такая же сходимость, как и в оптимизации геометрии, и в решении уравнений ССП, и за ней тоже надо внимательно следить. (Это прекрасно известно всем, кто работал с плоскими волнами, вейвлетами, конечными элементами и прочими систематическими базисами; гауссовы функции в этом смысле менее удачны - не дают "прочувствовать" такие вещи.) Ещё один абсурдный пример: берём экспериментальную структуру в качестве начальной, запускаем оптимизацию методом типа CNDO с критерием на градиент а-ля стотыщмильонов Хартри на Бор, после первого шага убеждаемся в идеальном воспроизведении результата... Результат расчёта может прекрасно совпадать с экспериментом и при этом всё равно представлять собой полный мусор.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Сб ноя 01, 2008 5:33 pm

Darth Vasya писал(а): Мы сейчас говорим не о совершенстве методов (точнее - области применимости), а о "чистоте" расчётов.
Ну вроде, я донес до с себя суть ваших советов - осталось их с годами исполнить на деле. Кажется, у меня было не вполне верное представление об иерархии базисов :? . Спасибо!
КВГ

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение VTur » Сб ноя 01, 2008 8:44 pm

КВГ писал(а):
VTur писал(а):Гамесс по умолчанию считает в декартовых функциях - 6d 10 f орбиталей, Гауссиан в сферических гармониках - 5d 7f орбиталей. Даже если базис одинаковый (коэфф. экспонент), число функций разное. Будут разные заселенности и разные энергии орбиталей. А если взять теорию возмущений или CI и там посмотреть!
Теперь я понял, почему Гауссиан так дорого стоит: он умеет правильно подсчитывать количество АО ... Надо бы его купить, а то как-то неуютно. Представляю реакцию химиков, если я напишу: "Что касается шестой d-АО, то ее заселенность заметно отличается от таковой у пяти остальных..."
Как раз наоборот, декартовы 6d функций равноправны и при правильном расчете заселенности будут близки. А вот для 5d 7f, тут да, дела. Вы посмотрите на dZ2. Она резко отличается от остальных 4 по энергии и по симметрии. Она вообще, разрывная - функция, описывающая один электрон! Я не специалист в химии, но обычно тут приводятся совсем уж левые объяснения.
А так, читайте мануал.
КВГ писал(а):
VTur писал(а):Смысла в них (заселенности и орбитальные энергии) нет никакого.
VTur, вы не путайте химика - как это "смысла нет"? У меня весьма благоговейное отношение к заселенностям, они мне греют душу своей незамысловатостью. Тот факт, что разные методы подсчета заселенностей, как правило, дают весьма близкие величины, разве не говорит о том, что какой-нибудь смысл в них сокрыт? Пусть величины меняются от базиса к базису, главное чтобы при постоянном базисе - и постоянной квант.-хим. программе :) - они закономерно менялись в рядах родственных соединений, а не скакали как горные козлы. Или я не прав?
И какой же смысл Вы вкладываете в заселенности d орбиталей при отсутствии температуры? Учтите, что в разных базисах заселенности разные.
КВГ писал(а):
VTur писал(а):Читая западные журналы, возникает ощущение, что при использовании теоремы Купманса, заселенностей и тд. публикуют тот базис, кот. дает наиболее близкие значения к требуемым данным.
Но ведь не всегда более полный базис будет более точным?
Более точным, по определению.
КВГ писал(а):Ушла на более высоком уровне расчета какая-то погрешность, а в результате вылезла другая погрешность, которая теперь не компенсируется, - и все перекосилось. Я раньше с этим сталкивался в другого рода расчетах регулярно.
Ну, тогда читайте книги по квантовой механике и не читайте по квантовой химии. Увеличение числа базисных функций не может ухудшить точность описания явления. Если функция будет совсем дурная, коэффициент перед ней будет близким к нулю.
КВГ писал(а): В этой ситуации, почему бы не принять в качестве рабочей гипотезы, что тот базис лучше, который дает величины наиболее близкие к эксперименту?
Это уже параметризация, а не ab initio.
КВГ писал(а):Опять же, пусть теорема Купманса не всегда хороша (кажется, она редко бывает "хороша"), но, сравнивая данные в ряду, химик может извлечь полезные вещи. Мы - не брезгливые, нам всяко лыко (выброшенное физиками) в строку...
Какие?

Самое главное. Вся квантовая химия покоится на негласном утверждении, что при одинаковом методе и в одинаковом базисе систематические ошибки сравнимы и при вычитании одной величины из другой сокращаются. Поэтому разностные величины близки к эксперименту, а абсолютные только на Хартри-Фоковском пределе и с хорошим учетом электронной корреляции. А заселенности вообще левая вещь. Они существуют только в модели МО ЛКАО и их нет в чистом МО.
После отстоя требуйте долива

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение VTur » Сб ноя 01, 2008 8:47 pm

КВГ
Вы спрашивайте конкретнее, вопросы не понятны. По d элементам, я думаю Химера с Darth Vasya ответят лучше меня.
После отстоя требуйте долива

maximum
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Пн июн 02, 2008 12:09 am

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение maximum » Вс ноя 02, 2008 1:07 am

VTur писал(а):Гамесс по умолчанию считает в декартовых функциях
А что PC Gamess тоже можно уговорить выдавать правильное число АО?! Я не встречал в мануалах упоминания про это. Как это можно сделать?

В группе $contrl нужно поставить d5=.t. PCGamess будет считать в сферических функциях и для d и для f и для g.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение VTur » Вс ноя 02, 2008 2:26 am

amge писал(а):Про мнимые частоты: они помечаются буковкой I и идут в самом начале

Код: Выделить всё

 MODES 2 TO 7 ARE TAKEN AS ROTATIONS AND TRANSLATIONS.

     FREQUENCIES IN CM**-1, IR INTENSITIES IN DEBYE**2/AMU-ANGSTROM**2,
     REDUCED MASSES IN AMU.

                          1           2           3           4           5
       FREQUENCY:       413.71 I     22.67       16.21       15.37        8.28  
    REDUCED MASS:      8.63943     3.85810     5.32416     4.52059     6.49176
    IR INTENSITY:      0.80432     0.00593     0.01984     0.03464     0.00015
В Вашем же случае мнимых частот нет, а первые 6 частот -- трансляции и вращения (о чем GAMESS и предупреждает). Их можно игнорировать.
Да, а еще можно от них (поступательных и вращательных) вообще избавится
$FORCE PURIFY =.TRUE. $END
$STATPT PURIFY =.TRUE. $END
После отстоя требуйте долива

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Пн ноя 03, 2008 11:25 am

maximum писал(а): В группе $contrl нужно поставить d5=.t. PCGamess будет считать в сферических функциях и для d и для f и для g.
Спасибо, maximum! Руководствуясь вашей информацией, я даже нашел место на сайте Firefly, где об этом написано. Видно, прозевал.
КВГ

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Re: Смущают - список частот и кол-во d-АО в PC Gamess

Сообщение КВГ » Пн ноя 03, 2008 12:12 pm

VTur писал(а):Самое главное. Вся квантовая химия покоится на негласном утверждении, что при одинаковом методе и в одинаковом базисе систематические ошибки сравнимы и при вычитании одной величины из другой сокращаются. Поэтому разностные величины близки к эксперименту, а абсолютные только на Хартри-Фоковском пределе и с хорошим учетом электронной корреляции.
VTur, спасибо за комментарии. Совместно с Darth Vasya вы мне кое-что разъяснили насчет базисов. Я неверное все это себе представлял. Отмечу только, что я пока только и интересуюсь разностями энергий да их изменениями в рядах.
VTur писал(а): Как раз наоборот, декартовы 6d функций равноправны и при правильном расчете заселенности будут близки. А вот для 5d 7f, тут да, дела. Вы посмотрите на dZ2. Она резко отличается от остальных 4 по энергии и по симметрии. Она вообще, разрывная - функция, описывающая один электрон! Я не специалист в химии, но обычно тут приводятся совсем уж левые объяснения.
VTur писал(а):И какой же смысл Вы вкладываете в заселенности d орбиталей при отсутствии температуры?
VTur писал(а):А заселенности вообще левая вещь. Они существуют только в модели МО ЛКАО и их нет в чистом МО.
Насчет шести d-АО, я что-то до себя не донес :cry: … Что шесть d-АО более равноправны, чем пять, когда речь идет о декартовом базисе, это я еще могу понять. Но ведь, как ни крути, количество d-АО должно быть равно пяти! Разве не так ?! Я это всосал с молоком матери, можно сказать. Не доказывают ли атомные спектры, что d-АО пять штук, а не шесть :hammer: ? Не есть ли шесть d-АО только удобное математическое представление?
Не знаю, как относиться к dZ2 - может, надо все шесть перемешать и из них сделать пять, а не из двух декартовых делать одну dZ2 (не помню сейчас, как именно сконструирована эта АО), но во вс. сл. жизнь требует пяти, а не шести d-АО, насколько я понимаю. Если квант. химия или квант. механика (или обе вместе) не могут сконструировать приемлемую пятую d-АО, то это их проблемы - пусть застрелятся в крайнем случае :teaching: , но не пытаются уговорить электроны располагаться на шести d-АО, уверяя, что так будет удобнее всем. Разве не так?
Ну а ежели вы скажете, что вообще все эти АО - грубое упрощение, весьма далекое от реального положения дел, тогда вы должны признать и то, что атомы не существует, а я - Наполеон :bayan: .

По поводу заселенностей: насчет них сведения в мамином молоке отсутствовали, так что тут мне особо нечего сказать, кроме того, что существует гигантская масса публикаций и квант.-хим. программ, юзающих ту и иную версию подсчета заселенностей. Как минимум, это доказывает насущную необходимость понятия заселенности; отсутствие такой потребности у физиков еще ничего не доказывает. Лично мне важно знать, как перераспределится электронная плотность после переноса на комплекс дополнительного электрона (двух-трех-… электронов). Отсюда можно извлечь целый ряд полезных гипотез (только гипотез, это мы понимаем) - как о возможном механизме переноса электрона (речь о сложных комплексах - с 2-3 координационными сферами вокруг центр. атома), так и о сравнительной силе и характере взаимодействия с ближним окружением - ибо иной раз среда слабо влияет на Ox-Red поведение комплекса, а в других случаях - сильно. И т.д.
Но допустим, я захотел отказаться от оперирования заселенностями, - что в этом случае вы можете предложить взамен?
Что не сомнительно с вашей точки зрения? Каковы те слоны, на которых стоит квантовохимическая реальность с позиций квантовой механики? И можно ли этим слонам что-то сопоставить в реальном мире - какие-то измеряемый параметры? Я охотно буду использовать нечто иное - лишь бы оно имело связь с реально измеряемыми величинами (и имело наглядную интерпретацию :) ). Правда, я не обещаю, что отрекусь от заселенностей - до тех пор, пока они что-то мне дают полезное.
(Оффтоп-реплика: а вот Эйнштейн считал, что "Бог не играет в кости" - и кажется, был прав… Жаль, что он не оставил химикам (хотя бы мне, за всех не рискую расписываться) что-нибудь в качестве заменителя квантовой механики)
КВГ

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей