Gaussian: %Mem=

[surius]

Товарищи, такой вот меня вопрос мучает не первый раз, и все же никак не могу понять некие закономерности, а именно как сказывается значение указанное после %Mem=...
Я по наивности своей думал, что численное увеличение этого параметра, при достаточном количестве свободной оперативной памяти должно увеличивать скорость счета. Однако заметить и уж тем более оценить эту закономерность мне не удалось.
При увеличении значения этого параметра, до некоторой величины действительно происходит увеличение скорости счета, но последующее увеличение приводит к уменьшению скорости.
Может кто-нибудь мне сможет, более или менее внятно, объяснить как оно там обстоит на самом деле???

[C10H16]

Винда часть памяти использует для своих системных нужд (и чем больше физической памяти, тем больше нужд), видно если пытаться использовать больше памяти, чем "физически" свободно, система начинает активнее работать с жёстким диском (либо свои нужды на него кидать, а может и Гауссиановские).

[VTur]

Товарищи, такой вот меня вопрос мучает не первый раз, и все же никак не могу понять некие закономерности, а именно как сказывается значение указанное после %Mem=...
Я по наивности своей думал, что численное увеличение этого параметра, при достаточном количестве свободной оперативной памяти должно увеличивать скорость счета. Однако заметить и уж тем более оценить эту закономерность мне не удалось.

Для части оверлеев количество оперативки должно превышать некий минимум и всё. Для другой части, особенно вкладов MPn, CI, CC, количество оперативки критично. Есть задачи, которые могут и не пойти. Проверяется просто - в диспетчере задач (вкладки "быстродействие" и "процессы") можно увидеть количество занятой, свободной и пиковое использование физ. памяти.

При увеличении значения этого параметра, до некоторой величины действительно происходит увеличение скорости счета, но последующее увеличение приводит к уменьшению скорости.
Может кто-нибудь мне сможет, более или менее внятно, объяснить как оно там обстоит на самом деле???

Будет увеличиваться пока не задействован своп или pagefile файл. Тогда сразу падение скорости.

Где-то это уже обсуждалось.

[surius]

Вот тут-то и возникает та смущающая меня ситуация: оперативки стоит 4г. однако уже при указании численного значения в 500-600 мб. скорость счета заметно снижается...
Плюс в нагрузку, поставил галочку и отключил вовсе файл подкачки... Мониторил хард, тоже вроде бы не стало к нему больше обращений...
Ну и опять таки странные дело это дефолтное значение используемой памяти, оно там какое-то предельно низкое...

[VTur]

Какова загрузка процессора?

[surius]

Какова загрузка процессора?

Тут конечно все плохо... А именно, проц четырех ядерный, AMD, но только вот версия gaussiana одноядерная... таким образом, во время работы конкретного линка, загрузка ЦП 25% ровно... Но задача видимо гуляет по разным ядрам, это если верить диспетчеру задач...

[VTur]

У каждого проца своя память. Попробуйте на одноядерном.

[surius]

У каждого проца своя память. Попробуйте на одноядерном.

Ок попробую, тогда завтра сообщу для конкретной машины, где находится тот максимум после которого скорость идет вниз...

[Lantano]

Советую проверить, не изменяются ли в зависимости от количества памяти используемые алгоритмы расчета (типа direct, semi-direct и подобное).

[surius]

Ну вот, прошу прощения за некоторый перерыв образовавшийся из-за некоторого стечения обстоятельств.
Расчет проводился на одно процессорном, одно ядерном компьютере dell latitude D610, являющимся по совместительству ноутбуком
Процессор: Pentium M 1.60 GHz
Оперативная память: 798 MHz 0.99 Gb Данные из "Сведения о системе"
Проверка (opt) проводилась на не симметричной молекуле 4-хлорметилированного-2-тиофенкарбальдегида методом HF с базисным набором 6-31g.

Код: Выделить всё

%chk=1.chk
%mem=xxxMb
# opt hf/6-31g geom=connectivity

Значение параметра %mem= варьировалось в диапазоне от 100 до 500 Мб.
Z-матрица строилась с помощью gausview:

Код: Выделить всё

 C
 C                  1              B1
 C                  2              B2    1              A1
 C                  3              B3    2              A2    1              D1
 S                  1              B4    2              A3    3              D2
 H                  2              B5    1              A4    5              D3
 H                  4              B6    3              A5    2              D4
 C                  1              B7    2              A6    3              D5
 H                  8              B8    1              A7    2              D6
 H                  8              B9    1              A8    2              D7
 O                  8             B10    1              A9    2              D8
 C                  3             B11    2             A10    1              D9
 H                 12             B12    3             A11    2             D10
 H                 12             B13    3             A12    2             D11
 Cl                12             B14    3             A13    2             D12

   B1             1.37722600
   B2             1.43211810
   B3             1.37719353
   B4             1.67216806
   B5             1.09148274
   B6             1.08820281
   B7             1.54000000
   B8             1.07000000
   B9             1.07000000
   B10            1.25840000
   B11            1.54000000
   B12            1.07000000
   B13            1.07000000
   B14            1.76000000
   A1           111.52158578
   A2           111.52447231
   A3           111.56053216
   A4           125.35973483
   A5           125.68576913
   A6           125.67820333
   A7           109.47120255
   A8           109.47120255
   A9           109.47123134
   A10          123.11885083
   A11          109.47120255
   A12          109.47123134
   A13          109.47120255
   D1             0.03622496
   D2            -0.02954746
   D3           179.98680176
   D4           179.96897036
   D5           179.96687817
   D6           120.00693105
   D7          -119.99305416
   D8             0.00693844
   D9          -179.96414968
   D10           60.00475564
   D11         -179.99525176
   D12          -59.99525916

Значение длин связей также определялось программой gausview и не изменялось в ручную.
Для различных значений %mem= были полученны следующие значения Job cpu time:, переведенные в секунды

Код: Выделить всё

100 --- 14min 23.0sec --- 863с. 
150 --- 14min 33.0sec --- 873с.
190 --- 14min 45.0sec --- 885с.
200 --- 14min 48.0sec --- 888с.
205 --- 14min 51.0sec --- 891с.
207 --- 14min 50.0sec --- 890с.
208 --- 14min 51.0sec --- 891с.
209 --- 14min 50.0sec --- 890с.
210 ---  4min 33.0sec --- 273с.
220 ---  4min 35.0sec --- 275с.
240 ---  4min 42.0sec --- 282с.
260 ---  4min 47.0sec --- 287с.
280 ---  4min 52.0sec --- 292с.
300 ---  5min 03.0sec --- 303с.
400 ---  5min 25.0sec --- 325с.
500 ---  6min 45.0sec --- 402с.

ну собственно тоже самое только в графической интерпретации...

На мой взгляд достаточно странное поведение функции... На лицо не вполне понятные метаморфозы, мажет быть действительно связанные со сменой механизма. А может быть и чего-нибудь другого
Интересно также отметить что расчет проводимый из .gjf файла не содержащего строки %mem=xxxMb, т.е. проводимый при выбранном программой или системой, значении используемой памяти производился в течении 14min 10.0sec

[Yurii]

оперативки стоит 4г

И что, эту память gaussian использует по полной программе?

[surius]

И что, эту память gaussian использует по полной программе?

Нет, конечно, а жаль...
Зачастую я считаю при дефолтном значении выделяемой памяти, а посему, используемое количество оперативной памяти лежит в интервале от 200 до 400 мб

[o-oxhem]

На мой взгляд достаточно странное поведение функции... На лицо не вполне понятные метаморфозы, мажет быть действительно связанные со сменой механизма. А может быть и чего-нибудь другого
Интересно также отметить что расчет проводимый из .gjf файла не содержащего строки %mem=xxxMb, т.е. проводимый при выбранном программой или системой, значении используемой памяти производился в течении 14min 10.0sec

Прошу уточнить , какая именно версия Gau$$ian ?

[Droog_Andrey]

Интересно также отметить что расчет проводимый из .gjf файла не содержащего строки %mem=xxxMb, т.е. проводимый при выбранном программой или системой, значении используемой памяти производился в течении 14min 10.0sec

По умолчанию Гауссиан ограничивает объём используемой памяти 48 Мб. Эта точка вполне укладывается на верхний график

Можно сравнить значения потраченого на каждый линк времени (они выводятся в out-файле в секундах в виде параметра CPU: ) до перелома графика и после. Тогда будет ясно, какой линк изменяет алгоритм. Подозреваю, что 502-й.

[surius]

Прошу уточнить , какая именно версия Gau$$ian ?

Ну тут конечно секретов никаких нет:

Код: Выделить всё

Gaussian 03W Version 6.0 Rev. B1

[Yurii]

Gaussian 03W Version 6.0 Rev. B1

Rev. B01 содержит еще достаточно глюков. В инете уже выложена Rev. С01 + GaussView 4.1.2. Но и это не распараллеленная версия. В любом случае Gaussian под Windows - это мыльница по сравнению c Gaussin под Linux x64 и свою оперативную память под x64 можете полностью использовать. Сейчас в инете можно скачать Rev E01.

[o-oxhem]

Gaussian 03W Version 6.0 Rev. B1

Rev. B01 содержит еще достаточно глюков. В инете уже выложена Rev. С01 + GaussView 4.1.2. Но и это не распараллеленная версия. В любом случае Gaussian под Windows - это мыльница по сравнению c Gaussin под Linux x64 и свою оперативную память под x64 можете полностью использовать. Сейчас в инете можно скачать Rev E01.

полностью согласен.

Тестировали
Rev. С02 для OS Windows vs. Linux на двух ПС, которые отличались по стоимости ~10 раз (50 тр. / 5тр.) Однако время расчёта отличалось ~3 раза.

[surius]

По умолчанию Гауссиан ограничивает объём используемой памяти 48 Мб. Эта точка вполне укладывается на верхний график

Можно сравнить значения потраченого на каждый линк времени (они выводятся в out-файле в секундах в виде параметра CPU: ) до перелома графика и после. Тогда будет ясно, какой линк изменяет алгоритм. Подозреваю, что 502-й.

Droog_Andrey, с первым заявлением я совершенно согласен, тут факт 48 Мб и до свидания!
А вот 2-ой ваш абзац несколько не понял... Не могли бы вы чуть разжевать вот эту вот фразу: Тогда будет ясно, какой линк изменяет алгоритм. Подозреваю, что 502-й.
Ну то есть, как мне понимается, 2 горизонтальные ветви графика соответствуют 2 различным механизмам... А как поглядеть какой линк вызывает смену алгоритма? и вообще почему эту смену должен вызывать линк?... что-то не могу понять...

[Droog_Andrey]

Не могли бы вы чуть разжевать вот эту вот фразу: Тогда будет ясно, какой линк изменяет алгоритм. Подозреваю, что 502-й.
Ну то есть, как мне понимается, 2 горизонтальные ветви графика соответствуют 2 различным механизмам... А как поглядеть какой линк вызывает смену алгоритма? и вообще почему эту смену должен вызывать линк?... что-то не могу понять...

Работа Гауссиана заключается в последовательном включении различных модулей (link). У них есть номера: link 103 оптимизирует геометрию, link 401 создаёт guess, link 502 решает SCF и т.д. Вот сейчас у меня обсчитывается один хитрый боргидридный анион, и в out-файлике создаются строки наподобие:

Leave Link 502 at Sun Feb 15 01:39:25 2009, MaxMem= 83886080 cpu: 6779.0
Leave Link 703 at Sun Feb 15 02:16:10 2009, MaxMem= 83886080 cpu: 1947.0
Leave Link 103 at Sun Feb 15 11:30:27 2009, MaxMem= 83886080 cpu: 33162.0
Leave Link 302 at Sun Feb 15 11:39:14 2009, MaxMem= 83886080 cpu: 376.0
Leave Link 401 at Sun Feb 15 11:51:04 2009, MaxMem= 83886080 cpu: 575.0

Вот по ним и видно, какая задача какое время занимает. У меня, очевидно, основную часть времени занимает очередной шаг оптимизаии геометрии.

Посмотрите Ваши out-файлики и найдите тот линк, время работы которого скачкообразно выросло. Если это 502-й, то обратите внимание на первые строки, которые он выводит в out-файлики. Там выписываются основные параметры его работы, например:

(Enter C:\G03W\l502.exe)
Closed shell SCF:
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Using DIIS extrapolation, IDIIS= 1040.
Integral symmetry usage will be decided dynamically.
3299436 words used for storage of precomputed grid.
IEnd= 8212480 IEndB= 8212480 NGot= 83886080 MDV= 77189641
LenX= 77189641
Fock matrices will be formed incrementally for 5 cycles.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Отличия в параметрах в случае быстрой и в случае медленной работы наверняка укажут на причину затормаживания, которую можно будет исправить вручную (задав нужные параметры в in-файлике).

В моём случае, например, сходимость SCF многократно выросла после прописывания IOp(5/37=5) - но это в моём случае (из-за большого количества высокосимметричных орбиталей), у Вас будет что-то другое.

[SSR]

... Проверка (opt) проводилась на не симметричной молекуле 4-хлорметилированного-2-тиофенкарбальдегида (C6H5SClO - SSR ?!) методом HF с базисным набором 6-31g ...

C
C 1 B1
C 2 B2 1 A1
C 3 B3 2 A2 1 D1
S 1 B4 2 A3 3 D2
H 2 B5 1 A4 5 D3
H 4 B6 3 A5 2 D4
C 1 B7 2 A6 3 D5
H 8 B8 1 A7 2 D6
H 8 B9 1 A8 2 D7
O 8 B10 1 A9 2 D8
C 3 B11 2 A10 1 D9
H 12 B12 3 A11 2 D10
H 12 B13 3 A12 2 D11
Cl 12 B14 3 A13 2 D12
...

Вроде бы один водород лишний?!