Gaussian. PBC

[fullerene]

Родился такой сильно детский вопрос. Есть небольшая система, состоящая из органической молекулы и нескольких десятков молекул воды. Задача - рассчитать распределение зарядов на атомах этой органической молекулы при наличии явно заданного растворителя. Конфигурация взята из классической МД траектории. При этом органическая молекула, возможно, не находится в самом центре элементарной ячейки (ибо PBC в класс. МД) и какой-то из ее "хвостов" оказывается негидратированным, в то время как надлежащая ему молекула воды оказалась с другой стороны ячейки.
Вопрос: гауссиан в такой задаче при расчете волновой функции как-то учитывает периодические условия? Т.е. следует ли беспокоится о том, чтобы вся молекула была "равномерно покрыта" водой?

[Darth Vasya]

Напишите в Route Section "PBC=GammaOnly" и добавьте три атома TV с координатами векторов решётки - будет вам "конденсированная среда". Только имейте в виду: Гауссиан при включённых периодических граничных условиях почти ничего не умеет делать, и совсем ничего не умеет делать толком Используйте CPMD, там и базис для таких вещей поудачнее. Ну и, разумеется, классический вопрос в духе VTur: а по какому из многочисленных определений вы собираетесь считать заряды и зачем?

[fullerene]

Напишите в Route Section "PBC=GammaOnly" и добавьте три атома TV с координатами векторов решётки - будет вам "конденсированная среда". Только имейте в виду: Гауссиан при включённых периодических граничных условиях почти ничего не умеет делать, и совсем ничего не умеет делать толком Используйте CPMD, там и базис для таких вещей поудачнее.

Это мы уже проходили...

Ну и, разумеется, классический вопрос в духе VTur: а по какому из многочисленных определений вы собираетесь считать заряды и зачем?

Ну, конечно же, чтобы воткнуть в классическое МД. Например, по CHELPG. Альтернативные пожелания приветствуются.

[Marxist]

"Чтобы воткнуть в классическую МД" -- это не "зачем", это "как". Вопрос в том, что вы хотите получить из этой МД и какие свойства исследуете с её помощью. Чем плохи, например, любимые многими RESP?

[fullerene]

и какие свойства исследуете с её помощью.

Различные структурные и динамические характеристики. В частности, коэффициент самодиффузии этой органичекой молекулы в водном растворе.

Чем плохи, например, любимые многими RESP?

У меня нет программы, которая бы делала RESP комфортным образом.

[Marxist]

Думаю, здесь гораздо больше зависит от модели воды, чем от конкретных значений зарядов.

[fullerene]

Думаю, здесь гораздо больше зависит от модели воды, чем от конкретных значений зарядов.

Дело в том, что нет никаких экспериментальных данных и проверить модель никак не получается. В то же время какие-то заряды нужно на молекулу сажать.

От силового поля растворителя диффузия, конечно, будет очень сильно зависеть, причем чем полярнее молекула - тем больше. А это, в свою очередь, зависит от зарядов на ней. Вообщем, здесь задача со слишком большим количеством неизвестных, и мне кажется, в целом не столь важно, какой метод получения зарядов использовать.

Но заряды какие-то нужны, ибо пока нет никаких. В любом случае это лучше, чем просто расчет молекулы в вакууме. Я правильно понимаю, что если посчитать эту же систему по CP (или BO) - то получится то же самое?

[Marxist]

Вы не поняли. Заряды можно посадить... да хоть AM1-BCC. Вот только когда вы будете делать классическую молдинамику в явной воде, эффект электростатики молекулы вряд ли будет вносить качественную погрешность. А вот модель явной воды -- будет, надо смотреть, какую из моделей параметризовали под воспроизведение диффузии и пр.

[fullerene]

Вы не поняли.

Да все я понял. Но разговор-то был не о том...

[VTur]

В таких моделях не важно, откуда и как были получены заряды. Это модели. Главное, чтобы модель работала. Вы можете изначально заряды просто выдумать из каких-то своих соображениев. Потом, в результате подгонки и перепараметризации они всё равно изменятся.
Модель должна работать в тех рамках, где её определили. Заряды в таких моделях получаются при решении обратных задач. В них нет однозначного решения.

[fullerene]

Коллеги,

Посоветуйте удобную программу, чтобы делать RESP...