NBO

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: NBO

Сообщение sanya1024 » Чт июл 07, 2011 1:28 am

О! спасибо!
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Ср июн 06, 2012 4:59 pm

Добрый день!
Подскажите пожалуйста, кто может, как обнулить матричные элементы Фокиана между орбиталями.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: NBO

Сообщение VTur » Ср июн 06, 2012 7:49 pm

Атомными орбиталями или молекулярными?
После отстоя требуйте долива

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Чт июн 07, 2012 10:07 am

Молекулярными

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: NBO

Сообщение VTur » Чт июн 07, 2012 11:10 am

Если Вы считаете В ГАУССИАНЕ или ГАМЕССе, то там реализованы канонические орбитали, а они по определению ортогональны. Интегралы перекрывания равны нулю.

Или Вы имеете в виду машинный нуль? Т.е. уменьшить порог сходимости по МО?
После отстоя требуйте долива

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Чт июн 07, 2012 11:31 am

Мне нужно исключить определенные внутримолекулярные взаимодействия. Я прочитала, что для этого нужно обнулить матричные элементы между взаимодействующими орбиталями. Но я не знаю, как это задать. Считаю в Гамессе.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: NBO

Сообщение VTur » Чт июн 07, 2012 2:26 pm

Наверно, Вы имели в виду "матрицу плотности" (матрицу коэффициентов разложения в ряд МО), но тогда Ваш метод - натуральные орбитали. В них она диагонально.
Если все-таки Хартири-Фоковские канонические, то в них нет энергии межорбитального взаимодействия. Скорее всего это GVB.

Но это не понятно, но раз там так написано.

Можно отсканировать две страницы с этим текстом. Если в статье, то приложите статью и скажите где читать.
После отстоя требуйте долива

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Пт июн 08, 2012 11:39 am

Сбрасываю вам кусок статьи. В нем выделяю те, части, где написано о расчетах.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: NBO

Сообщение VTur » Пт июн 08, 2012 7:35 pm

Как мне это представляется.
Орбитальные энергии и энергии межорбитального взаимодействия взяты из натуральных связевых орбиталей, полученных после оптимизации в канонических орбиталях.
Элементы обнулялись у фокиана в базисных орбиталях. Но непонятны два момента
- они оптимизировали структуры с постоянно зануленными некоторыми элементами фокиана. Как они умудрялись получать сходимость SCF и оптимизировать структуры. Возможно, это позволяет программа NBO. Но какая тут может быть степень доверия цифрам.
- зачем это нужно? Теория сверхсопряжения была развита на основе анализа энергий межорбитальных взаимодействий. Матрица энергии для этих орбиталей недиагональна. Но у них в статье сравнивались изначально разные структуры. Там были разные самосогласованные поля. Во втором случае искусственно ухудшенные. Понятно, что были получены разные геометрические параметры.

Просто так это с ГАМЕССе сделать нельзя. Смотрите руководство к модулю NBO. Но они взяли молоток и пытаются им пилить.
После отстоя требуйте долива

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Пт июн 08, 2012 9:21 pm

зачем это нужно? Теория сверхсопряжения была развита на основе анализа энергий межорбитальных взаимодействий. Матрица энергии для этих орбиталей недиагональна. Но у них в статье сравнивались изначально разные структуры. Там были разные самосогласованные поля. Во втором случае искусственно ухудшенные. Понятно, что были получены разные геометрические параметры.
Вы физик и вас интересует то, как работает программа, метод и т.д. Я - химик, с помощью рассчетов, я пытаюсь обьяснить прохождение определенных процессов, которые зависят от структуры соединений и, следовательно, от внутримолекулярных взаимодействий (которые нахожу с помощью NBO). В некоторых случаях мне необходимо научится исключать взаимодействия, чтобы посмотреть, что произойдет с остальными.
Просто так это с ГАМЕССе сделать нельзя. Смотрите руководство к модулю NBO. Но они взяли молоток и пытаются им пилить.
Большое спасибо, что попытались мне помочь! Буду изучать NBO.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: NBO

Сообщение EvgeniX » Пт июн 08, 2012 10:23 pm

Но физический смысл-то должен оставаться. Иначе это какое-то шаманство.

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Пт июн 08, 2012 11:58 pm

Безусловно, физический смысл-то должен оставаться. Поэтому я и консультируюсь на форуме, чтобы грамотно выполнить расчеты с физической точки зрения

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: NBO

Сообщение VTur » Сб июн 09, 2012 1:02 am

OrganikNV писал(а):Я - химик, с помощью рассчетов, я пытаюсь обьяснить прохождение определенных процессов, которые зависят от структуры соединений и, следовательно, от внутримолекулярных взаимодействий (которые нахожу с помощью NBO).
Тогда непонятно, что Вы имеете в виду под
а) внутримолекулярными взаимодействиями;
б) вообще под словом "взаимодействие";
в) и что является параметром взаимодействия;

Теория внутримолекулярных взаимодействий изначально создавалась на основе классической теории строения, когда молекула принималась совокупностью шариков на пружинках. В наиболее распространенном варианте - пружинки только валентные взаимодействия, а под параметром взаимодействия понимались параметры "пружинок".
Потом попытались обосновать это с помощью орбиталей (например, барьеры внутр. вращ., перегруппировок, хим. реакции) - ничего не получилось. Осталась теория сопряжения и сверхсопряжения.
Вернулись к шарикам на пружинках, но на новом уровне - различным видам силовых полей.
После отстоя требуйте долива

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Ср июл 17, 2013 1:33 am

Подскажите, пожалуйста, может кто знает, как метод/базис влияют на энергии стабилизации Е(2) в NBO!

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: NBO

Сообщение Yurii » Ср июл 17, 2013 9:08 am

OrganikNV писал(а):В некоторых случаях мне необходимо научится исключать взаимодействия, чтобы посмотреть, что произойдет с остальными.
Вот тестовый пример удаления с последующей реоптимизацией:

# rhf/3-21g opt=z-matrix pop=nbo6del

Methylamine...reoptimization with LEWIS deletions

0 1
C
N 1 CN
H 1 CHa 2 NCHa
H 1 CHb 2 NCHb 3 alfa 0
H 1 CHb 2 NCHb 3 -alfa 0
H 2 NH 1 CNH 3 beta 0
H 2 NH 1 CNH 3 -beta 0

CN 1.4712
CHa 1.0901
CHb 1.0825
NH 1.0035
NCHa 114.7663
NCHb 108.9473
CNH 113.6495
alfa 121.4224
beta 64.2403

$nbo print=0 nbosum $end ! Turn off all printing but NBO Summary
$choose ! Fix Lewis structure for all geometries
lone 2 1 end
bond s 1 2 s 1 3 s 1 4 s 1 5 s 2 6 s 2 7 end
$end
$del lewis $end ! Perform deletions analysis
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Пт июл 19, 2013 12:43 am

Спасибо Вам за ответ! Вопрос этот задавала давно и уже разобралась, как удалять взаимодействия. А вот как реоптимизацию делать не знала, потому что я в Гамессе работаю, ваш пример для Гауссиана и пример в мануале NBO тоже. Не знаете, как это правильно в Гамессе задать?

endlesslake
Сообщения: 191
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: NBO

Сообщение endlesslake » Пт июл 19, 2013 4:08 am

у меня в Гамессе не получилось это сделать без модификации NBO и гамесса. Хотя, отчасти, это было связано с ленью в освоении синтаксиса для TRUDGE оптимизации геометрии.

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: NBO

Сообщение OrganikNV » Вт авг 27, 2013 2:24 pm

Добрый день!!! Подскажите, может кто знает, в чем принципиальное отличие NBO 4.M (в PC GAMESS) от NBO 5.G (Firefly)? Или, где это можно прочитать.

grin
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Пт дек 19, 2014 1:46 pm

Re: NBO

Сообщение grin » Вт дек 23, 2014 12:22 pm

Здравствуйте. У меня возник вопрос по поводу расчетов в программе Gaussian. Нужно найти вклад (%) p-орбиталей каждого из атомов углерода в HOMO и LUMO для молекулы метилацетилена. Я провел NBO расчет молекулы метилацетилена в прогамме Gaussian, но так и не понял где найти в выходном файле данные позволяющие определить p-орбитальный вклад. Может кто подскажет?
Здесь выходной файл NBO: http://pastebin.com/xgmRanm6

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: NBO

Сообщение Fanfate » Вт янв 13, 2015 2:54 am

OrganikNV писал(а):Добрый день!!! Подскажите, может кто знает, в чем принципиальное отличие NBO 4.M (в PC GAMESS) от NBO 5.G (Firefly)? Или, где это можно прочитать.
На заметку, PC GAMESS и FireFLy это одна и та же программа или быть может вы имеете ввиду GAMESS US?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей