NBO
Re: NBO
Добрый день!
Подскажите пожалуйста, кто может, как обнулить матричные элементы Фокиана между орбиталями.
Подскажите пожалуйста, кто может, как обнулить матричные элементы Фокиана между орбиталями.
Re: NBO
Молекулярными
Re: NBO
Если Вы считаете В ГАУССИАНЕ или ГАМЕССе, то там реализованы канонические орбитали, а они по определению ортогональны. Интегралы перекрывания равны нулю.
Или Вы имеете в виду машинный нуль? Т.е. уменьшить порог сходимости по МО?
Или Вы имеете в виду машинный нуль? Т.е. уменьшить порог сходимости по МО?
После отстоя требуйте долива
Re: NBO
Мне нужно исключить определенные внутримолекулярные взаимодействия. Я прочитала, что для этого нужно обнулить матричные элементы между взаимодействующими орбиталями. Но я не знаю, как это задать. Считаю в Гамессе.
Re: NBO
Наверно, Вы имели в виду "матрицу плотности" (матрицу коэффициентов разложения в ряд МО), но тогда Ваш метод - натуральные орбитали. В них она диагонально.
Если все-таки Хартири-Фоковские канонические, то в них нет энергии межорбитального взаимодействия. Скорее всего это GVB.
Но это не понятно, но раз там так написано.
Можно отсканировать две страницы с этим текстом. Если в статье, то приложите статью и скажите где читать.
Если все-таки Хартири-Фоковские канонические, то в них нет энергии межорбитального взаимодействия. Скорее всего это GVB.
Но это не понятно, но раз там так написано.
Можно отсканировать две страницы с этим текстом. Если в статье, то приложите статью и скажите где читать.
После отстоя требуйте долива
Re: NBO
Сбрасываю вам кусок статьи. В нем выделяю те, части, где написано о расчетах.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: NBO
Как мне это представляется.
Орбитальные энергии и энергии межорбитального взаимодействия взяты из натуральных связевых орбиталей, полученных после оптимизации в канонических орбиталях.
Элементы обнулялись у фокиана в базисных орбиталях. Но непонятны два момента
- они оптимизировали структуры с постоянно зануленными некоторыми элементами фокиана. Как они умудрялись получать сходимость SCF и оптимизировать структуры. Возможно, это позволяет программа NBO. Но какая тут может быть степень доверия цифрам.
- зачем это нужно? Теория сверхсопряжения была развита на основе анализа энергий межорбитальных взаимодействий. Матрица энергии для этих орбиталей недиагональна. Но у них в статье сравнивались изначально разные структуры. Там были разные самосогласованные поля. Во втором случае искусственно ухудшенные. Понятно, что были получены разные геометрические параметры.
Просто так это с ГАМЕССе сделать нельзя. Смотрите руководство к модулю NBO. Но они взяли молоток и пытаются им пилить.
Орбитальные энергии и энергии межорбитального взаимодействия взяты из натуральных связевых орбиталей, полученных после оптимизации в канонических орбиталях.
Элементы обнулялись у фокиана в базисных орбиталях. Но непонятны два момента
- они оптимизировали структуры с постоянно зануленными некоторыми элементами фокиана. Как они умудрялись получать сходимость SCF и оптимизировать структуры. Возможно, это позволяет программа NBO. Но какая тут может быть степень доверия цифрам.
- зачем это нужно? Теория сверхсопряжения была развита на основе анализа энергий межорбитальных взаимодействий. Матрица энергии для этих орбиталей недиагональна. Но у них в статье сравнивались изначально разные структуры. Там были разные самосогласованные поля. Во втором случае искусственно ухудшенные. Понятно, что были получены разные геометрические параметры.
Просто так это с ГАМЕССе сделать нельзя. Смотрите руководство к модулю NBO. Но они взяли молоток и пытаются им пилить.
После отстоя требуйте долива
Re: NBO
Вы физик и вас интересует то, как работает программа, метод и т.д. Я - химик, с помощью рассчетов, я пытаюсь обьяснить прохождение определенных процессов, которые зависят от структуры соединений и, следовательно, от внутримолекулярных взаимодействий (которые нахожу с помощью NBO). В некоторых случаях мне необходимо научится исключать взаимодействия, чтобы посмотреть, что произойдет с остальными.зачем это нужно? Теория сверхсопряжения была развита на основе анализа энергий межорбитальных взаимодействий. Матрица энергии для этих орбиталей недиагональна. Но у них в статье сравнивались изначально разные структуры. Там были разные самосогласованные поля. Во втором случае искусственно ухудшенные. Понятно, что были получены разные геометрические параметры.
Большое спасибо, что попытались мне помочь! Буду изучать NBO.Просто так это с ГАМЕССе сделать нельзя. Смотрите руководство к модулю NBO. Но они взяли молоток и пытаются им пилить.
Re: NBO
Но физический смысл-то должен оставаться. Иначе это какое-то шаманство.
Re: NBO
Безусловно, физический смысл-то должен оставаться. Поэтому я и консультируюсь на форуме, чтобы грамотно выполнить расчеты с физической точки зрения
Re: NBO
Тогда непонятно, что Вы имеете в виду подOrganikNV писал(а):Я - химик, с помощью рассчетов, я пытаюсь обьяснить прохождение определенных процессов, которые зависят от структуры соединений и, следовательно, от внутримолекулярных взаимодействий (которые нахожу с помощью NBO).
а) внутримолекулярными взаимодействиями;
б) вообще под словом "взаимодействие";
в) и что является параметром взаимодействия;
Теория внутримолекулярных взаимодействий изначально создавалась на основе классической теории строения, когда молекула принималась совокупностью шариков на пружинках. В наиболее распространенном варианте - пружинки только валентные взаимодействия, а под параметром взаимодействия понимались параметры "пружинок".
Потом попытались обосновать это с помощью орбиталей (например, барьеры внутр. вращ., перегруппировок, хим. реакции) - ничего не получилось. Осталась теория сопряжения и сверхсопряжения.
Вернулись к шарикам на пружинках, но на новом уровне - различным видам силовых полей.
После отстоя требуйте долива
Re: NBO
Подскажите, пожалуйста, может кто знает, как метод/базис влияют на энергии стабилизации Е(2) в NBO!
Re: NBO
Вот тестовый пример удаления с последующей реоптимизацией:OrganikNV писал(а):В некоторых случаях мне необходимо научится исключать взаимодействия, чтобы посмотреть, что произойдет с остальными.
# rhf/3-21g opt=z-matrix pop=nbo6del
Methylamine...reoptimization with LEWIS deletions
0 1
C
N 1 CN
H 1 CHa 2 NCHa
H 1 CHb 2 NCHb 3 alfa 0
H 1 CHb 2 NCHb 3 -alfa 0
H 2 NH 1 CNH 3 beta 0
H 2 NH 1 CNH 3 -beta 0
CN 1.4712
CHa 1.0901
CHb 1.0825
NH 1.0035
NCHa 114.7663
NCHb 108.9473
CNH 113.6495
alfa 121.4224
beta 64.2403
$nbo print=0 nbosum $end ! Turn off all printing but NBO Summary
$choose ! Fix Lewis structure for all geometries
lone 2 1 end
bond s 1 2 s 1 3 s 1 4 s 1 5 s 2 6 s 2 7 end
$end
$del lewis $end ! Perform deletions analysis
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
Re: NBO
Спасибо Вам за ответ! Вопрос этот задавала давно и уже разобралась, как удалять взаимодействия. А вот как реоптимизацию делать не знала, потому что я в Гамессе работаю, ваш пример для Гауссиана и пример в мануале NBO тоже. Не знаете, как это правильно в Гамессе задать?
-
- Сообщения: 191
- Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm
Re: NBO
у меня в Гамессе не получилось это сделать без модификации NBO и гамесса. Хотя, отчасти, это было связано с ленью в освоении синтаксиса для TRUDGE оптимизации геометрии.
Re: NBO
Добрый день!!! Подскажите, может кто знает, в чем принципиальное отличие NBO 4.M (в PC GAMESS) от NBO 5.G (Firefly)? Или, где это можно прочитать.
Re: NBO
Здравствуйте. У меня возник вопрос по поводу расчетов в программе Gaussian. Нужно найти вклад (%) p-орбиталей каждого из атомов углерода в HOMO и LUMO для молекулы метилацетилена. Я провел NBO расчет молекулы метилацетилена в прогамме Gaussian, но так и не понял где найти в выходном файле данные позволяющие определить p-орбитальный вклад. Может кто подскажет?
Здесь выходной файл NBO: http://pastebin.com/xgmRanm6
Здесь выходной файл NBO: http://pastebin.com/xgmRanm6
Re: NBO
На заметку, PC GAMESS и FireFLy это одна и та же программа или быть может вы имеете ввиду GAMESS US?OrganikNV писал(а):Добрый день!!! Подскажите, может кто знает, в чем принципиальное отличие NBO 4.M (в PC GAMESS) от NBO 5.G (Firefly)? Или, где это можно прочитать.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 41 гость