Ошибка при оптимизации

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Ошибка при оптимизации

Сообщение Dell100 » Ср июл 20, 2011 4:23 pm

Здравствуйте, уважаемые пользователи форума! При оптимизации геометрии в программе Firefly выходной файл выдал мне фатальную ошибку: FSF: fatal error no. 0x00020002 in sub WRITEREC on unit 10.
Помогите, пожалуйста, разобраться, что я сделала не так. Для этого высылаю вам inp. файл. Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение sanya1024 » Ср июл 20, 2011 4:46 pm

А попробуйте запустить с exetyp=check, вдруг скажут Вам, что не так.

Кстати, базис большой, памяти всего 18 мегаслов (удобнее писать не MEMORY=18000000, а MWORDS=18, в ноликах не запутаетесь). Может, надо раз в 10 больше памяти заказать.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение alxyppv » Ср июл 20, 2011 6:02 pm

Dell100 писал(а):FSF: fatal error no. 0x00020002 in sub WRITEREC on unit 10.
Памяти, дествительно, маловато. Но если бы просто не хватало памяти, то FF сам бы сказал при вылете. А Ваше сообщение больше похоже на нехватку места на диске. Но интегралы Вы при этом на диск вроде не пишете, так что не могу понять. Параллельный запуск? если да, то точно ли на всех узлах есть диски?

5 минут спустя: памяти на самом деле хватает (надо всего 15 мегаслов), у меня задача запустилась и все идет (на 1 проц.). А на какой стадии вылетает?
А.П.

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение Dell100 » Чт июл 21, 2011 3:07 pm

Спасибо за ответы! Чтобы ответить на вопрос, высылаю вам log. файл!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение amge » Чт июл 21, 2011 3:46 pm

С сайта Грановского:

Q17. Running Firefly, I've got the following error message:
FSF: fatal error no. xxxxxxxx ...
What is this?

A17. These error messages are specific of the Firefly only. FSF is an abbreviation of the Fast System Files - a powerful set of fast non-Fortran file I/O subroutines. By default, the FSF subroutines are used by Firefly to perform almost all the file I/O operations. All the I/O errors are therefore reported as the specific FSF errors. Note that the most common FSF errors (0x00020070, 0xfffffffb, etc...) mean simply "out of disk space".

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение alxyppv » Чт июл 21, 2011 3:59 pm

Dell100 писал(а):Спасибо за ответы! Чтобы ответить на вопрос, высылаю вам log. файл!
Я еще раз проверил Вашу задачу, теперь уже на кластере - она бежит без проблем. Кстати, для параллельных задач стоит добавлять строчку:

$p2p p2p=.t. dlb=.t. $end

Так что дело, видимо, в Вашем железе - что-то не так работает, или нет дисков, или не туда пишется.
А.П.

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение Dell100 » Пт июл 22, 2011 10:17 am

Спасибо за ответ:) Буду разбираться!

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение Dell100 » Вт авг 02, 2011 8:16 am

Все запустилось и работает!!! спасибо! Вместе с оптимизацией геометрии рассчитывала ее гессиан, в одном случае получилась одна отрицательная частота! Как быть в этом случае? Что необходимо сделать, чтобы все частоты стали положительными! провести повторную оптимизацию?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение o-oxhem » Вт авг 02, 2011 8:47 am

Нужно посмотреть какому движению ядер соотвествует данная колебательная мода (если она колебательная) и на частоту. Далее для 100% уверенности использовать этот гессиан и запустить оптимизацию, считав из файла гессиан. На форуме уже были дебаты по поводу частот. Нужно сравнить случаи. Если лень читать, то имеет смысл выложить файл в архиве. Его посмотрят кому не лень. И выскажутся.

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение Dell100 » Вт авг 02, 2011 2:39 pm

Так как я еще не очень уверенный пользователь, то лучше выложу файл с результатами. Подскажите, пожалуйста, как разобраться!

Аватара пользователя
Kobychevv
Сообщения: 10
Зарегистрирован: Вт янв 26, 2010 8:12 am

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение Kobychevv » Вт авг 02, 2011 4:29 pm

Насколько я понимаю, метильная группа при N17 хочет повернуться на 60 градусов, как при N4. Переориентируйте ее (у Вас получится структура с C2v симметрией) и повторите оптимизацию.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Ошибка при оптимизации

Сообщение o-oxhem » Вт авг 02, 2011 5:37 pm

Такой поворот, например, можно сделать с помощью chemcraft - опция Freeze при просмотре колебательной частоты (вернее внутреннего вращения).

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Majestic-12 [Bot] и 23 гостя