Так что я не уверен является ли он частью гауссвью, но вот то что он не часть гауссиана я достаточно уверен.
Посмотрел видяшку где его используют https://www.youtube.com/watch?v=j2gmw4JCcP8, должен согласиться с
Насчет прайса на GMMX, то инфа уже устаревшая. Так на сайте годовую подписку (с поддержкой) на GMMX уже барыжат по цене GV6, а точнее за 2500 (а без поддержки таки должно меньше стоить). На сайте GMMX также выделен в отдельный продукт (наравне с G16 и GV6), что полагает его добавление в папку G16 и вызов его оттудова GV6 (ну а это полагает покупку GV6 к G16, ибо примеров команд без GV6 не видел). Касаемо MMFF94 в GMMX, то это метод по умолчанию, а их там несколько в списке. Кроме того (судя по видео) там формируется список из результатов упрощенной оптимизации для дальнейшего запуска оптимизации кандидатов в DFT (число одновременно рассчитываемых кандидатов выбирает пользователь для планирования времени расчета за одну сессию); а затем по результатам (после проверки в автоматическом режиме) отсеиваются совпадающие геометрии. В общем сей модуль таки не такой примитивный как выглядит на вскидку.Гесс писал(а): ↑Пт авг 20, 2021 8:16 pmЯ о GMMX в курсе не был, на сервере при загрузке модуля гауссиана не появляется ничего интересного, а при загрузке модуля гаусвью появляется набор связанных с ним скритов типа gv_cubegen.sh gv_cubman.sh gv_formchk.sh gv_freqchk.sh и др, и вот среди них gv_gmmx.sh присутствует, но если gv_cubegen.sh работает как положено кубгену, то gv_gmmx.sh вылетает со старта с "Cannot locate the GMMX utility."
Так что я не уверен является ли он частью гауссвью, но вот то что он не часть гауссиана я достаточно уверен.
Посмотрел видяшку где его используют https://www.youtube.com/watch?v=j2gmw4JCcP8, должен согласиться с
Их я так понимаю 3 и все старье как у мамонта. У того же МОЕ 2014 около 9 полей! Где AMOEBA, GAFF и OPLS ? Сортировка по энергии и использование пачек конформеров это конечно удобненько, но это не о качестве и полноте поиска.Drg писал(а): ↑Пт авг 20, 2021 8:48 pmКасаемо MMFF94 в GMMX, то это метод по умолчанию, а их там несколько в списке. Кроме того (судя по видео) там формируется список из результатов упрощенной оптимизации для дальнейшего запуска оптимизации кандидатов в DFT (число одновременно рассчитываемых кандидатов выбирает пользователь для планирования времени расчета за одну сессию); а затем по результатам (после проверки в автоматическом режиме) отсеиваются совпадающие геометрии. В общем сей модуль таки не такой примитивный как выглядит на вскидку.
Спасибо. Буду изучать. Занятно, что ранее тут упомянутый Avogadro критикуется в пособии аж почти с первых строк. Я так понял, что пакета, который приемлемо может выдать folded варианты конформеров с подозрением на водородную связь между соответствующими атомами разных групп (для последующего уточнения) среди бесплатных хорошего и нет.Гесс писал(а): ↑Сб авг 21, 2021 1:56 amИх я так понимаю 3 и все старье как у мамонта. У того же МОЕ 2014 около 9 полей! Где AMOEBA, GAFF и OPLS ? Сортировка по энергии и использование пачек конформеров это конечно удобненько, но это не о качестве и полноте поиска.Drg писал(а): ↑Пт авг 20, 2021 8:48 pmКасаемо MMFF94 в GMMX, то это метод по умолчанию, а их там несколько в списке. Кроме того (судя по видео) там формируется список из результатов упрощенной оптимизации для дальнейшего запуска оптимизации кандидатов в DFT (число одновременно рассчитываемых кандидатов выбирает пользователь для планирования времени расчета за одну сессию); а затем по результатам (после проверки в автоматическом режиме) отсеиваются совпадающие геометрии. В общем сей модуль таки не такой примитивный как выглядит на вскидку.
Balloon, RDKit, Openbabel, Confab, Frog2, Kaplan, CREST
Вообще предлагаю https://macsphere.mcmaster.ca/bitstream ... er_MSc.pdf в районе главы 2.1.2, таблицы 2.3 и всего раздела 2.3
"RDKit is generally considered to be the best free tool for conformer searching in the literature." Это цитата из ссылки, которую дал Гесс. Сам я не пользуюсь, поскольку не дружу с питоном, но, возможно, так оно и есть. По крайней мере, RDKit непременный участник всех тестов генераторов конформеров, что говорит о его популярности, и он активно развивается.
Я стараюсь отслеживать ситуацию и пробовать новинки. Они есть, но, по, моему, ничего достойного.
Ну почему же. Есть. ММ хорошего уровня (тот же MMFF94) вполне адекватно воспроизводит водородную связь. Но это точно не Avogadro, поскольку он пользуется бабелем, о тот не ищет конформеры по водородам. А, например, Tinker scan /MMFF94 нормально работает с водородными связями.Drg писал(а): ↑Сб авг 21, 2021 12:02 pmЗанятно, что ранее тут упомянутый Avogadro критикуется в пособии аж почти с первых строк. Я так понял, что пакета, который приемлемо может выдать folded варианты конформеров с подозрением на водородную связь между соответствующими атомами разных групп (для последующего уточнения) среди бесплатных хорошего и нет.
Например, MOE. Благодаря Гессу имел возможность оценить. Очень даже.
Спасибо за ссылку!Гесс писал(а): ↑Сб авг 21, 2021 1:56 amВообще предлагаю https://macsphere.mcmaster.ca/bitstream ... er_MSc.pdf в районе главы 2.1.2, таблицы 2.3 и всего раздела 2.3
Вчера поэкспериментировал с Balloon. Не большие изменения в настройках приводят к увеличению числа найденных конформеров в два раза. Причем повтор вычислений при одних и тех же настройках может выдавать число найденных конформеров с отличием в 30% (впрочем это понятно при его алгоритме). Один раз даже умудрился "продеть хвост" сквозь кольцо. Вариаций с водородными связями нашел в три раза меньше, чем я ручками (хотя наплодил Balloon более 1000 вариантов). В общем я к тому, что может настройки позволяют менять тщательность и в платных пакетах.amge писал(а): ↑Пн авг 23, 2021 8:54 amНапример, MOE. Благодаря Гессу имел возможность оценить. Очень даже.
Насчет CORINA. Не пробовал, но настораживает отчетливая направленность на биоинформатику - в этой области приветствуется скорость и жертвуется тщательностью. Например, тоже все хвалят OMEGA. Вот ее удалось протестировать - на моей тестовой задачке (12-краун-4) выдала десяток конформеров вместо 100+. Но ОЧЕНЬ быстро.
Это я к тому, что прежде чем покупать коммерческий пакет, желательно его самому попробовать.
Наверное так (в какой-то мере). Хотя в случае с OMEGA мне не удалось достичь результата Tinker'a. И с Balloon'ом тоже. Последний мне не понравился еще и тем, что он ни в каком виде не выдает энергии, допускает дубли и не оптимизирует геометрии конформеров (при оптимизации дублей становится больше).
Всё верно вы говорите. Но куда деваться, если генератор сгенерировал слишком много конформеров, чтобы все их считать на высоком уровне? (1000 - это еще по божески, а если 10-100 тыс.?) Поневоле нужно какие-то отсечки ставить. Кстати, отсечки (по energy window или по числу конформеров) в любом генераторе присутствуют изначально.Drg писал(а): ↑Пн авг 23, 2021 11:15 amКстати, при прочтении форума на тему конформеров увидел утверждения типа: "... затем берем первые 20 с наименьшей энергией". Господа, для растворов это ни о чем. Там нужна не просто энергия, а энергия Гиббса. Таким образом, порядок следования по энергии в случае Гиббса может, да еще и после к-м оптимизации (как правило) вообще изменится; и в число с меньшей энергией Гиббса могут попасть варианты, которые находятся в 1000 вариантов просто по энергии. Это особенно проявляется для folded конфигураций с водородной связью и значительной дисперсионной составляющей. В частности, практически все динамические расчеты сегодня по упрощенным потенциалам (модельным, на лету и т.д.) в растворах дают практически полное не согласие с экспериментом по доли folded конформеров от общего числа.
Ну в той версии, что я скачал вчера Balloon пишет энергии в sdf файл под тэгом ( <energy> ) (в mol2 не пишет). Для меня не проблема - я привык писать свои парсеры и обработчики данных для всего на свете.
О! Спасибо за эту информацию. Сам я не подумал туда глянуть.
А в каком из обсуждаемых бесплатных пакетов хорошо реализован настраиваемый поиск только по указанным пользователям связям? Например, в осуждаемом тут платном GMMX можно прямо в GV6 ткнуть мышкой на нужные связи - и вариации конформеров будут рассматриваться только с варьированием этих связей. Это важно. Например, я нашел к-м расчетом водородные связи в одной части молекулы, а теперь хочу посмотреть вариативность в удаленной от этого места цепи. В общем случае поиска (при не к-м точности) и водородная связь потеряется скорей всего и порядок выдачи результатов будет не удобным. В Balloon я пока таких подробных настроек не обнаружил. Стоит ли в этом смысле изучать RDKit, есть ли в нем возможность в скрипте подробно описывать задачу и участки молекулы для поиска? Ну или другой пакет.
В Tinker scan можно разрешить или наоборот, запретить для вращения выбранные связи. Но не мышкой, конечно . Про другие пакеты не знаю.
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 27 гостей