gaussian конформационный поиск

[Shorku]

Уважаемые знатоки, а чем можно сгенерить xyz файл для тинкеровского скана? Руками пока лень)

[Гесс]

Уважаемые знатоки, а чем можно сгенерить xyz файл для тинкеровского скана? Руками пока лень)

там какой то специальный xyz?
а какие исходники есть?
Для MOE я скармливаю mol2 или pdb которые сохраняю из кембиооффисовской предоптимизации. Допиливание pdb до xyz занимает минуту.

[amge]

Уважаемые знатоки, а чем можно сгенерить xyz файл для тинкеровского скана? Руками пока лень)

Molden и Openbabel умеют (для силовых полей типа MMn). Но рекомендую sdf2tinkerxyz (для MMFF94).

Имейте в виду, что хотя tinker scan для некоторых задач бывает очень хорош (например, для макроциклов), он не находит конформеров малых циклов. Кроме того, он не держит конфигурацию (как RS, так и EZ). И нужно, чтобы нумерация атомов в txyz была не какая попало.

[amge]

там какой то специальный xyz?

Да, специальный. Там, кроме координат атомов еще связность и тип атома (вот с последним как раз самая засада, так как номер-характеристика типа своя для каждого силового поля, и каждый раз вручную их вбивать муторно).

[Shorku]

Molden и Openbabel умеют (для силовых полей типа MMn). Но рекомендую sdf2tinkerxyz (для MMFF94).

Имейте в виду, что хотя tinker scan для некоторых задач бывает очень хорош (например, для макроциклов), он не находит конформеров малых циклов. Кроме того, он не держит конфигурацию (как RS, так и EZ). И нужно, чтобы нумерация атомов в txyz была не какая попало.

Благодарю. Универсально хорошего инструмента для поиска конформаций, как я понял, нема? У меня короткая цепочка с торчащими из нее кислородами, протонами, а также двумя простыми циклами на концах (их конформация не интересна), для такого, как я понял из Вашего обзора, пойдет что угодно?

Для MOE я скармливаю mol2 или pdb которые сохраняю из кембиооффисовской предоптимизации. Допиливание pdb до xyz занимает минуту.

Что есть МОЕ?

[Гесс]

Для MOE я скармливаю mol2 или pdb которые сохраняю из кембиооффисовской предоптимизации. Допиливание pdb до xyz занимает минуту.

Что есть МОЕ?

Код: Выделить всё

http://www.chemcomp.com/MOE-Molecular_Operating_Environment.htm

[Гесс]

там какой то специальный xyz?

Да, специальный. Там, кроме координат атомов еще связность и тип атома (вот с последним как раз самая засада, так как номер-характеристика типа своя для каждого силового поля, и каждый раз вручную их вбивать муторно).

Я не утверждаю что я говорю о том же, но это же самое MOE самостоятельно идентифицирует типы атомов и потом это можно сохранять в разных форматах.

Я говорю о чем то типа

MOE.jpg

[uchebnik fiziki]

Всё равно типы атомов проверять надо. А МОЕ денег стоит. Неужто Авогадро не умеет? там же по умолчанию оптимизация MMFF

[Гесс]

Всё равно типы атомов проверять надо.

+1

А МОЕ денег стоит.

Это порядочные люди так делают (и цитируют). А бессовестные начинают свою сказку с того что оптимизировали понравившиеся им конформеры, а то о том как эти конформеры появились на свет - скромно умалчивают.

Неужто Авогадро не умеет? там же по умолчанию оптимизация MMFF

Судя вот по этой картинке - умеет - для меня неожиданно что оно сразу и частные заряды прикинуло без спросу. В исходном файле были только координаты.

MOE.jpg

[Shorku]

Внезапно в авогадро обнаружился и conformer search. Ну, посмотрим)
UPD Вертеть вертит, но куда потом девает все найденное я не понимаю

[amge]

Универсально хорошего инструмента для поиска конформаций, как я понял, нема? У меня короткая цепочка с торчащими из нее кислородами, протонами, а также двумя простыми циклами на концах (их конформация не интересна), для такого, как я понял из Вашего обзора, пойдет что угодно?

Универсального из бесплатных - я не знаю. Но для Вашей задачи, вроде бы, тинкер подойдет.

Неужто Авогадро не умеет? там же по умолчанию оптимизация MMFF

Авогадро - он же на основе опенбабеля, который, насколько помню, в своем последнем стабильном релизе умеет искать только самый стабильный конформер. Это хоть и быстро, но на самом деле нифига не гарантирует глобальный минимум (так не только у бабаеля)

Я не утверждаю что я говорю о том же, но это же самое MOE самостоятельно идентифицирует типы атомов и потом это можно сохранять в разных форматах.

Да, мы об одном . Собственно, и те программы, о которых я говорил выше, тоже самостоятельно идентифицирует типы атомов, а для MMFF94 еще и заряды вычисляют.

[Shorku]

насколько помню, в своем последнем стабильном релизе умеет искать только самый стабильный конформер. Это хоть и быстро, но на самом деле нифига не гарантирует глобальный минимум (так не только у бабаеля)

понятно, набор только тинкером и иже с ним?

[Гесс]

Я только что сделал Авогадром Random Rotor Search на 100 конформаций, результаты очень странные.
Оно повторяет одну и ту же конформацию по полтора-два десятка раз, разница между конформрами 80-50-150 кДж/моль (из МОЕ помнится были доли ккал/моль, правда нефакт что они не сходятся в малое число реальных минимумов).

[amge]

понятно, набор только тинкером и иже с ним?

Самое простое - MarvinSketch попробуйте. Полноту не гарантирует, зато порог вхождения низкий, все через графический интерфейс. И для не слишком сложных случаев вполне достаточно.

[Shorku]

понятно, набор только тинкером и иже с ним?

Самое простое - MarvinSketch попробуйте. Полноту не гарантирует, зато порог вхождения низкий, все через графический интерфейс. И для не слишком сложных случаев вполне достаточно.

не, графический интерфейс и рюшечки- это для вечера пятницы, с фрогом уже поигрался
тинкер как-то очень странно воспринимает циклы - есть два цикла, шестичленник и пятичленник, в каждый встроен вторичный амин (азот в цикле), шестичленник с углеродами, помеченными как Сsp3, ест, а вот против таких же углеродов в пятичленнике начинает протестовать, не понимаю

[Shorku]

amge, я не силен в перле, покопаюсь еще, что я делаю не так, но пока что я не понимаю, куда Ваш скрипт выводит результаты мопакоского расчета, и почему потом их не находит (сам по себе мопак работает, скрипт тоже рапортует об успешном начале и завершении счета в мопаке, а потом ругается на невозможность найти логи расчета)
UPD. После того, как я закомментировал удаление логов, arc-файлы так и не находятся, mop и out остаются. Кажется, я сам дурак, пихаю триплет в рхф

[ Post made via Android ]

[amge]

тинкер как-то очень странно воспринимает циклы - есть два цикла, шестичленник и пятичленник, в каждый встроен вторичный амин (азот в цикле), шестичленник с углеродами, помеченными как Сsp3, ест, а вот против таких же углеродов в пятичленнике начинает протестовать, не понимаю

Может, и не в этом дело, но побороть тинкер часто помогает перенумерация атомов молденом: зачитать файл, потом ZMAT Editor, чуток поредактировать (например, убрать последнюю значащую цифру в любом месте), сохранить. При этом произойдет автоматическая перенумерация атомов, нравящаяся тинкеру.

[amge]

amge, я не силен в перле, покопаюсь еще, что я делаю не так, но пока что я не понимаю, куда Ваш скрипт выводит результаты мопакоского расчета, и почему потом их не находит (сам по себе мопак работает, скрипт тоже рапортует об успешном начале и завершении счета в мопаке, а потом ругается на невозможность найти логи расчета)
UPD. После того, как я закомментировал удаление логов, arc-файлы так и не находятся, mop и out остаются. Кажется, я сам дурак, пихаю триплет в рхф

В последнее время я предпочитаю мопаком не пользоваться. Это связано с двумя обстоятельствами. Во-первых, как оказалось, мопак некоторые различные конформеры сводит к одному и тому же, т.е. провоцирует пропуски. Во-вторых, специально проверял, структуры, оптимизированные MMFF94, как по геометрии, так и по относительной энергии более похожи на DFT, чем полуэмпирические (хотя, разумеется, с триплетами и т.п. ситуация может быть иной). Поэтому запускаю с опцией -no_mopac либо, если нужно обработать наборы конформеров от разных генераторов, -method=MMFF94, затем DFT, и в завершении снова conformers -no_mopac.

[Shorku]

В последнее время я предпочитаю мопаком не пользоваться. Это связано с двумя обстоятельствами. Во-первых, как оказалось, мопак некоторые различные конформеры сводит к одному и тому же, т.е. провоцирует пропуски. Во-вторых, специально проверял, структуры, оптимизированные MMFF94, как по геометрии, так и по относительной энергии более похожи на DFT, чем полуэмпирические (хотя, разумеется, с триплетами и т.п. ситуация может быть иной). Поэтому запускаю с опцией -no_mopac либо, если нужно обработать наборы конформеров от разных генераторов, -method=MMFF94, затем DFT, и в завершении снова conformers -no_mopac.

Большое Спасибо! Кажется, все наконец работает.
Как пользователь рекомендовал бы добавить еще такие вещи:
1. В описании уточнить, что опции для мопака пишутся в общих для всей строки кавычках (до меня дошло, но не сразу )
2. Как-нибудь транслировать мопаковские ошибки, а то логи скрипт подтирает, и в терминале выводит только сообщение о завершении расчета (если все делается правильно сразу, то не беда, но если таки что-то пошло не так, то докопаться стоит отдельных усилий)
И еще раз огромное спасибо!

[Drg]

Господа, прошло достаточно много времени, чтобы многое поменялось; и можно было вновь обсудить тему поиска конформеров с учетом обновок (включая обновления в Gaussian) - однако 6 лет прошло с последнего поста.
Так таки появился модуль GMMX для Gaussian; и у меня появились вопросы по нему. Во-первых, не очень понятно как покупать на него лицензию - так GMMX не значится в прайс листе на покупку лицензии (в первый раз, например), но GMMX значится в прайс листе на ежегодную подписку (таких чудес нет ни для G16 ни для GV16 ни для Linda - они все есть в обоих прайс листах). Посему вопрос. GMMX теперь входит в базовую версию G16 по умолчанию? Если нет, то как его покупать (без подписки, а навсегда фиксированную версию)?

Также интересуют лучшие бесплатные проги по генерации геометрий конформеров (и выяснению их числа) на сегодняшний 2021 год. Ну и если у кого есть опыт по работе с самим GMMX, то интересно знать мнение о его плюсах минусах по сравнению с бесплатными пакетами.
Спасибо за внимание.