Редактирование файла топологии

[begovatov]

Для моделирования использую программу NAMD совместно с визуализацией в VMD. Информация о зарядах ионов/остатков хранится в файле с топологией.
Вопрос таков: смогу ли я самостоятельно отредактировать этот файл (да так ещё, чтобы программа работала) на основе данных о зарядах атомов молекулы белка, взаимодействующей с нанотрубкой под действием лазерного излучения.
То есть мы экспериментально облучаем гибрид, получаем информацию о зарядах на белке и вставляем её в файл топологии. Всё кажется логичным

Кто-нибудь пробовал такое делать?

[starless]

Да, сможете, файл топологии -- это же psf? он вроде человекочитаемый. Надо всего лишь следить за строгим соблюдением формата.

Вот только "экспериментальные заряды" -- это нонсенс. Какие заряды вы собираетесь туда вставлять? киньте сюда пример для произвольного остатка типа аргинина.